More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6307 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1067  putative glutamate synthase (NADPH)  59.73 
 
 
597 aa  750    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5479  Glutamate synthase (NADPH)  70.81 
 
 
599 aa  891    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1136  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  58.82 
 
 
598 aa  746    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2800  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  71.43 
 
 
608 aa  907    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.563471  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0350  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  59.52 
 
 
598 aa  723    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3235  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  72.5 
 
 
596 aa  899    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6307  putative 2-ketoglutarate  100 
 
 
599 aa  1238    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.747625  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2406  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  32.32 
 
 
648 aa  291  2e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0287125  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0240  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  31.35 
 
 
652 aa  283  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.931627 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1194  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  35.15 
 
 
1487 aa  283  5.000000000000001e-75  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1457  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.64 
 
 
646 aa  283  6.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1552  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.57 
 
 
646 aa  281  3e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2853  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.16 
 
 
614 aa  268  1e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1737  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  33.16 
 
 
654 aa  267  2.9999999999999995e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0256396 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2118  FAD dependent oxidoreductase  31.89 
 
 
615 aa  267  4e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0344  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  33.5 
 
 
658 aa  262  2e-68  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0455  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  32.88 
 
 
653 aa  261  2e-68  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.374087  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0824  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  35.69 
 
 
1126 aa  258  2e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1932  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  33.14 
 
 
895 aa  257  3e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0418716  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1327  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.72 
 
 
1481 aa  255  2.0000000000000002e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0473  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  31.01 
 
 
996 aa  252  1e-65  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1564  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.24 
 
 
891 aa  248  3e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2167  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  33.66 
 
 
914 aa  245  1.9999999999999999e-63  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2037  hydrogenase, Fe-only  29.87 
 
 
1150 aa  243  6e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.163812  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0580  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  30.9 
 
 
653 aa  241  2e-62  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000307705  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2825  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  34.29 
 
 
699 aa  241  2.9999999999999997e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0937  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.83 
 
 
1426 aa  238  2e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.137872  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0658  glutamate synthase beta chain-related oxidoreductase, containing 2Fe-2S and 4Fe-4S clusters  32.75 
 
 
688 aa  236  9e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1594  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  34.43 
 
 
609 aa  233  7.000000000000001e-60  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2184  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  28.95 
 
 
541 aa  230  7e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.544077  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0809  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.82 
 
 
1410 aa  229  1e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0792  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.49 
 
 
1406 aa  229  1e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1181  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  34.49 
 
 
555 aa  228  3e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.590347 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2152  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  29.2 
 
 
571 aa  228  4e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000764519 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2274  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  30.24 
 
 
542 aa  226  7e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0531449  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4108  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  30.7 
 
 
543 aa  226  8e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00112813  normal  0.10156 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0447  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  31.74 
 
 
656 aa  226  1e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.595012  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2986  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  30.66 
 
 
552 aa  226  1e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.144587 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0418  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  30.9 
 
 
653 aa  224  3e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3051  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.68 
 
 
1424 aa  224  3e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4866  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  31.23 
 
 
559 aa  224  3e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4955  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  31.23 
 
 
559 aa  224  3e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2314  respiratory-chain NADH dehydrogenase, 51 kDa subunit  34.52 
 
 
707 aa  224  4e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0653639  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0770  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  30.18 
 
 
546 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1249  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  33.93 
 
 
1073 aa  221  1.9999999999999999e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0309731 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0372  sulfide dehydrogenase (flavoprotein) subunit SudA  36.32 
 
 
464 aa  222  1.9999999999999999e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.63559  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0754  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.97 
 
 
1440 aa  221  3e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5234  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  31.17 
 
 
558 aa  220  5e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.542472  normal  0.83486 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0871  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.98 
 
 
1425 aa  220  6e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.510403  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3493  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.52 
 
 
1425 aa  220  7e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0413  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  34.76 
 
 
659 aa  220  7e-56  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.933547  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3421  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.55 
 
