174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1784 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_1784  Squalene synthase  100 
 
 		 401 aa  820    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2125  phytoene/squalene synthetase family protein  100 
 
 		 347 aa  709    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20770  Squalene/phytoene synthase  48.48 
 
 		 377 aa  336  3.9999999999999995e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00645323  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1321  squalene/phytoene synthase  50.15 
 
 		 366 aa  331  1e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0813  squalene synthase  50 
 
 		 362 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493188  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2280  squalene/phytoene synthase  47.15 
 
 		 359 aa  282  8.000000000000001e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2690  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  45.62 
 
 		 373 aa  267  2e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.286545  normal  0.217848 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0189  squalene/phytoene synthase  40.96 
 
 		 329 aa  236  5.0000000000000005e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.433494  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3084  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  32.41 
 
 		 350 aa  151  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4822  Squalene/phytoene synthase  34.41 
 
 		 360 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00000193666  normal  0.636776 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4026  Squalene/phytoene synthase  31.37 
 
 		 388 aa  139  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.600735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0485  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  32.2 
 
 		 348 aa  138  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.501561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5617  Squalene/phytoene synthase  32.3 
 
 		 353 aa  136  8e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2156  squalene/phytoene synthase family protein  31.48 
 
 		 564 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0418  squalene/phytoene synthase family protein  32.02 
 
 		 349 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0957  squalene/phytoene synthase  30.77 
 
 		 380 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0327  squalene/phytoene synthase family protein  31.82 
 
 		 402 aa  133  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.479613  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1840  squalene/phytoene synthase family protein  31.72 
 
 		 356 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.156378  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1762  squalene/phytoene synthase family protein  31.82 
 
 		 513 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1133  squalene/phytoene synthase family protein  31.72 
 
 		 349 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2107  squalene/phytoene synthase family protein  31.72 
 
 		 356 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.666736  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0843  squalene/phytoene synthase family protein  31.72 
 
 		 516 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.336434  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4104  squalene/phytoene synthase  30.32 
 
 		 355 aa  127  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.132439  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4262  squalene/phytoene synthase  30.32 
 
 		 355 aa  127  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0172457  normal  0.1857 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3255  squalene/phytoene synthase  30.35 
 
 		 355 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5450  squalene/phytoene synthase  29.81 
 
 		 351 aa  123  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.035034 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1749  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.74 
 
 		 354 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0364934  normal  0.191421 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3686  squalene/phytoene synthase  30.22 
 
 		 354 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.481699 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4159  squalene/phytoene synthase  29.91 
 
 		 354 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.283896  normal  0.280623 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4328  squalene/phytoene synthase  29.97 
 
 		 367 aa  119  7e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0106814  normal  0.0939133 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1173  Squalene/phytoene synthase  31.55 
 
 		 348 aa  117  3e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0892  Squalene/phytoene synthase  29.28 
 
 		 330 aa  117  3e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000100627  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2309  Squalene/phytoene synthase  31.05 
 
 		 350 aa  114  2.0000000000000002e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1206  Squalene/phytoene synthase  29.65 
 
 		 355 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.0000000204086  hitchhiker  0.00000600855 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31144  predicted protein  30.36 
 
 		 456 aa  110  6e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10396  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G01220)  31.34 
 
 		 470 aa  106  9e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0934  Squalene/phytoene synthase  29.5 
 
 		 348 aa  102  1e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83429  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.3 
 
 		 448 aa  97.8  3e-19  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.274803  normal  0.0738823 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0902  Squalene/phytoene synthase  28.21 
 
 		 351 aa  93.2  8e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.883554  normal  0.674566 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0124  hypothetical protein  25.23 
 
 		 345 aa  85.5  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0365  Squalene/phytoene synthase  29.38 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0110  hypothetical protein  24.62 
 
 		 345 aa  82  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0169  squalene/phytoene synthase  20.91 
 
 		 340 aa  78.6  0.0000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000509815  normal  0.0348824 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_13160  predicted protein  28.48 
 
