44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0276 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0276  nuclease (SNase-like)  100 
 
 		 264 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.1811 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0553  nuclease (SNase-like)  79.41 
 
 		 269 aa  340  1e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.117842  normal  0.132209 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0487  nuclease (SNase domain protein)  58.91 
 
 		 262 aa  265  8e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.936462  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0509  nuclease (SNase-like)  56.71 
 
 		 273 aa  243  3e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.58824  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0551  nuclease (SNase-like)  58.52 
 
 		 258 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0453  nuclease  53.91 
 
 		 259 aa  226  3e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.686842 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7541  hypothetical protein  54.09 
 
 		 240 aa  221  7e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1691  nuclease  36.86 
 
 		 272 aa  126  3e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880921 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0083  nuclease, SNase-like  38.46 
 
 		 274 aa  100  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2298  nuclease  37.21 
 
 		 309 aa  99.8  5e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.195217  normal  0.652893 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3161  nuclease  31.78 
 
 		 284 aa  98.2  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.361815 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2232  SNase-like nuclease  36.48 
 
 		 289 aa  94.4  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00607458 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1361  nuclease (SNase domain protein)  37.5 
 
 		 336 aa  84.7  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.048766 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4491  nucleic acid binding OB-fold tRNA/helicase-type  37.01 
 
 		 274 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3627  hypothetical protein  35.51 
 
 		 283 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.782253  normal  0.3305 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3304  hypothetical protein  35.51 
 
 		 283 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.293773 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5911  hypothetical protein  36.49 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00689412  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3504  hypothetical protein  34.91 
 
 		 286 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.385885 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3427  nuclease  30.67 
 
 		 263 aa  74.7  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.983203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0402  nuclease (SNase-like)  29.69 
 
 		 260 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04500  nuclease (SNase domain protein)  26.49 
 
 		 276 aa  68.2  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2093  nuclease (SNase domain protein)  28.94 
 
 		 278 aa  67.8  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00243596  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5135  staphylococcal nuclease-like protein  31.74 
 
 		 247 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2838  nuclease  26.56 
 
 		 247 aa  64.7  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.426487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66700  putative nuclease  30.05 
 
 		 255 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0538  nuclease  30.36 
 
 		 266 aa  62  0.000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5785  putative nuclease  30.05 
 
 		 255 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.397198  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4959  nuclease  26.94 
 
 		 273 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5086  nuclease (SNase domain protein)  26.86 
 
 		 255 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.715814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2968  nuclease (SNase domain protein)  30.45 
 
 		 272 aa  61.2  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00021469  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0379  nuclease  30.61 
 
 		 273 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5286  hypothetical protein  34.27 
 
 		 279 aa  59.7  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.179612 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1900  nuclease (SNase-like)  24.89 
 
 		 266 aa  56.2  0.0000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.898699  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0400  nuclease  27.27 
 
 		 267 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.246467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5136  nuclease  30.08 
 
 		 273 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0537  nuclease  30.82 
 
 		 286 aa  52  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3775  nuclease  27.76 
 
 		 257 aa  51.6  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.770263  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0021  nuclease domain-containing protein  33.33 
 
 		 175 aa  51.2  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0439144  hitchhiker  0.0000334812 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4124  nuclease  28.23 
 
 		 260 aa  49.3  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000792946  hitchhiker  0.000000518116 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3457  nuclease  34.59 
 
 		 222 aa  47.4  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000805339 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2515  nuclease (SNase domain protein)  28.24 
 
 		 221 aa  47.4  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.893874 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1627  nuclease (SNase domain protein)  28.19 
 
 		 221 aa  47.4  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.839518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0382  nuclease  29.05 
 
 		 256 aa  43.9  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1464  micrococcal nuclease  33.59 
 
 		 150 aa  43.5  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.895174  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>