44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0553 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0553  nuclease (SNase-like)  100 
 
 		 269 aa  525  1e-148  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.117842  normal  0.132209 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0276  nuclease (SNase-like)  74.25 
 
 		 264 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.1811 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0509  nuclease (SNase-like)  53.05 
 
 		 273 aa  250  1e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.58824  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0487  nuclease (SNase domain protein)  58.75 
 
 		 262 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.936462  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0551  nuclease (SNase-like)  56.13 
 
 		 258 aa  246  4e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7541  hypothetical protein  50.86 
 
 		 240 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0453  nuclease  47.62 
 
 		 259 aa  218  1e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.686842 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1691  nuclease  36.15 
 
 		 272 aa  119  7e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880921 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2298  nuclease  38.5 
 
 		 309 aa  105  8e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.195217  normal  0.652893 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0083  nuclease, SNase-like  35.18 
 
 		 274 aa  100  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2232  SNase-like nuclease  34.17 
 
 		 289 aa  99.4  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00607458 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3161  nuclease  33.2 
 
 		 284 aa  97.4  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.361815 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4491  nucleic acid binding OB-fold tRNA/helicase-type  41.56 
 
 		 274 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3304  hypothetical protein  35.48 
 
 		 283 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.293773 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3627  hypothetical protein  35.32 
 
 		 283 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.782253  normal  0.3305 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3427  nuclease  31.71 
 
 		 263 aa  81.3  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.983203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5911  hypothetical protein  37.26 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00689412  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1361  nuclease (SNase domain protein)  35.53 
 
 		 336 aa  77  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.048766 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3504  hypothetical protein  36.06 
 
 		 286 aa  76.3  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.385885 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2093  nuclease (SNase domain protein)  30.94 
 
 		 278 aa  72  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00243596  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5785  putative nuclease  31.46 
 
 		 255 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.397198  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66700  putative nuclease  31.46 
 
 		 255 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0402  nuclease (SNase-like)  29.87 
 
 		 260 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5286  hypothetical protein  34.52 
 
 		 279 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.179612 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04500  nuclease (SNase domain protein)  28.96 
 
 		 276 aa  68.2  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0538  nuclease  30.74 
 
 		 266 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5135  staphylococcal nuclease-like protein  29.49 
 
 		 247 aa  62  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4959  nuclease  29.63 
 
 		 273 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5086  nuclease (SNase domain protein)  29.26 
 
 		 255 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.715814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2838  nuclease  26.82 
 
 		 247 aa  58.2  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.426487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4124  nuclease  28.38 
 
 		 260 aa  57.4  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000792946  hitchhiker  0.000000518116 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2968  nuclease (SNase domain protein)  30.54 
 
 		 272 aa  57  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00021469  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0379  nuclease  29.26 
 
 		 273 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0400  nuclease  25.94 
 
 		 267 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.246467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1900  nuclease (SNase-like)  23.87 
 
 		 266 aa  53.5  0.000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.898699  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2515  nuclease (SNase domain protein)  30.67 
 
 		 221 aa  52.8  0.000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.893874 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5136  nuclease  29.79 
 
 		 273 aa  52  0.000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1627  nuclease (SNase domain protein)  30.67 
 
 		 221 aa  50.8  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.839518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0021  nuclease domain-containing protein  31.41 
 
 		 175 aa  46.2  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0439144  hitchhiker  0.0000334812 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1039  nuclease (SNase domain protein)  35.56 
 
 		 161 aa  45.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0537  nuclease  29.93 
 
 		 286 aa  43.9  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1637  nuclease (SNase domain protein)  21.95 
 
 		 192 aa  43.1  0.005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3457  nuclease  28.95 
 
 		 222 aa  42.4  0.007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000805339 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3775  nuclease  28.32 
 
 		 257 aa  42.4  0.007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.770263  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>