More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0769 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_0769  uroporphyrinogen decarboxylase  100 
 
 
343 aa  696    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000649218  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0016  uroporphyrinogen decarboxylase  67.86 
 
 
340 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.87416  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3453  uroporphyrinogen decarboxylase  66.96 
 
 
340 aa  490  1e-137  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0575742  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0015  uroporphyrinogen decarboxylase  66.67 
 
 
339 aa  488  1e-137  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00367491  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0016  uroporphyrinogen decarboxylase  67.56 
 
 
339 aa  484  1e-136  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.267289  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0015  uroporphyrinogen decarboxylase  67.26 
 
 
339 aa  483  1e-135  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3245  uroporphyrinogen decarboxylase  67.16 
 
 
340 aa  483  1e-135  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0619  uroporphyrinogen decarboxylase  65.18 
 
 
340 aa  439  9.999999999999999e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.624284  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2590  uroporphyrinogen decarboxylase  49.85 
 
 
360 aa  357  1.9999999999999998e-97  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6783  uroporphyrinogen decarboxylase  48.53 
 
 
401 aa  337  1.9999999999999998e-91  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.916687  normal  0.894439 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1748  uroporphyrinogen decarboxylase  50.44 
 
 
348 aa  331  1e-89  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.489043  normal  0.975855 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2264  uroporphyrinogen decarboxylase  48.55 
 
 
345 aa  330  2e-89  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.157511  normal  0.0603036 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0728  uroporphyrinogen decarboxylase  50 
 
 
354 aa  328  1.0000000000000001e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0876  uroporphyrinogen decarboxylase  50 
 
 
354 aa  328  1.0000000000000001e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3546  uroporphyrinogen decarboxylase  50.3 
 
 
340 aa  327  3e-88  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2681  uroporphyrinogen decarboxylase  48.39 
 
 
354 aa  324  1e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.418282 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2989  uroporphyrinogen decarboxylase  47.18 
 
 
356 aa  323  2e-87  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1889  uroporphyrinogen decarboxylase  48.24 
 
 
355 aa  323  2e-87  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1532  uroporphyrinogen decarboxylase  50.44 
 
 
371 aa  320  1.9999999999999998e-86  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.762506  normal  0.967001 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3008  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  48.09 
 
 
357 aa  320  3e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1403  uroporphyrinogen decarboxylase  47.02 
 
 
352 aa  320  3e-86  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.227332 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6721  Uroporphyrinogen decarboxylase  47.54 
 
 
345 aa  318  6e-86  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.232366  normal  0.50707 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0414  uroporphyrinogen decarboxylase  47.21 
 
 
354 aa  318  7.999999999999999e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5896  uroporphyrinogen decarboxylase  50.29 
 
 
354 aa  318  1e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5118  uroporphyrinogen decarboxylase  46.92 
 
 
354 aa  317  2e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0245  uroporphyrinogen decarboxylase  45.45 
 
 
355 aa  317  2e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2028  uroporphyrinogen decarboxylase  47.81 
 
 
352 aa  316  3e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562802  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1292  uroporphyrinogen decarboxylase  48.07 
 
 
356 aa  316  3e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2089  uroporphyrinogen decarboxylase  49.25 
 
 
359 aa  315  5e-85  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0251  uroporphyrinogen decarboxylase  47.2 
 
 
351 aa  315  7e-85  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.821676  normal  0.456057 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1474  uroporphyrinogen decarboxylase  50.73 
 
 
365 aa  314  1.9999999999999998e-84  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.514226  hitchhiker  0.000238489 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0130  uroporphyrinogen decarboxylase  46.88 
 
 
351 aa  314  1.9999999999999998e-84  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0339923  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  45.16 
 
 
354 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5074  uroporphyrinogen decarboxylase  46.63 
 
 
354 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1058  uroporphyrinogen decarboxylase  48.8 
 
 
364 aa  313  2.9999999999999996e-84  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4947  uroporphyrinogen decarboxylase  46.63 
 
 
354 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.136579  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0448  uroporphyrinogen decarboxylase  44.61 
 
 
355 aa  312  4.999999999999999e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2714  uroporphyrinogen decarboxylase  46.61 
 
 
351 aa  312  4.999999999999999e-84  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66550  uroporphyrinogen decarboxylase  48.25 
 
 
355 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5124  uroporphyrinogen decarboxylase  46.33 
 
 
354 aa  312  5.999999999999999e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0415  uroporphyrinogen decarboxylase  46.78 
 
 
355 aa  311  7.999999999999999e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5771  uroporphyrinogen decarboxylase  48.25 
 
 
355 aa  311  1e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0392  uroporphyrinogen decarboxylase  46.04 
 
 
354 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2765  uroporphyrinogen decarboxylase  48.68 
 
 
365 aa  311  1e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  46.59 
 
 
351 aa  311  1e-83  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.551213 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2341  uroporphyrinogen decarboxylase  46.31 
 
 
351 aa  310  2e-83  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3929  uroporphyrinogen decarboxylase  47.11 
 
 
345 aa  310  2e-83  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0552  uroporphyrinogen decarboxylase  46.51 
 
 
355 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00147846 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  46.45 
 
 
354 aa  309  2.9999999999999997e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.844287  normal  0.0137069 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1763  uroporphyrinogen decarboxylase  47.51 
 
