42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0083 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0083  nuclease, SNase-like  100 
 
 		 274 aa  526  1e-148  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2298  nuclease  42.42 
 
 		 309 aa  132  3.9999999999999996e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.195217  normal  0.652893 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1691  nuclease  33.58 
 
 		 272 aa  111  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880921 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0276  nuclease (SNase-like)  38.89 
 
 		 264 aa  106  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.1811 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0553  nuclease (SNase-like)  36.65 
 
 		 269 aa  99.8  5e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.117842  normal  0.132209 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7541  hypothetical protein  36.48 
 
 		 240 aa  95.9  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0509  nuclease (SNase-like)  36.07 
 
 		 273 aa  92  9e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.58824  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0487  nuclease (SNase domain protein)  36.25 
 
 		 262 aa  84  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.936462  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0453  nuclease  34.44 
 
 		 259 aa  82.8  0.000000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.686842 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0551  nuclease (SNase-like)  36.56 
 
 		 258 aa  82.4  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2232  SNase-like nuclease  33.93 
 
 		 289 aa  72.8  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00607458 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2093  nuclease (SNase domain protein)  29.8 
 
 		 278 aa  71.6  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00243596  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5911  hypothetical protein  37.62 
 
 		 304 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00689412  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4491  nucleic acid binding OB-fold tRNA/helicase-type  36.42 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3504  hypothetical protein  37.5 
 
 		 286 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.385885 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3427  nuclease  33.57 
 
 		 263 aa  61.6  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.983203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3627  hypothetical protein  35.71 
 
 		 283 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.782253  normal  0.3305 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3304  hypothetical protein  35.06 
 
 		 283 aa  60.5  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.293773 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0021  nuclease domain-containing protein  32.68 
 
 		 175 aa  56.6  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0439144  hitchhiker  0.0000334812 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1218  micrococcal nuclease  29.73 
 
 		 284 aa  55.1  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340298  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5086  nuclease (SNase domain protein)  33.01 
 
 		 255 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.715814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0382  nuclease  26.75 
 
 		 256 aa  52.8  0.000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0402  nuclease (SNase-like)  29.76 
 
 		 260 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5785  putative nuclease  29.66 
 
 		 255 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.397198  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1889  nuclease (SNase domain protein)  33.62 
 
 		 224 aa  51.6  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.058729  normal  0.0179002 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1900  nuclease (SNase-like)  28.44 
 
 		 266 aa  51.6  0.00001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.898699  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2838  nuclease  26.97 
 
 		 247 aa  51.6  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.426487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3161  nuclease  28.83 
 
 		 284 aa  51.2  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.361815 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5136  nuclease  31.6 
 
 		 273 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4959  nuclease  31.58 
 
 		 273 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2968  nuclease (SNase domain protein)  27.73 
 
 		 272 aa  48.5  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00021469  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2456  nuclease (SNase domain protein)  33.9 
 
 		 240 aa  47.4  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.127297  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66700  putative nuclease  28.51 
 
 		 255 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04500  nuclease (SNase domain protein)  26.24 
 
 		 276 aa  46.6  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0124  nuclease (SNase-like)  20.74 
 
 		 275 aa  46.2  0.0006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00271835  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0379  nuclease  31.43 
 
 		 273 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2051  nuclease (SNase-like)  30.64 
 
 		 228 aa  44.7  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0268547  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0538  nuclease  30.4 
 
 		 266 aa  43.5  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0400  nuclease  27.57 
 
 		 267 aa  42.7  0.007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.246467  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5135  staphylococcal nuclease-like protein  28.38 
 
 		 247 aa  42.4  0.009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1464  micrococcal nuclease  35.78 
 
 		 150 aa  42.4  0.009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.895174  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0912  Micrococcal nuclease (thermonuclease)  33.08 
 
 		 190 aa  42  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.967698 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>