More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0447 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007512  Plut_1737  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  56.62 
 
 		 654 aa  738    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0256396 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0580  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  63.09 
 
 		 653 aa  835    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000307705  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0455  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  55.5 
 
 		 653 aa  731    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.374087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0344  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  60.86 
 
 		 658 aa  808    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0418  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  55.05 
 
 		 653 aa  703    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0413  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  59.51 
 
 		 659 aa  767    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.933547  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0447  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  100 
 
 		 656 aa  1338    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.595012  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1249  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  40.96 
 
 		 1073 aa  496  1e-139  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0309731 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0473  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  41.54 
 
 		 996 aa  473  1e-132  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2037  hydrogenase, Fe-only  37.75 
 
 		 1150 aa  448  1.0000000000000001e-124  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.163812  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0658  glutamate synthase beta chain-related oxidoreductase, containing 2Fe-2S and 4Fe-4S clusters  39.94 
 
 		 688 aa  441  9.999999999999999e-123  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0792  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.9 
 
 		 1406 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06362  oxidoreductase  37.27 
 
 		 1412 aa  417  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0809  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.25 
 
 		 1410 aa  412  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3004  ferredoxin  42.59 
 
 		 493 aa  404  1e-111  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0825  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.43 
 
 		 1432 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00541451 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3051  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.39 
 
 		 1424 aa  396  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0937  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.75 
 
 		 1426 aa  398  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.137872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3198  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.99 
 
 		 1432 aa  397  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.554904 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0398  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  36.78 
 
 		 1385 aa  395  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0988  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.42 
 
 		 1428 aa  395  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0754  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.24 
 
 		 1440 aa  392  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3421  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.04 
 
 		 1425 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3298  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.66 
 
 		 1432 aa  391  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0838  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.71 
 
 		 1440 aa  387  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3616  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.11 
 
 		 1421 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0871  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.31 
 
 		 1425 aa  382  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.510403  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3493  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.46 
 
 		 1425 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001399  formate dehydrogenase-O major subunit  36.2 
 
 		 1387 aa  369  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0824  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  44.89 
 
 		 1126 aa  341  2.9999999999999998e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2825  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  39.8 
 
 		 699 aa  337  2.9999999999999997e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2314  respiratory-chain NADH dehydrogenase, 51 kDa subunit  41.75 
 
 		 707 aa  316  7e-85  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0653639  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1350  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  41.14 
 
 		 1480 aa  305  2.0000000000000002e-81  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.933284 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1181  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  41 
 
 		 555 aa  299  1e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.590347 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0659  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  38.81 
 
 		 670 aa  290  8e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1855  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  38.68 
 
 		 579 aa  287  2.9999999999999996e-76  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0230589  normal  0.0943361 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0510  Fe(III) reductase, beta subunit  37.85 
 
 		 672 aa  287  5e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1194  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  37.82 
 
 		 1487 aa  286  5.999999999999999e-76  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0672  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  38.42 
 
 		 670 aa  286  5.999999999999999e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.0858799999999997e-27 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3057  putative oxidoreductase  42.09 
 
 		 470 aa  286  9e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0752  putative oxidoreductase  41.57 
 
 		 470 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000025302  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00210  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  35.65 
 
 		 612 aa  284  3.0000000000000004e-75  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.301732 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0227  putative oxidoreductase  43.2 
 
 		 469 aa  282  1e-74  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.967797 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2830  putative oxidoreductase  41.26 
 
 		 469 aa  280  5e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00165731  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0021  putative oxidoreductase  41.65 
 
 		 469 aa  280  8e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1594  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  35.24 
 
 		 609 aa  278  3e-73  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2503  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  35.89 
 
 		 663 aa  277  3e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2596  putative oxidoreductase  40.24 
 
 		 469 aa  277  5e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.712045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1932  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  35.38 
 
 		 895 aa  276  9e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0418716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3023  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  36.5 
 
 		 672 aa  276  1.0000000000000001e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2411  putative oxidoreductase  41.55 
 
 		 471 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000146466  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0020  putative oxidoreductase  41.16 
 
 		 469 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25290  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  34.93 
 
