More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C0258 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007953  Bxe_C0258  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  100 
 
 
492 aa  981    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.986681 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1968  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  36.24 
 
 
475 aa  258  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805203  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6691  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  32.4 
 
 
485 aa  248  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6131  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  34.22 
 
 
489 aa  242  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5308  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  35.07 
 
 
508 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.119708 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5166  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  35.11 
 
 
475 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0740457  normal  0.0860349 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5256  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  34.67 
 
 
475 aa  238  3e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.584441  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3626  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  32.77 
 
 
489 aa  233  5e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2387  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  34.06 
 
 
490 aa  230  5e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178532  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1867  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  31.03 
 
 
480 aa  229  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0456814  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6888  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  33.79 
 
 
506 aa  227  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2440  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  33.05 
 
 
509 aa  226  7e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00769093 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1178  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  31.47 
 
 
505 aa  224  2e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.811879  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1460  MscS mechanosensitive ion channel  33.48 
 
 
493 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6368  MscS mechanosensitive ion channel  33.48 
 
 
493 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7035  MscS mechanosensitive ion channel  33.26 
 
 
493 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.666416  normal  0.218312 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2775  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  34.7 
 
 
493 aa  208  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.85719 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1534  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  32.81 
 
 
501 aa  207  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231252  normal  0.283254 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2519  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  31.44 
 
 
492 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.806579  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2122  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  31.65 
 
 
489 aa  169  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.510942  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5823  MscS mechanosensitive ion channel  31.88 
 
 
345 aa  138  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63499  normal  0.440829 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2790  MscS mechanosensitive ion channel  34.48 
 
 
335 aa  131  3e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.756482  normal  0.557915 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1546  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  24.93 
 
 
479 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4726  MscS mechanosensitive ion channel  30.85 
 
 
325 aa  99.8  9e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.440183  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2712  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  25.79 
 
 
507 aa  98.6  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0470198  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  29.03 
 
 
304 aa  93.2  9e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.243267  n/a   
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4255  mechanosensitive (MS) ion channel protein  26.84 
 
 
311 aa  92  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4144  MscS mechanosensitive ion channel  26.84 
 
 
311 aa  92  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.789982 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4274  hypothetical protein  25.87 
 
 
368 aa  88.6  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5283  MscS Mechanosensitive ion channel  32.95 
 
 
376 aa  83.6  0.000000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2842  MscS mechanosensitive ion channel  28.71 
 
 
369 aa  83.6  0.000000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1124  MscS Mechanosensitive ion channel  32.62 
 
 
345 aa  79.7  0.0000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.745547  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1153  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 
352 aa  78.2  0.0000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2303  MscS Mechanosensitive ion channel  23.59 
 
 
512 aa  77.4  0.0000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.697138  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0617  MscS mechanosensitive ion channel  39.13 
 
 
338 aa  75.9  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210835  normal  0.752053 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0141  MscS Mechanosensitive ion channel  30.26 
 
 
373 aa  75.5  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195967  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03115  MscS Mechanosensitive ion channel  33.98 
 
 
378 aa  74.3  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2568  MscS mechanosensitive ion channel  36.56 
 
 
358 aa  74.3  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2357  hypothetical protein  39.05 
 
 
348 aa  73.6  0.000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.116724  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1633  hypothetical protein  27.03 
 
 
364 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246622  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3071  hypothetical protein  33.9 
 
 
366 aa  72.8  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.962312  normal  0.378174 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0345  hypothetical protein  29.66 
 
 
1103 aa  72  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.742298  unclonable  0.00000473028 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12461  transmembrane protein  25.93 
 
 
481 aa  72.4  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  21.74 
 
 
472 aa  71.2  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1210  MscS mechanosensitive ion channel  40.23 
 
 
344 aa  71.6  0.00000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.224237  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0226  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  36.63 
 
 
473 aa  70.5  0.00000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.512445  normal  0.203081 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3443  MscS mechanosensitive ion channel  30.52 
 
 
1067 aa  70.5  0.00000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0588  transporter, putative  30.52 
 
 
1067 aa  70.5  0.00000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0421  hypothetical protein  29.86 
 
 
1115 aa  70.5  0.00000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.693078  hitchhiker  0.0000017841 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  38.79 
 
 
273 aa  70.1  0.00000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04029  predicted mechanosensitive channel  29.17 
 
 
1107 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.475668  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3831  MscS Mechanosensitive ion channel  29.17 
 