 		 314 aa  75.9  0.000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC05660  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative  28.43 
 
 		 542 aa  75.1  0.000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.148096  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.46 
 
 		 281 aa  74.7  0.000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2043  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.58 
 
 		 274 aa  72.4  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.259973  normal  0.118858 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  28.74 
 
 		 282 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15920  Squalene synthase  25.16 
 
 		 321 aa  68.6  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.13397  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0017  squalene/phytoene synthase  26.69 
 
 		 282 aa  66.6  0.0000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0519  Squalene/phytoene synthase  26.04 
 
 		 270 aa  66.6  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000172077  unclonable  0.00000000442805 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0502  Squalene/phytoene synthase  26.04 
 
 		 270 aa  66.6  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4808  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.25 
 
 		 276 aa  66.2  0.0000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000000000000603288  normal  0.956727 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  26.81 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1894  Squalene/phytoene synthase  26.64 
 
 		 270 aa  63.2  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    unclonable  2.73181e-25 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  26.22 
 
 		 294 aa  62.8  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4554  squalene synthase HpnD  26.51 
 
 		 282 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.124742  normal  0.209496 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0118  squalene/phytoene synthase  26.97 
 
 		 290 aa  61.6  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5506  squalene synthase HpnD  26.88 
 
 		 282 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0194601 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5681  squalene/phytoene synthase  26.1 
 
 		 344 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  hitchhiker  0.0020025 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  26.47 
 
 		 324 aa  61.2  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5178  squalene/phytoene synthase  26.1 
 
 		 286 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4953  squalene/phytoene synthase  26.29 
 
 		 282 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  normal  0.0913001 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  25.78 
 
 		 312 aa  60.5  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  27.13 
 
 		 306 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  27.13 
 
 		 282 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2102  putative phytoene synthase  27.67 
 
 		 282 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1491  squalene/phytoene synthase  27.67 
 
 		 275 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116412  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2361  phytoene synthase, putative  26.8 
 
 		 397 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1131  putative phytoene synthase  27.67 
 
 		 282 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0886071  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1411  putative phytoene synthase  27.67 
 
 		 282 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590662  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3277  squalene/phytoene synthase family protein  27.67 
 
 		 282 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173331  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3163  squalene/phytoene synthase family protein  27.67 
 
 		 282 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.395921  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  27.8 
 
 		 279 aa  58.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  25.93 
 
 		 288 aa  58.9  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  26.32 
 
 		 293 aa  58.9  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  27.31 
 
 		 337 aa  58.5  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  26.04 
 
 		 338 aa  58.2  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1827  squalene synthase HpnD  26.67 
 
 		 298 aa  57.8  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  25.81 
 
 		 278 aa  57.8  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  29.63 
 
 		 283 aa  57.4  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  25.59 
 
 		 280 aa  57  0.0000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2218  squalene synthase HpnD  29.63 
 
 		 283 aa  57  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.674273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  27.07 
 
 		 337 aa  57  0.0000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2584  squalene/phytoene synthase  23.61 
 
 		 287 aa  56.6  0.0000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2638  squalene/phytoene synthase  23.61 
 
 		 287 aa  56.6  0.0000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.444406  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  26.04 
 
 		 283 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  31.68 
 
 		 284 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  41.56 
 
 		 287 aa  55.8  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  25.89 
 
 		 277 aa  55.1  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  27.64 
 
 		 278 aa  55.1  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  28.27 
 
 		 290 aa  54.7  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  25.71 
 
 		 279 aa  53.9  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  27.2 
 
 		 317 aa  54.3  0.000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  27.2 
 
 		 289 aa  53.1  0.000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  37.14 
 
 		 279 aa  53.1  0.000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  37.14 
 
 		 279 aa  53.1  0.000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  25.9 
 
 		 280 aa  52.8  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  27.32 
 
 		 268 aa  52.4  0.00001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  24.29 
 
 		 293 aa  52.8  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>