More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_1089 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_1089  uroporphyrinogen decarboxylase  100 
 
 		 348 aa  712    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0016  uroporphyrinogen decarboxylase  44.71 
 
 		 340 aa  321  9.999999999999999e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.87416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3245  uroporphyrinogen decarboxylase  44.15 
 
 		 340 aa  318  7.999999999999999e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3453  uroporphyrinogen decarboxylase  43.82 
 
 		 340 aa  312  5.999999999999999e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0575742  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2010  uroporphyrinogen decarboxylase  42.4 
 
 		 352 aa  309  4e-83  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0015  uroporphyrinogen decarboxylase  44.71 
 
 		 339 aa  309  5e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00367491  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2681  uroporphyrinogen decarboxylase  42.94 
 
 		 354 aa  308  8e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.418282 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0272  uroporphyrinogen decarboxylase  41.88 
 
 		 352 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.109144 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0016  uroporphyrinogen decarboxylase  43.82 
 
 		 339 aa  307  2.0000000000000002e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.267289  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2005  uroporphyrinogen decarboxylase  42.4 
 
 		 353 aa  306  3e-82  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  41.55 
 
 		 354 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0015  uroporphyrinogen decarboxylase  43.53 
 
 		 339 aa  306  4.0000000000000004e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0414  uroporphyrinogen decarboxylase  42.45 
 
 		 354 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0025  uroporphyrinogen decarboxylase  44.12 
 
 		 356 aa  305  5.0000000000000004e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0769  uroporphyrinogen decarboxylase  41.81 
 
 		 343 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000649218  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5118  uroporphyrinogen decarboxylase  42.17 
 
 		 354 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1292  uroporphyrinogen decarboxylase  43.4 
 
 		 356 aa  302  5.000000000000001e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3008  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  41.14 
 
 		 357 aa  300  3e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0836  uroporphyrinogen decarboxylase  42.98 
 
 		 354 aa  300  3e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.41854  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0693  uroporphyrinogen decarboxylase  43.24 
 
 		 351 aa  299  5e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4947  uroporphyrinogen decarboxylase  41.31 
 
 		 354 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.136579  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0448  uroporphyrinogen decarboxylase  41.43 
 
 		 355 aa  296  4e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0552  uroporphyrinogen decarboxylase  42.49 
 
 		 355 aa  295  7e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00147846 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5074  uroporphyrinogen decarboxylase  41.03 
 
 		 354 aa  294  1e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0332  uroporphyrinogen decarboxylase  40.82 
 
 		 350 aa  295  1e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0475139  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1058  uroporphyrinogen decarboxylase  39.42 
 
 		 364 aa  294  2e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0619  uroporphyrinogen decarboxylase  42.94 
 
 		 340 aa  293  2e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.624284  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5124  uroporphyrinogen decarboxylase  40.46 
 
 		 354 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0245  uroporphyrinogen decarboxylase  40.74 
 
 		 355 aa  293  4e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1934  uroporphyrinogen decarboxylase  40.29 
 
 		 365 aa  292  6e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0392  uroporphyrinogen decarboxylase  40.74 
 
 		 354 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2028  uroporphyrinogen decarboxylase  41.98 
 
 		 352 aa  290  2e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1200  uroporphyrinogen decarboxylase  43.52 
 
 		 347 aa  290  2e-77  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3425  uroporphyrinogen decarboxylase  44.61 
 
 		 342 aa  290  3e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.014949  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3444  uroporphyrinogen decarboxylase  43.62 
 
 		 340 aa  290  3e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45190  uroporphyrinogen decarboxylase  41.14 
 
 		 355 aa  289  4e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0705  uroporphyrinogen decarboxylase  41.6 
 
 		 365 aa  290  4e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  39.83 
 
 		 354 aa  288  7e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.844287  normal  0.0137069 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66550  uroporphyrinogen decarboxylase  40.68 
 
 		 355 aa  288  8e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5771  uroporphyrinogen decarboxylase  40.4 
 
 		 355 aa  288  9e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1118  uroporphyrinogen decarboxylase  40.12 
 
 		 366 aa  288  9e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1992  uroporphyrinogen decarboxylase  42.53 
 
 		 351 aa  288  1e-76  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00641  uroporphyrinogen decarboxylase  40.29 
 
 		 380 aa  288  1e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0415  uroporphyrinogen decarboxylase  40.96 
 
 		 355 aa  287  2e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3222  uroporphyrinogen decarboxylase  40 
 
 		 354 aa  287  2e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.234724 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0251  uroporphyrinogen decarboxylase  43.64 
 
 		 351 aa  286  2.9999999999999996e-76  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.821676  normal  0.456057 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2765  uroporphyrinogen decarboxylase  39.77 
 
 		 365 aa  286  4e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6721  Uroporphyrinogen decarboxylase  39.82 
 
 		 345 aa  286  5e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.232366  normal  0.50707 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  43.27 
 
 		 351 aa  286  5e-76  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.551213 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  39.6 
 
 		 354 aa  286  5e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.104978 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0351  uroporphyrinogen decarboxylase  39.83 
 
 		 355 aa  285  5.999999999999999e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777116  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0459  uroporphyrinogen decarboxylase  39.83 
 
