More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_2184 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
346 aa  703    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  73.99 
 
 
352 aa  529  1e-149  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  71.97 
 
 
347 aa  529  1e-149  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  76.3 
 
 
347 aa  526  1e-148  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  71.97 
 
 
354 aa  523  1e-147  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  70.52 
 
 
347 aa  521  1e-147  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  71.39 
 
 
348 aa  519  1e-146  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  50 
 
 
327 aa  320  1.9999999999999998e-86  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.37 
 
 
354 aa  317  2e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.73 
 
 
329 aa  316  3e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  49.37 
 
 
329 aa  317  3e-85  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  52.63 
 
 
327 aa  315  5e-85  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.06 
 
 
358 aa  315  6e-85  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.95 
 
 
329 aa  312  3.9999999999999997e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  46.63 
 
 
330 aa  312  6.999999999999999e-84  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  46.48 
 
 
332 aa  310  2.9999999999999997e-83  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.25 
 
 
345 aa  307  1.0000000000000001e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.15 
 
 
335 aa  296  3e-79  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  45.37 
 
 
333 aa  286  2.9999999999999996e-76  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  43.29 
 
 
333 aa  281  1e-74  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  44.59 
 
 
347 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  43.04 
 
 
319 aa  270  2e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.77 
 
 
320 aa  270  2.9999999999999997e-71  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  41.38 
 
 
326 aa  269  5.9999999999999995e-71  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  41.38 
 
 
326 aa  269  5.9999999999999995e-71  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.35 
 
 
322 aa  263  4e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  42.67 
 
 
318 aa  261  8.999999999999999e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  41.27 
 
 
324 aa  259  3e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.69 
 
 
328 aa  257  2e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.02 
 
 
350 aa  254  1.0000000000000001e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.4 
 
 
357 aa  251  1e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.46 
 
 
334 aa  251  1e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  40.45 
 
 
322 aa  250  2e-65  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.35 
 
 
328 aa  249  6e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  39.69 
 
 
332 aa  249  6e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.14 
 
 
332 aa  247  2e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.65 
 
 
332 aa  245  6.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.45 
 
 
333 aa  245  9e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  38.65 
 
 
332 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.65 
 
 
332 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  38.65 
 
 
332 aa  245  9.999999999999999e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  38.65 
 
 
332 aa  245  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.72 
 
 
337 aa  244  9.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.9 
 
 
321 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  41.48 
 
 
333 aa  244  9.999999999999999e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.65 
 
 
332 aa  243  3e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  38.65 
 
 
332 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.34 
 
 
332 aa  241  1e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  40.13 
 
 
347 aa  240  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  39.81 
 
 
334 aa  240  2e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  41.77 
 
 
351 aa  239  4e-62  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.82 
 
 
324 aa  239  4e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.74 
 
 
325 aa  239  5e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  38.87 
 
 
324 aa  238  1e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  38.87 
 
 
324 aa  238  1e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  44.25 
 
 
332 aa  237  3e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.38 
 
 
327 aa  236  4e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.1 
 
 
334 aa  235  7e-61  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.31 
 
 
337 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  41 
 
 
325 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  36.48 
 
 
334 aa  233  3e-60  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  41.72 
 
 
338 aa  233  4.0000000000000004e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.11 
 
 
326 aa  233  5e-60  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.33 
 
 
351 aa  232  6e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.85 
 
 
353 aa  232  7.000000000000001e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.24 
 
 
336 aa  231  9e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.24 
 
 
336 aa  231  9e-60  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  41.75 
 
 
320 aa  231  1e-59  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  39.61 
 
 
335 aa  230  3e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  38.72 
 
 
333 aa  229  5e-59  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  41.36 
 
 
332 aa  229  5e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  40.54 
 
 
325 aa  229  6e-59  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.07 
 
 
335 aa  229  6e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.33 
 
 
327 aa  228  8e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  38.98 
 
 
333 aa  229  8e-59  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  42.76 
 
 
327 aa  229  8e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  41.32 
 
 
350 aa  228  9e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.5 
 
 
326 aa  228  1e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  41.07 
 
 
343 aa  227  2e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  40.4 
 
 
335 aa  226  3e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.83 
 
 
343 aa  226  4e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  36.89 
 
 
335 aa  226  5.0000000000000005e-58  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  40.07 
 
 
335 aa  226  6e-58  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.75 
 
 
343 aa  225  7e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  41.38 
 
 
337 aa  225  8e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  40.82 
 
 
337 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.97 
 
 
320 aa  224  1e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  40 
 
 
325 aa  224  2e-57  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  40.82 
 
 
337 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.06 
 
 
337 aa  223  3e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.82 
 
 
332 aa  223  3e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  40.51 
 
 
337 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  39.05 
 
 
325 aa  223  4.9999999999999996e-57  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  42.51 
 
 
333 aa  222  6e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.87 
 
 
322 aa  221  9.999999999999999e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.67 
 
 
352 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.62 
 
 
321 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  43 
 
 
353 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.72 
 
 
336 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  41.31 
 
 
332 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>