More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1313 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG1253  DNA ligase, NAD-dependent  49.62 
 
 		 669 aa  669    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09423  DNA ligase  51.29 
 
 		 664 aa  690    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.624424  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1926  hypothetical protein  50.07 
 
 		 671 aa  698    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1559  DNA ligase, NAD-dependent  49.77 
 
 		 662 aa  707    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0638727  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2539  DNA ligase, NAD-dependent  52.46 
 
 		 696 aa  751    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.173328 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3318  DNA ligase, NAD-dependent  56.72 
 
 		 670 aa  782    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.563923 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1313  DNA ligase  100 
 
 		 670 aa  1380    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.269353 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5111  DNA ligase, NAD-dependent  54.51 
 
 		 695 aa  778    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.246917  normal  0.382765 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3475  DNA ligase, NAD-dependent  53.63 
 
 		 668 aa  744    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.502596  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.47 
 
 		 670 aa  606  9.999999999999999e-173  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0275  NAD-dependent DNA ligase  44.35 
 
 		 667 aa  604  1.0000000000000001e-171  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  45.22 
 
 		 670 aa  588  1e-167  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.83 
 
 		 670 aa  580  1e-164  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  45.11 
 
 		 669 aa  575  1.0000000000000001e-163  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0538  DNA ligase, NAD-dependent  45.32 
 
 		 662 aa  575  1.0000000000000001e-163  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.98 
 
 		 669 aa  572  1.0000000000000001e-162  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0463  DNA ligase, NAD-dependent  43.34 
 
 		 684 aa  573  1.0000000000000001e-162  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.98 
 
 		 669 aa  572  1.0000000000000001e-162  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.98 
 
 		 669 aa  572  1.0000000000000001e-162  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0483  DNA ligase, NAD-dependent  43.8 
 
 		 674 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.83 
 
 		 669 aa  569  1e-161  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.83 
 
 		 669 aa  569  1e-161  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.09 
 
 		 671 aa  565  1e-160  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  42.67 
 
 		 670 aa  566  1e-160  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  42.09 
 
 		 671 aa  565  1e-160  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.54 
 
 		 669 aa  566  1e-160  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.09 
 
 		 671 aa  565  1e-160  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0313  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.43 
 
 		 676 aa  567  1e-160  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  43.22 
 
 		 672 aa  567  1e-160  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2016  DNA ligase, NAD-dependent  42.86 
 
 		 673 aa  566  1e-160  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.68 
 
 		 669 aa  567  1e-160  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.68 
 
 		 669 aa  566  1e-160  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  42.09 
 
 		 671 aa  565  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.09 
 
 		 671 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.54 
 
 		 669 aa  565  1.0000000000000001e-159  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  43.24 
 
 		 669 aa  563  1.0000000000000001e-159  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.09 
 
 		 671 aa  565  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2213  DNA ligase, NAD-dependent  41.84 
 
 		 671 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000618814  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0277  NAD-dependent DNA ligase LigA  44.36 
 
 		 679 aa  563  1.0000000000000001e-159  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.09 
 
 		 671 aa  565  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  42.28 
 
 		 668 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.94 
 
 		 671 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2883  DNA ligase, NAD-dependent  43.18 
 
 		 678 aa  562  1.0000000000000001e-159  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.745192 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0475  DNA ligase, NAD-dependent  42.31 
 
 		 676 aa  565  1.0000000000000001e-159  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  42.43 
 
 		 668 aa  560  1e-158  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0427  DNA ligase, NAD-dependent  43.59 
 
 		 675 aa  560  1e-158  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  43.14 
 
 		 663 aa  558  1e-158  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0683  DNA ligase, NAD-dependent  42.01 
 
 		 684 aa  560  1e-158  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.992096  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  43.67 
 
 		 677 aa  555  1e-157  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  41.89 
 
 		 683 aa  555  1e-157  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3418  DNA ligase, NAD-dependent  42.9 
 
 		 674 aa  555  1e-157  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.79 
 
 		 671 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.07 
 
 		 670 aa  556  1e-157  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.64 
 
 		 671 aa  552  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.79 
 
 		 671 aa  553  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.53 
 
 		 670 aa  553  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2698  DNA ligase, NAD-dependent  43.05 
 
 		 674 aa  554  1e-156  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.79 
 
 		 671 aa  554  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.53 
 
 		 670 aa  553  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.79 
 
 		 671 aa  555  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  42.64 
 
 		 690 aa  553  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  42.56 
 
 		 689 aa  551  1e-155  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2552  NAD-dependent DNA ligase LigA  42.73 
 
 		 680 aa  551  1e-155  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  42.86 
 
 		 685 aa  551  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  42.73 
 
 		 674 aa  549  1e-155  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  42.5 
 
 		 690 aa  551  1e-155  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1618  DNA ligase, NAD-dependent  42.08 
 
 		 673 aa  550  1e-155  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000164842  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  42.71 
 
 		 691 aa  550  1e-155  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.66 
 
 		 671 aa  546  1e-154  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  41.5 
 
 		 675 aa  546  1e-154  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  41.46 
 
 		 671 aa  546  1e-154  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  41.22 
 
 		 672 aa  548  1e-154  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1511  DNA ligase, NAD-dependent  44.19 
 
 		 662 aa  545  1e-154  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0217425  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1517  DNA ligase, NAD-dependent  42.97 
 
 		 659 aa  545  1e-153  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000611736  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1305  DNA ligase, NAD-dependent  42.14 
 
 		 672 aa  543  1e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.617786  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4656  DNA ligase, NAD-dependent  43.18 
 
 		 673 aa  544  1e-153  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.203554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  43.07 
 
 		 670 aa  545  1e-153  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18071  NAD-dependent DNA ligase LigA  41.29 
 
 		 697 aa  545  1e-153  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.113319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0592  DNA ligase, NAD-dependent  42.75 
 
 		 669 aa  540  9.999999999999999e-153  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.87 
 
 		 681 aa  539  9.999999999999999e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.75 
 
 		 673 aa  539  9.999999999999999e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  41.2 
 
 		 669 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1993  DNA ligase, NAD-dependent  41.37 
 
 		 667 aa  541  9.999999999999999e-153  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1959  DNA ligase, NAD-dependent  41.37 
 
 		 667 aa  541  9.999999999999999e-153  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  40.6 
 
 		 690 aa  542  9.999999999999999e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1442  DNA ligase, NAD-dependent  41.11 
 
 		 665 aa  537  1e-151  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.474438  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2013  DNA ligase, NAD-dependent  42.5 
 
 		 666 aa  538  1e-151  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0824  DNA ligase, NAD-dependent  42.6 
 
 		 688 aa  537  1e-151  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  42.1 
 
 		 685 aa  537  1e-151  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0847  DNA ligase, NAD-dependent  42.6 
 
 		 688 aa  537  1e-151  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  42.02 
 
 		 663 aa  538  1e-151  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3950  DNA ligase, NAD-dependent  40.71 
 
 		 684 aa  532  1e-150  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  42.36 
 
 		 681 aa  535  1e-150  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  40.36 
 
 		 681 aa  533  1e-150  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  41.82 
 
 		 685 aa  534  1e-150  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1117  DNA ligase, NAD-dependent  39.08 
 
 		 673 aa  533  1e-150  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.62969  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  41.75 
 
 		 706 aa  533  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2461  DNA ligase, NAD-dependent  41.14 
 
 		 670 aa  535  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360751  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  40 
 
 		 682 aa  533  1e-150  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  41.82 
 
 		 685 aa  535  1e-150  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>