 
354 aa  309  5e-83  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000856946  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1899  uroporphyrinogen decarboxylase  47.37 
 
 
361 aa  308  6.999999999999999e-83  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3020  uroporphyrinogen decarboxylase  46.31 
 
 
351 aa  308  6.999999999999999e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.404032  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0223  uroporphyrinogen decarboxylase  46.2 
 
 
354 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1992  uroporphyrinogen decarboxylase  45.72 
 
 
351 aa  307  1.0000000000000001e-82  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12693  uroporphyrinogen decarboxylase  49.86 
 
 
357 aa  307  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000000799179  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3849  uroporphyrinogen decarboxylase  46.2 
 
 
355 aa  306  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0459  uroporphyrinogen decarboxylase  46.2 
 
 
355 aa  306  3e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000960348 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0836  uroporphyrinogen decarboxylase  45.75 
 
 
354 aa  306  3e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.41854  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4080  uroporphyrinogen decarboxylase  46.15 
 
 
356 aa  306  3e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45190  uroporphyrinogen decarboxylase  47.66 
 
 
355 aa  306  3e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0351  uroporphyrinogen decarboxylase  46.2 
 
 
355 aa  306  3e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777116  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03874  uroporphyrinogen decarboxylase  45.77 
 
 
354 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3997  uroporphyrinogen decarboxylase  45.77 
 
 
354 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4445  uroporphyrinogen decarboxylase  45.77 
 
 
354 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000531857 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4488  uroporphyrinogen decarboxylase  45.77 
 
 
354 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.830156  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03827  hypothetical protein  45.77 
 
 
354 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4231  uroporphyrinogen decarboxylase  45.77 
 
 
354 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4540  uroporphyrinogen decarboxylase  45.77 
 
 
354 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00641  uroporphyrinogen decarboxylase  45.03 
 
 
380 aa  306  4.0000000000000004e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0025  uroporphyrinogen decarboxylase  44.48 
 
 
356 aa  306  4.0000000000000004e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4028  uroporphyrinogen decarboxylase  45.77 
 
 
354 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00901601 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2734  uroporphyrinogen decarboxylase  46.06 
 
 
359 aa  305  5.0000000000000004e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.961609  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5466  uroporphyrinogen decarboxylase  45.77 
 
 
354 aa  305  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.843277 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0693  uroporphyrinogen decarboxylase  44.08 
 
 
351 aa  305  5.0000000000000004e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2851  uroporphyrinogen decarboxylase  45.64 
 
 
355 aa  306  5.0000000000000004e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.180798  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3713  uroporphyrinogen decarboxylase  46.2 
 
 
360 aa  305  8.000000000000001e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2263  uroporphyrinogen decarboxylase  46.76 
 
 
354 aa  305  9.000000000000001e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.513743  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1934  uroporphyrinogen decarboxylase  45.91 
 
 
365 aa  304  1.0000000000000001e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2010  uroporphyrinogen decarboxylase  44.84 
 
 
352 aa  305  1.0000000000000001e-81  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1089  uroporphyrinogen decarboxylase  41.81 
 
 
348 aa  305  1.0000000000000001e-81  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00219  uroporphyrinogen decarboxylase  45.35 
 
 
355 aa  304  1.0000000000000001e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6502  uroporphyrinogen decarboxylase  46.87 
 
 
341 aa  304  1.0000000000000001e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.607973 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1892  uroporphyrinogen decarboxylase  48.99 
 
 
357 aa  303  2.0000000000000002e-81  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0219  uroporphyrinogen decarboxylase  45.61 
 
 
354 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0174  uroporphyrinogen decarboxylase  44.84 
 
 
351 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0824  uroporphyrinogen decarboxylase  46.02 
 
 
357 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3867  uroporphyrinogen decarboxylase  46.63 
 
 
357 aa  303  3.0000000000000004e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0332  uroporphyrinogen decarboxylase  46.76 
 
 
350 aa  302  5.000000000000001e-81  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0475139  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2287  uroporphyrinogen decarboxylase  45.54 
 
 
347 aa  302  7.000000000000001e-81  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.368648  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4574  uroporphyrinogen decarboxylase  45.75 
 
 
354 aa  301  8.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.300698 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002177  uroporphyrinogen III decarboxylase  44.61 
 
 
355 aa  301  1e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0210  uroporphyrinogen decarboxylase  45.13 
 
 
354 aa  301  1e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0124917 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4500  uroporphyrinogen decarboxylase  45.45 
 
 
354 aa  301  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00407137 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1818  uroporphyrinogen decarboxylase  46.33 
 
 
402 aa  300  2e-80  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.935684  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4378  uroporphyrinogen decarboxylase  45.45 
 
 
354 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.91714 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3674  uroporphyrinogen decarboxylase  47.02 
 
 
345 aa  300  2e-80  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.174812  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0377  uroporphyrinogen decarboxylase  46.33 
 
 
361 aa  300  3e-80  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00215009  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4498  uroporphyrinogen decarboxylase  45.16 
 
 
354 aa  299  4e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0575835 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4411  uroporphyrinogen decarboxylase  45.16 
 
 
354 aa  299  5e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.356712  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2779  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  46.06 
 
 
356 aa  298  6e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.313146 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>