More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2804 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2804  citrate lyase  100 
 
 		 313 aa  624  1e-178  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  68.31 
 
 		 286 aa  386  1e-106  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4394  Citryl-CoA lyase  56.94 
 
 		 292 aa  312  4.999999999999999e-84  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1200  citrate lyase  56.29 
 
 		 303 aa  300  2e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2107  Citryl-CoA lyase  54.55 
 
 		 296 aa  300  3e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.549232 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1428  Citryl-CoA lyase  56.55 
 
 		 298 aa  299  3e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1188  Citryl-CoA lyase  51.89 
 
 		 292 aa  294  1e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2147  citrate (pro-3S)-lyase  52.1 
 
 		 296 aa  289  4e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.760774  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2424  Citryl-CoA lyase  52.1 
 
 		 296 aa  288  6e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0127774 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5220  Citryl-CoA lyase  53.47 
 
 		 294 aa  280  3e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0544  citrate (pro-3S)-lyase  52.63 
 
 		 297 aa  278  6e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.368833 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0539  Citryl-CoA lyase  49.82 
 
 		 292 aa  278  6e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730056  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  50.88 
 
 		 284 aa  278  6e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  48.07 
 
 		 292 aa  275  6e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  52.46 
 
 		 285 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  51.76 
 
 		 287 aa  273  2.0000000000000002e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2874  putative citrate lyase subunit beta  50.18 
 
 		 295 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5949  HpcH/HpaI aldolase  53.79 
 
 		 294 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  51.41 
 
 		 285 aa  271  1e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0341  Citryl-CoA lyase  51.23 
 
 		 292 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  51.41 
 
 		 285 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0496  Citryl-CoA lyase  48.07 
 
 		 292 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1974  Citryl-CoA lyase  53.79 
 
 		 300 aa  270  2.9999999999999997e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.103304 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0347  putative citrate lyase beta chain  49.1 
 
 		 292 aa  263  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.163233 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0233  Citryl-CoA lyase  48.01 
 
 		 292 aa  263  4e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.020258 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0563  Citryl-CoA lyase  53.7 
 
 		 279 aa  262  6e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.293195 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0233  HpcH/HpaI aldolase  47.39 
 
 		 300 aa  253  3e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.528941  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5000  citrate (pro-3S)-lyase  49.46 
 
 		 292 aa  248  9e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0192  Citryl-CoA lyase  56.03 
 
 		 297 aa  246  3e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.512612  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0181  Citryl-CoA lyase  55.4 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0199  citrate (pro-3S)-lyase  54.45 
 
 		 289 aa  236  3e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.31113  normal  0.0340148 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0826  putative citrate lyase, beta subunit  48.57 
 
 		 331 aa  230  2e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0359  Citryl-CoA lyase  48.74 
 
 		 277 aa  230  2e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2287  citrate (pro-3S)-lyase  49.66 
 
 		 293 aa  229  6e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3299  citrate (pro-3S)-lyase  47.86 
 
 		 291 aa  228  1e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0203  Citrate (pro-3S)-lyase  55.67 
 
 		 297 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3268  HpcH/HpaI aldolase  43.51 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3153  citrate (pro-3S)-lyase  42.29 
 
 		 308 aa  209  6e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.835356  hitchhiker  0.000457351 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3026  citrate (pro-3S)-lyase  43.75 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.668207  normal  0.300604 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2975  Citryl-CoA lyase  47 
 
 		 325 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.3261 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4356  citrate lyase beta subunit  44.53 
 
 		 299 aa  199  3e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4219  Citrate (pro-3S)-lyase  41.67 
 
 		 311 aa  195  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.114392 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3895  Citrate (pro-3S)-lyase  43.7 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.423668  normal  0.170626 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2882  Citryl-CoA lyase  41.79 
 
 		 282 aa  182  4.0000000000000006e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0735  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  39.66 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0676  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  40.21 
 
 		 302 aa  175  9e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0662  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  40.21 
 
 		 302 aa  175  9e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0781  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  39.86 
 
 		 302 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.44905  normal  0.283656 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  33.33 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  35 
 
 		 294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0722  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  39.86 
 
 		 302 aa  172  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00584  citrate lyase, citryl-ACP lyase (beta) subunit  39.86 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3009  citrate lyase, beta subunit  39.86 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00573  hypothetical protein  39.86 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0635  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  39.86 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0638  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  39.86 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.331094  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0704  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  39.86 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0530  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  39.86 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3028  citrate lyase, beta subunit  39.86 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0667  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  39.86 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3169  citrate lyase, beta subunit  37.59 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.386507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  34.7 
 
 		 323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  36.01 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  33.65 
 
 		 324 aa  160  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2214  HpcH/HpaI aldolase  43.02 
 
 		 267 aa  158  9e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0660288  normal  0.0595234 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  37.55 
 
 		 292 aa  158  1e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  39.07 
 
 		 286 aa  158  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  33.33 
 
 		 323 aa  157  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  29.09 
 
 		 284 aa  157  2e-37  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  37.55 
 
 		 292 aa  157  3e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1192  Citrate (pro-3S)-lyase  36.93 
 
 		 313 aa  154  1e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.151099  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0381  Citryl-CoA lyase  33.21 
 
 		 271 aa  154  2e-36  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3373  citrate lyase, beta subunit  33.33 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.488048 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2218  citrate lyase, beta subunit  35 
 
 		 291 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  32.69 
 
 		 324 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  32.69 
 
 		 324 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  32.69 
 
 		 324 aa  153  4e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0064  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  34.39 
 
 		 289 aa  153  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0066  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.04 
 
 		 289 aa  152  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0067  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.04 
 
 		 289 aa  152  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0065  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  34.04 
 
 		 289 aa  152  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0065  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  34.04 
 
 		 289 aa  152  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.349601 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  31.29 
 
 		 269 aa  151  1e-35  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  35.44 
 
 		 316 aa  152  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  31.23 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1951  putative citrate lyase, beta subunit  41.13 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.778867  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1254  putative citrate lyase, beta subunit  41.13 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1273  citrate lyase beta subunit  41.13 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.830572  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2229  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  41.13 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2916  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  41.13 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0968  putative citrate lyase, beta subunit  41.13 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.283546  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2408  citrate lyase, beta subunit  35 
 
 		 290 aa  150  4e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0539054  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0213  HpcH/HpaI aldolase  33.67 
 
 		 303 aa  150  4e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3040  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  40.78 
 
 		 301 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2320  citrate lyase, beta subunit  33.57 
 
 		 301 aa  149  8e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3004  citrate (pro-3S)-lyase  37.38 
 
 		 312 aa  148  9e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.394153  normal  0.725704 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1754  citrate lyase, beta subunit  33.93 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.42542  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  34.86 
 
 		 282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2289  HpcH/HpaI aldolase  35.4 
 
 		 293 aa  147  3e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.970752 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2209  Citryl-CoA lyase  36.36 
 
 		 318 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.759332  normal  0.498106 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>