 		 355 aa  285  5.999999999999999e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000960348 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0174  uroporphyrinogen decarboxylase  42.98 
 
 		 351 aa  285  5.999999999999999e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0440  uroporphyrinogen decarboxylase  39.6 
 
 		 354 aa  285  5.999999999999999e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115919 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3849  uroporphyrinogen decarboxylase  39.83 
 
 		 355 aa  285  7e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1748  uroporphyrinogen decarboxylase  41.69 
 
 		 348 aa  285  1.0000000000000001e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.489043  normal  0.975855 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0223  uroporphyrinogen decarboxylase  39.54 
 
 		 354 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1788  uroporphyrinogen decarboxylase  40 
 
 		 350 aa  285  1.0000000000000001e-75  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2264  uroporphyrinogen decarboxylase  39 
 
 		 345 aa  284  1.0000000000000001e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.157511  normal  0.0603036 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3020  uroporphyrinogen decarboxylase  36.75 
 
 		 351 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.404032  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2714  uroporphyrinogen decarboxylase  43.39 
 
 		 351 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0219  uroporphyrinogen decarboxylase  39.54 
 
 		 354 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0876  uroporphyrinogen decarboxylase  40.94 
 
 		 354 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0728  uroporphyrinogen decarboxylase  40.94 
 
 		 354 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2734  uroporphyrinogen decarboxylase  40.57 
 
 		 359 aa  284  2.0000000000000002e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.961609  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0427  uroporphyrinogen decarboxylase  39.54 
 
 		 354 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1763  uroporphyrinogen decarboxylase  38.66 
 
 		 354 aa  283  3.0000000000000004e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000856946  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0116  uroporphyrinogen decarboxylase  40.06 
 
 		 353 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.754255  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2851  uroporphyrinogen decarboxylase  40.86 
 
 		 355 aa  283  3.0000000000000004e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.180798  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6506  uroporphyrinogen decarboxylase  43.53 
 
 		 339 aa  283  3.0000000000000004e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3546  uroporphyrinogen decarboxylase  40.71 
 
 		 340 aa  282  6.000000000000001e-75  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2341  uroporphyrinogen decarboxylase  43.1 
 
 		 351 aa  282  6.000000000000001e-75  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1889  uroporphyrinogen decarboxylase  40.41 
 
 		 355 aa  281  8.000000000000001e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0130  uroporphyrinogen decarboxylase  42.82 
 
 		 351 aa  281  9e-75  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0339923  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002177  uroporphyrinogen III decarboxylase  40 
 
 		 355 aa  281  1e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6783  uroporphyrinogen decarboxylase  38.62 
 
 		 401 aa  281  1e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.916687  normal  0.894439 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00219  uroporphyrinogen decarboxylase  39.71 
 
 		 355 aa  281  1e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0774  uroporphyrinogen decarboxylase  43.02 
 
 		 344 aa  281  1e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.352991 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1714  uroporphyrinogen decarboxylase  41 
 
 		 354 aa  281  1e-74  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.451104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4408  uroporphyrinogen decarboxylase  41.37 
 
 		 349 aa  281  1e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4080  uroporphyrinogen decarboxylase  40.69 
 
 		 356 aa  280  2e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3524  uroporphyrinogen decarboxylase  39.66 
 
 		 356 aa  280  2e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00974086 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0468  uroporphyrinogen decarboxylase  38.97 
 
 		 354 aa  279  4e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.551624  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3867  uroporphyrinogen decarboxylase  38.86 
 
 		 357 aa  278  7e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0482  uroporphyrinogen decarboxylase  38.4 
 
 		 354 aa  279  7e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2590  uroporphyrinogen decarboxylase  38.05 
 
 		 360 aa  278  9e-74  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0032  uroporphyrinogen decarboxylase  40.4 
 
 		 355 aa  278  1e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.590696  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2287  uroporphyrinogen decarboxylase  40.71 
 
 		 347 aa  278  1e-73  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.368648  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2089  uroporphyrinogen decarboxylase  38.99 
 
 		 359 aa  277  2e-73  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3713  uroporphyrinogen decarboxylase  38.4 
 
 		 360 aa  277  2e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0649  uroporphyrinogen decarboxylase  41.95 
 
 		 345 aa  277  2e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3674  uroporphyrinogen decarboxylase  38.87 
 
 		 345 aa  276  3e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.174812  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0387  uroporphyrinogen decarboxylase  40.4 
 
 		 354 aa  276  3e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2671  uroporphyrinogen decarboxylase  40.18 
 
 		 353 aa  276  4e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.181527 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2779  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  38.97 
 
 		 356 aa  276  4e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.313146 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1540  uroporphyrinogen decarboxylase  38.44 
 
 		 354 aa  276  5e-73  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0588582  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3422  uroporphyrinogen decarboxylase  37.89 
 
 		 354 aa  275  8e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4540  uroporphyrinogen decarboxylase  38.68 
 
 		 354 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4488  uroporphyrinogen decarboxylase  38.68 
 
 		 354 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.830156  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1465  uroporphyrinogen decarboxylase  42.23 
 
 		 345 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>