 
1107 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.915765  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03991  hypothetical protein  29.17 
 
 
1107 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.391275  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1464  MscS Mechanosensitive ion channel  33.06 
 
 
338 aa  70.1  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5675  hypothetical protein  29.17 
 
 
1107 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00234961  normal  0.548719 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4401  hypothetical protein  29.17 
 
 
1107 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.199255  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4716  hypothetical protein  29.17 
 
 
1107 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00612141  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1770  MscS mechanosensitive ion channel  26.02 
 
 
406 aa  69.3  0.0000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0587  MscS mechanosensitive ion channel  30.52 
 
 
1067 aa  69.7  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0226105 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0586  MscS mechanosensitive ion channel  30.52 
 
 
1067 aa  69.7  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0875624 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4708  hypothetical protein  29.17 
 
 
1108 aa  68.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749013  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2528  MscS mechanosensitive ion channel  30.14 
 
 
817 aa  68.9  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.290655  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4630  hypothetical protein  29.17 
 
 
1107 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.250026  normal  0.0442574 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4744  hypothetical protein  29.17 
 
 
1108 aa  68.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4691  hypothetical protein  29.17 
 
 
1107 aa  69.3  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00421616  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4765  hypothetical protein  29.17 
 
 
1108 aa  68.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.514219  normal  0.17769 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4625  hypothetical protein  29.17 
 
 
1108 aa  68.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.288253  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4616  hypothetical protein  29.17 
 
 
1108 aa  68.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.115019  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3851  hypothetical protein  29.17 
 
 
1107 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00332968 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0555  MscS mechanosensitive ion channel  31.17 
 
 
1060 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0475901  normal  0.179203 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45100  potassium efflux protein KefA  26.06 
 
 
1117 aa  67.8  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534635  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2730  potassium efflux system KEFA  29.38 
 
 
825 aa  67.8  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.668875  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1186  MscS mechanosensitive ion channel  44.19 
 
 
256 aa  67.8  0.0000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.757811 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3778  MscS mechanosensitive ion channel  29.87 
 
 
1072 aa  67.8  0.0000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3721  MscS Mechanosensitive ion channel  29.87 
 
 
1072 aa  67.8  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3904  MscS mechanosensitive ion channel  29.87 
 
 
1072 aa  67.8  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1942  MscS mechanosensitive ion channel  30.7 
 
 
360 aa  67.4  0.0000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  27.37 
 
 
393 aa  67.4  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0547  MscS mechanosensitive ion channel  29.87 
 
 
1067 aa  67.8  0.0000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0057  MscS Mechanosensitive ion channel  30.3 
 
 
421 aa  67.4  0.0000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.185804  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  24.64 
 
 
274 aa  67  0.0000000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0473  hypothetical protein  28.97 
 
 
1104 aa  67  0.0000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3375  MscS mechanosensitive ion channel  34.78 
 
 
302 aa  66.6  0.0000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.190462  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3291  MscS mechanosensitive ion channel  29.68 
 
 
1068 aa  66.6  0.0000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.563171  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4182  MscS mechanosensitive ion channel  36.88 
 
 
324 aa  66.2  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.774704 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0664  cyclic nucleotide-binding  22.15 
 
 
449 aa  66.2  0.000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0101822  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1093  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 
271 aa  65.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.746887  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0786  MscS mechanosensitive ion channel  31.17 
 
 
1066 aa  66.2  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.213544  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  26.92 
 
 
840 aa  66.2  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3551  MscS mechanosensitive ion channel  30.97 
 
 
1062 aa  66.2  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1934  mechanosensitive ion channel family protein  25.15 
 
 
287 aa  65.5  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.117079  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2392  MscS mechanosensitive ion channel  29.93 
 
 
794 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.211304  hitchhiker  0.00331512 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0849  MscS mechanosensitive ion channel  30.6 
 
 
270 aa  65.5  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.925309  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3321  MscS mechanosensitive ion channel  30 
 
 
1078 aa  65.9  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.660513  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3036  transporter, putative  29.33 
 
 
1080 aa  65.9  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0415629  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  24.04 
 
 
362 aa  65.9  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4182  MscS mechanosensitive ion channel  30.32 
 
 
1070 aa  65.5  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  28.97 
 
 
842 aa  64.7  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0384  hypothetical protein  28.28 
 
 
1107 aa  64.7  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1146  MscS mechanosensitive ion channel  31.85 
 
 
366 aa  64.7  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.779955  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>