 
1425 aa  219  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0838  formate dehydrogenase, alpha subunit  28.64 
 
 
1440 aa  219  1e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3298  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.38 
 
 
1432 aa  219  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3616  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.79 
 
 
1421 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3198  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.98 
 
 
1432 aa  218  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.554904 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3004  ferredoxin  33.33 
 
 
493 aa  218  2e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1543  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  32.64 
 
 
618 aa  218  2.9999999999999998e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0423  selenate reductase YgfK  31.5 
 
 
1075 aa  218  2.9999999999999998e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1151  putative oxidoreductase  34.05 
 
 
468 aa  218  2.9999999999999998e-55  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0651  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  36.14 
 
 
466 aa  218  2.9999999999999998e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.990694  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0825  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.67 
 
 
1432 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00541451 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16540  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  32.99 
 
 
612 aa  218  2.9999999999999998e-55  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.0000430303  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2503  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  31.79 
 
 
663 aa  217  4e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1304  putative oxidoreductase  34.53 
 
 
468 aa  217  4e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00210  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  31.43 
 
 
612 aa  214  2.9999999999999995e-54  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.301732 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0659  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  32.47 
 
 
670 aa  213  7e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0703  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  31.24 
 
 
543 aa  212  1e-53  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0398  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  31.08 
 
 
1385 aa  211  3e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0672  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  32.47 
 
 
670 aa  210  7e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.0858799999999997e-27 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001399  formate dehydrogenase-O major subunit  32.26 
 
 
1387 aa  209  8e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06470  glutamate synthase (NADPH) small subunit  35.73 
 
 
476 aa  209  9e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000571005  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0551  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  33.89 
 
 
479 aa  209  9e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06362  oxidoreductase  29.68 
 
 
1412 aa  209  1e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0550  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  33.81 
 
 
463 aa  209  2e-52  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1954  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  30.09 
 
 
579 aa  208  2e-52  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.151886  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0977  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  32.81 
 
 
1105 aa  209  2e-52  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.00000028046  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2319  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  30.38 
 
 
578 aa  207  5e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.00000648814  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25290  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  31.7 
 
 
612 aa  206  8e-52  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.126958 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0988  formate dehydrogenase, alpha subunit  28.93 
 
 
1428 aa  206  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2545  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  35.28 
 
 
464 aa  206  1e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000029955  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1350  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.37 
 
 
1480 aa  205  2e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.933284 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2358  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  29.51 
 
 
544 aa  205  2e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.660626  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0138  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  32.72 
 
 
663 aa  203  6e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0130  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  29.81 
 
 
578 aa  203  6e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000213386  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2596  putative oxidoreductase  33.97 
 
 
469 aa  203  8e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.712045  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1661  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  28.29 
 
 
648 aa  202  9.999999999999999e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.950377  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0644  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  35.14 
 
 
474 aa  201  3.9999999999999996e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000739676  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1855  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  29.2 
 
 
579 aa  200  5e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0230589  normal  0.0943361 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1125  glutamate synthase subunit beta  33.57 
 
 
469 aa  200  6e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0510  Fe(III) reductase, beta subunit  31.31 
 
 
672 aa  199  2.0000000000000003e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0696  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  29.86 
 
 
577 aa  197  3e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1220  glutamate synthase subunit beta  33.01 
 
 
469 aa  197  5.000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0481447 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2002  putative oxidoreductase  33.73 
 
 
480 aa  197  5.000000000000001e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.14117  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0938  putative oxidoreductase  36.02 
 
 
481 aa  196  1e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0038  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  30.44 
 
 
578 aa  196  1e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.093726  normal  0.0842207 
 
 
-
 
NC_002950  PG2033  glutamate synthase, small subunit  30.95 
 
 
462 aa  195  2e-48  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000276272 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0493  putative oxidoreductase  33.57 
 
 
477 aa  195  2e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0661627  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2212  putative oxidoreductase  34.55 
 
 
465 aa  195  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1071  putative oxidoreductase  34.38 
 
 
468 aa  194  3e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.188657  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>