115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0538 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0538  nuclease  100 
 
 		 266 aa  520  1e-147  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0402  nuclease (SNase-like)  61.87 
 
 		 260 aa  326  3e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0400  nuclease  61.98 
 
 		 267 aa  324  8.000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.246467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0379  nuclease  60.54 
 
 		 273 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5136  nuclease  60.77 
 
 		 273 aa  302  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5135  staphylococcal nuclease-like protein  59.92 
 
 		 247 aa  299  4e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5785  putative nuclease  58.82 
 
 		 255 aa  291  9e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.397198  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4959  nuclease  58.24 
 
 		 273 aa  289  4e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66700  putative nuclease  56.86 
 
 		 255 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5086  nuclease (SNase domain protein)  58.17 
 
 		 255 aa  278  9e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.715814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4124  nuclease  38.75 
 
 		 260 aa  147  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000792946  hitchhiker  0.000000518116 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2093  nuclease (SNase domain protein)  32.71 
 
 		 278 aa  144  1e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00243596  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2968  nuclease (SNase domain protein)  37.96 
 
 		 272 aa  129  6e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00021469  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2838  nuclease  32.16 
 
 		 247 aa  109  6e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.426487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0124  nuclease (SNase-like)  28.98 
 
 		 275 aa  96.3  4e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00271835  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0537  nuclease  36.56 
 
 		 286 aa  91.7  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04500  nuclease (SNase domain protein)  26.52 
 
 		 276 aa  86.3  5e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0382  nuclease  34.72 
 
 		 256 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3427  nuclease  31.84 
 
 		 263 aa  82.8  0.000000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.983203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1691  nuclease  31.67 
 
 		 272 aa  79  0.00000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880921 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0891  thermonuclease precursor family protein  33.85 
 
 		 178 aa  78.6  0.00000000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000025104  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1385  thermonuclease  32.58 
 
 		 190 aa  77.8  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000128794  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1412  thermonuclease  32.58 
 
 		 190 aa  77.8  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000099778  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3457  nuclease  34.69 
 
 		 222 aa  75.9  0.0000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000805339 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3775  nuclease  27.47 
 
 		 257 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.770263  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1900  nuclease (SNase-like)  27.48 
 
 		 266 aa  74.3  0.000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.898699  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1118  nuclease (SNase domain protein)  33.11 
 
 		 180 aa  72.8  0.000000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5232  nuclease (SNase domain protein)  38.03 
 
 		 175 aa  68.2  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0753  nuclease  30.28 
 
 		 237 aa  67  0.0000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.838035  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2051  nuclease (SNase-like)  34.69 
 
 		 228 aa  66.6  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0268547  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2044  nuclease (SNase-like)  37.4 
 
 		 191 aa  66.2  0.0000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0912  Micrococcal nuclease (thermonuclease)  33.33 
 
 		 190 aa  66.2  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.967698 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0103  thermonuclease  36.15 
 
 		 209 aa  65.9  0.0000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.244407  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0453  nuclease  32.11 
 
 		 259 aa  64.7  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.686842 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1218  micrococcal nuclease  27.54 
 
 		 284 aa  64.3  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340298  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1889  nuclease (SNase domain protein)  39.58 
 
 		 224 aa  63.5  0.000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.058729  normal  0.0179002 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0371  nuclease (SNase domain protein)  32.47 
 
 		 171 aa  62.4  0.000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.079056  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0068  nuclease  33.8 
 
 		 169 aa  62  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2526  SNase-like nuclease  30.57 
 
 		 171 aa  60.8  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0971838  normal  0.0202736 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3663  nuclease  28.92 
 
 		 187 aa  60.8  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000641477  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1456  nuclease (SNase domain protein)  30.25 
 
 		 184 aa  60.8  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1341  nuclease (SNase domain protein)  31.65 
 
 		 271 aa  60.5  0.00000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.223732  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0480  nuclease  40.16 
 
 		 136 aa  59.3  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.898976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0569  nuclease  29.66 
 
 		 192 aa  58.9  0.00000009  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0509  nuclease (SNase-like)  32.57 
 
 		 273 aa  58.2  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.58824  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3744  nuclease  31.14 
 
 		 183 aa  58.5  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000150292  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1722  nuclease (SNase domain protein)  33.55 
 
 		 273 aa  58.5  0.0000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0551  nuclease (SNase-like)  32.87 
 
 		 258 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0389  nuclease  25.68 
 
 		 183 aa  58.2  0.0000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0889  nuclease  29.29 
 
 		 197 aa  57.4  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.000805707  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0276  nuclease (SNase-like)  30.36 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.1811 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1371  nuclease  34.96 
 
 		 231 aa  56.6  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.490456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1467  Excalibur domain-containing protein  29.92 
 