 		 612 aa  275  3e-72  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.126958 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1163  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  41.81 
 
 		 457 aa  273  6e-72  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06470  glutamate synthase (NADPH) small subunit  39.48 
 
 		 476 aa  273  8.000000000000001e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000571005  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0283  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  40.14 
 
 		 464 aa  273  9e-72  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3501  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  41.47 
 
 		 463 aa  273  1e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.860483  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2167  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  35.74 
 
 		 914 aa  272  2e-71  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2152  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  35.31 
 
 		 571 aa  272  2e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000764519 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1151  putative oxidoreductase  38.9 
 
 		 468 aa  271  2.9999999999999997e-71  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0651  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  41 
 
 		 466 aa  271  4e-71  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.990694  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0770  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  36.76 
 
 		 546 aa  270  5e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_36  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  40.24 
 
 		 465 aa  270  5e-71  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.800256  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1328  putative oxidoreductase  42.79 
 
 		 455 aa  270  5e-71  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.100001  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0317  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  40.53 
 
 		 469 aa  270  7e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000287651  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0038  putative oxidoreductase  41.11 
 
 		 465 aa  268  2.9999999999999995e-70  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.237423  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0372  sulfide dehydrogenase (flavoprotein) subunit SudA  41.11 
 
 		 464 aa  267  4e-70  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.63559  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2033  glutamate synthase, small subunit  39.58 
 
 		 462 aa  266  1e-69  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000276272 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2986  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  36.87 
 
 		 552 aa  265  2e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.144587 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2184  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  33.69 
 
 		 541 aa  264  3e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.544077  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0489  putative oxidoreductase  39.43 
 
 		 482 aa  265  3e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1607  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  38.24 
 
 		 467 aa  264  4e-69  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0407  putative oxidoreductase  38.57 
 
 		 503 aa  263  8e-69  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0863164  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0035  putative oxidoreductase  39.04 
 
 		 465 aa  262  1e-68  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0177614  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0537  putative oxidoreductase  37.83 
 
 		 480 aa  262  1e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1304  putative oxidoreductase  38.42 
 
 		 468 aa  263  1e-68  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1564  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.43 
 
 		 891 aa  261  2e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1693  putative oxidoreductase  39.81 
 
 		 483 aa  261  3e-68  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.195871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1327  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  35.25 
 
 		 1481 aa  261  4e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1543  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  36.06 
 
 		 618 aa  261  4e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2002  putative oxidoreductase  39.06 
 
 		 480 aa  260  7e-68  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.14117  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3635  putative oxidoreductase  39.19 
 
 		 476 aa  259  8e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000713283  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0617  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  40.9 
 
 		 466 aa  259  8e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.268237  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0551  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  40 
 
 		 479 aa  259  8e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2150  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  37.86 
 
 		 480 aa  259  8e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.60175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2212  putative oxidoreductase  38.39 
 
 		 465 aa  259  9e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0084  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  38.31 
 
 		 476 aa  259  1e-67  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0715068  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3640  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  36.88 
 
 		 672 aa  259  1e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000847513  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0436  putative oxidoreductase  38.76 
 
 		 482 aa  259  1e-67  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.259877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2545  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  39.28 
 
 		 464 aa  258  2e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000029955  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1828  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  41.05 
 
 		 448 aa  258  3e-67  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.756124 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1282  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  41.97 
 
 		 447 aa  257  4e-67  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1517  putative oxidoreductase  41.3 
 
 		 463 aa  257  5e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0493  putative oxidoreductase  39.19 
 
 		 477 aa  256  7e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0661627  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0167  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  39.23 
 
 		 465 aa  256  9e-67  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.609581  normal  0.315729 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2800  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  32.55 
 
 		 608 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.563471  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1071  putative oxidoreductase  38.85 
 
 		 468 aa  254  3e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.188657  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1138  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  39.34 
 
 		 458 aa  254  3e-66  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0977  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  36.86 
 
 		 1105 aa  253  8.000000000000001e-66  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.00000028046  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16540  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  34.23 
 
 		 612 aa  252  1e-65  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.0000430303  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>