More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0009 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
183 aa  383  1e-106  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1655  DNA polymerase III subunit epsilon  36.67 
 
 
302 aa  142  2e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1394  DNA polymerase III subunit epsilon  37.22 
 
 
302 aa  143  2e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00500752  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2578  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  41.3 
 
 
337 aa  139  3e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0358543  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2865  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3-5 exonuclease  37.5 
 
 
207 aa  137  7.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.161368  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3096  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.39 
 
 
201 aa  135  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.316534  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2310  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.88 
 
 
336 aa  132  3.9999999999999996e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000167854 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2129  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.53 
 
 
335 aa  131  5e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0010  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.22 
 
 
289 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.847041  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2577  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.64 
 
 
196 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181188  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0401  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.96 
 
 
297 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1529  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  42.26 
 
 
177 aa  126  2.0000000000000002e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0325  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.96 
 
 
297 aa  125  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964819  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1688  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.42 
 
 
186 aa  125  5e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.609877 
 
 
-
 
NC_002950  PG0223  exonuclease  37.5 
 
 
163 aa  124  6e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0370  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.39 
 
 
297 aa  124  7e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1663  DNA polymerase III, epsilon subunit or related 3'-5' exonuclease  36.52 
 
 
177 aa  120  9e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2838  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.86 
 
 
199 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  hitchhiker  0.0093058 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0492  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.91 
 
 
189 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6637  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.58 
 
 
210 aa  115  3e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3293  exonuclease  33.33 
 
 
314 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413977  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  37.2 
 
 
184 aa  111  5e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08390  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  37.93 
 
 
381 aa  111  5e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.69329  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0595  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.97 
 
 
170 aa  111  5e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.837923  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0402  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.15 
 
 
179 aa  108  3e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000167602  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1294  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  33.71 
 
 
177 aa  107  8.000000000000001e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0141  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.85 
 
 
177 aa  106  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000727822  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2432  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.59 
 
 
164 aa  103  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000167398  hitchhiker  0.000000855103 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4454  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32 
 
 
187 aa  100  9e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000618173 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1582  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.55 
 
 
176 aa  100  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.44 
 
 
184 aa  100  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.44 
 
 
184 aa  100  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  35.8 
 
 
1442 aa  98.6  4e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1633  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.22 
 
 
367 aa  92.8  2e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.117294  hitchhiker  0.000656325 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1746  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.34 
 
 
280 aa  93.2  2e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  32.8 
 
 
1397 aa  93.2  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  35.15 
 
 
1433 aa  90.9  8e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  30.22 
 
 
1407 aa  85.1  5e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  31.4 
 
 
1402 aa  82.4  0.000000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3538  transposase  32.56 
 
 
282 aa  81.6  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.761047 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0132  exonuclease  28.74 
 
 
196 aa  81.3  0.000000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294449  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  31.18 
 
 
570 aa  77.8  0.00000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.11 
 
 
595 aa  77  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  29.19 
 
 
578 aa  75.5  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  28.73 
 
 
551 aa  75.1  0.0000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  29.88 
 
 
1365 aa  74.7  0.0000000000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  30.72 
 
 
1435 aa  74.3  0.0000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1467  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.32 
 
 
475 aa  73.9  0.000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230111  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4078  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.22 
 
 
197 aa  73.9  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  30.12 
 
 
1362 aa  72.8  0.000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2625  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.19 
 
 
300 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401759  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.79 
 
 
605 aa  72.8  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2024  Rad3-related DNA helicase  27.12 
 
 
791 aa  72.4  0.000000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.323186  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  31.82 
 
 
1433 aa  72.4  0.000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  33.09 
 
 
181 aa  72  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0330  exonuclease  29.81 
 
 
334 aa  72.4  0.000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4900  DNA polymerase III subunit epsilon  31.13 
 
 
330 aa  72  0.000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4989  DNA polymerase III subunit epsilon  31.13 
 
 
330 aa  72  0.000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  32.73 
 
 
1433 aa  72  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  31.21 
 
 
1426 aa  72  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  31.82 
 
 
1433 aa  71.6  0.000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  30.07 
 
 
168 aa  71.6  0.000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5268  DNA polymerase III subunit epsilon  30.46 
 
 
330 aa  71.6  0.000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.674728  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
375 aa  71.6  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  31.82 
 
 
970 aa  71.2  0.000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  31.82 
 
 
1433 aa  71.2  0.000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  31.82 
 
 
1433 aa  71.2  0.000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  31.82 
 
 
1433 aa  71.2  0.000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  31.82 
 
 
1433 aa  71.2  0.000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  31.82 
 
 
1433 aa  71.2  0.000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.66 
 
 
715 aa  71.2  0.000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  27.22 
 
 
170 aa  71.2  0.000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.67 
 
 
375 aa  70.9  0.000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  35 
 
 
180 aa  70.9  0.00000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  31.82 
 
 
379 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.95 
 
 
769 aa  70.9  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  28.74 
 
 
578 aa  69.7  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  30.91 
 
 
1433 aa  69.7  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  30.91 
 
 
1433 aa  69.7  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.94 
 
 
449 aa  70.1  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  32 
 
 
378 aa  68.9  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  32 
 
 
398 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  30.92 
 
 
1390 aa  68.9  0.00000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.25 
 
 
204 aa  68.9  0.00000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  27.85 
 
 
1449 aa  68.9  0.00000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5519  DNA polymerase III subunit epsilon  29.81 
 
 
333 aa  68.6  0.00000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.716069  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  27.85 
 
 
1449 aa  68.2  0.00000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.87 
 
 
328 aa  68.2  0.00000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.26 
 
 
180 aa  67.8  0.00000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.59 
 
 
921 aa  67.8  0.00000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3956  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.71 
 
 
502 aa  67.4  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  29.12 
 
 
584 aa  67  0.0000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  32 
 
 
375 aa  67  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  27.81 
 
 
574 aa  67  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  32 
 
 
375 aa  67  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1292  DNA polymerase III subunit epsilon  29.81 
 
 
345 aa  67  0.0000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.33 
 
 
204 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0097  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.87 
 
 
211 aa  67.4  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  32 
 
 
375 aa  67  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 
229 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>