 		 259 aa  56.6  0.0000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0794  nuclease  31.58 
 
 		 327 aa  56.6  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0516  nuclease  27.22 
 
 		 189 aa  56.2  0.0000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.439646  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0982  nuclease (SNase-like)  29.19 
 
 		 249 aa  55.1  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000000000101814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2776  nuclease (SNase-like)  28.25 
 
 		 186 aa  54.7  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2736  Micrococcal nuclease  26.99 
 
 		 258 aa  55.1  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.000000195344  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3634  nuclease (SNase domain protein)  36.04 
 
 		 382 aa  54.7  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.322659 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00761  hypothetical protein  31.75 
 
 		 155 aa  53.9  0.000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.489486 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0371  nuclease  33.01 
 
 		 350 aa  53.9  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000121604  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0448  nuclease  25.17 
 
 		 183 aa  53.9  0.000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0938967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1176  nuclease  30.21 
 
 		 282 aa  54.3  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0018  nuclease (SNase domain protein)  27.37 
 
 		 372 aa  54.7  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00664076  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2395  nuclease (SNase domain protein)  30.72 
 
 		 179 aa  54.3  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.82521e-33 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1472  nuclease  25.17 
 
 		 183 aa  53.1  0.000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0011  protein ParB  29.45 
 
 		 166 aa  53.5  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02380  micrococcal nuclease-like nuclease  30.71 
 
 		 408 aa  53.1  0.000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4927  nuclease (SNase domain protein)  34.33 
 
 		 200 aa  53.1  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2144  nuclease (SNase-like)  33.33 
 
 		 162 aa  52.4  0.000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.149778  normal  0.293408 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0816  micrococcal nuclease  27.48 
 
 		 228 aa  52.8  0.000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000405887  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0832  micrococcal nuclease  27.48 
 
 		 228 aa  52.8  0.000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000140573  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0553  nuclease (SNase-like)  29.92 
 
 		 269 aa  52.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.117842  normal  0.132209 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0060  nuclease  26.76 
 
 		 351 aa  52  0.000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0966  nuclease  28.85 
 
 		 185 aa  51.6  0.00001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0797979  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0487  nuclease (SNase domain protein)  30.77 
 
 		 262 aa  51.2  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.936462  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02740  micrococcal nuclease-like nuclease  32.32 
 
 		 259 aa  50.4  0.00003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1637  nuclease (SNase domain protein)  26.36 
 
 		 192 aa  50.1  0.00004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2456  nuclease (SNase domain protein)  31.74 
 
 		 240 aa  50.1  0.00004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.127297  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0447  nuclease (SNase-like)  26.35 
 
 		 157 aa  49.3  0.00006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0276095  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0755  nuclease (SNase-like)  28.15 
 
 		 166 aa  48.9  0.00008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0133  nuclease  28.77 
 
 		 231 aa  48.9  0.00008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.247387 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3090  nuclease (SNase-like)  37.36 
 
 		 201 aa  48.5  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906098  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0199  nuclease  29.13 
 
 		 374 aa  48.1  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.565023  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2407  nuclease (SNase domain protein)  33.09 
 
 		 158 aa  48.5  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000492982 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2244  nuclease  31.64 
 
 		 534 aa  47.8  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.000544674  normal  0.0168792 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1084  nuclease (SNase domain protein)  32.08 
 
 		 333 aa  47.8  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.598507  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15970  micrococcal nuclease-like nuclease  28.28 
 
 		 388 aa  47.8  0.0002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.339667  normal  0.0582928 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1261  nuclease (SNase domain protein)  39.05 
 
 		 301 aa  47  0.0003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1039  nuclease (SNase domain protein)  32.56 
 
 		 161 aa  46.6  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0563  thermonuclease family protein (Snase-like)  23.68 
 
 		 174 aa  47  0.0004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0051  ATP-dependent hsl protease ATP-binding subunit HslU  29.85 
 
 		 148 aa  46.6  0.0005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.176892  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00258  staphylococcal nuclease domain protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G03430)  29.46 
 
 		 280 aa  46.2  0.0006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0130052 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0848  nuclease-like protein  27.04 
 
 		 184 aa  45.8  0.0006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0898613  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0844  nuclease  33.33 
 
 		 218 aa  46.2  0.0006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4496  nuclease  29.82 
 
 		 187 aa  46.2  0.0006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1599  nuclease  30.43 
 
 		 195 aa  45.8  0.0007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.798842  normal  0.295978 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0030  thermonuclease family protein  23.19 
 
 		 214 aa  45.8  0.0007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0694892  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1250  nuclease (SNase-like)  35.4 
 
 		 124 aa  45.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0374  nuclease  29.13 
 
 		 346 aa  45.4  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.180384  hitchhiker  0.00530121 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>