More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1093 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1093  DNA topoisomerase type IA central domain protein  100 
 
 		 837 aa  1726    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1139  DNA topoisomerase type IA central domain protein  64.79 
 
 		 849 aa  1038    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.395203 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23450  topoisomerase IA  61.15 
 
 		 837 aa  1021    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000217154  decreased coverage  0.0000000285044 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09220  topoisomerase IA  63.41 
 
 		 834 aa  1024    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.143894  normal  0.0154062 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1964  DNA topoisomerase I  41.43 
 
 		 702 aa  534  1e-150  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0335  DNA topoisomerase I  39.14 
 
 		 747 aa  535  1e-150  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1458  DNA topoisomerase I  37.79 
 
 		 827 aa  524  1e-147  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2731  DNA topoisomerase I  37.2 
 
 		 844 aa  522  1e-146  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.186723  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2461  DNA topoisomerase  36.12 
 
 		 843 aa  517  1.0000000000000001e-145  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0259  DNA topoisomerase type IA central domain protein  36.55 
 
 		 864 aa  509  9.999999999999999e-143  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0095  DNA topoisomerase I  39.39 
 
 		 743 aa  508  9.999999999999999e-143  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000000317173  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3010  DNA topoisomerase I  35.51 
 
 		 863 aa  499  1e-140  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2410  DNA topoisomerase I  40.44 
 
 		 771 aa  492  1e-137  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.11035 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1011  DNA topoisomerase  41.97 
 
 		 931 aa  490  1e-137  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0783808  normal  0.0479859 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0595  DNA topoisomerase I  39.09 
 
 		 744 aa  489  1e-137  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0770  DNA topoisomerase  39.22 
 
 		 931 aa  482  1e-134  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0112956  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0859  DNA topoisomerase  38.91 
 
 		 942 aa  465  1e-129  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.293507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1299  DNA topoisomerase type IA central domain protein  39.21 
 
 		 938 aa  460  9.999999999999999e-129  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.596273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1139  hypothetical protein  37.61 
 
 		 935 aa  437  1e-121  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2128  DNA topoisomerase, type I  31.57 
 
 		 855 aa  381  1e-104  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.572238 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0705  DNA topoisomerase  30.12 
 
 		 780 aa  352  2e-95  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0781  DNA topoisomerase I  29.47 
 
 		 812 aa  344  5e-93  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.935548  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0203  DNA topoisomerase I  28.77 
 
 		 814 aa  337  3.9999999999999995e-91  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.698596 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0158  DNA topoisomerase I  29.06 
 
 		 817 aa  336  1e-90  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.087887  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1699  DNA topoisomerase I  28.99 
 
 		 814 aa  334  4e-90  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0026  DNA topoisomerase I  28.04 
 
 		 853 aa  319  1e-85  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1735  DNA topoisomerase type IA central domain-containing protein  32.06 
 
 		 604 aa  283  1e-74  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.718005  hitchhiker  0.000823973 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1359  DNA topoisomerase  30.12 
 
 		 602 aa  275  3e-72  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.013738 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0392  DNA topoisomerase  31.09 
 
 		 604 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.225119  normal  0.175863 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0885  DNA topoisomerase  30.7 
 
 		 631 aa  270  8.999999999999999e-71  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0843416  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0109  DNA topoisomerase type IA central domain-containing protein  32.42 
 
 		 610 aa  270  1e-70  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  decreased coverage  0.00000681889  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2549  DNA topoisomerase I  30.86 
 
 		 757 aa  268  2e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0550694  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2839  DNA topoisomerase I  32.56 
 
 		 768 aa  266  1e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1115  DNA topoisomerase  31.6 
 
 		 596 aa  264  4.999999999999999e-69  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1889  DNA topoisomerase I  30.62 
 
 		 668 aa  259  2e-67  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.806156  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0891  DNA topoisomerase I  29.9 
 
 		 758 aa  254  5.000000000000001e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000570299  decreased coverage  1.1513e-16 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0406  DNA topoisomerase I  30.58 
 
 		 841 aa  252  2e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.064646  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2181  DNA topoisomerase I  31.04 
 
 		 693 aa  252  2e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0024842  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0083  DNA topoisomerase I  29.54 
 
 		 751 aa  251  3e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  30.49 
 
 		 756 aa  251  4e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000324271  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2792  DNA topoisomerase I  28.67 
 
 		 831 aa  251  5e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0208029  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2885  DNA topoisomerase I  28.67 
 
 		 831 aa  251  5e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.106774  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2699  DNA topoisomerase  29.02 
 
 		 831 aa  250  8e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.737668  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3266  DNA topoisomerase I  30.73 
 
 		 758 aa  249  1e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000837338  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07540  DNA topoisomerase I  28.21 
 
 		 691 aa  248  3e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00641456  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0011  DNA topoisomerase I  29.71 
 
 		 760 aa  247  6e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2073  DNA topoisomerase I  28.19 
 
 		 802 aa  246  9.999999999999999e-64  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1026  DNA topoisomerase I  28.41 
 
 		 697 aa  246  9.999999999999999e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00786254  unclonable  0.0000000108626 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2741  DNA topoisomerase I  29.63 
 
 		 746 aa  245  1.9999999999999999e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.123661  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2445  DNA topoisomerase I  29.97 
 
 		 758 aa  244  6e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000450772  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0106  DNA topoisomerase I  29.19 
 
 		 747 aa  242  2e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1700  DNA topoisomerase I  30.32 
 
 		 693 aa  242  2e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00616947  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2463  DNA topoisomerase I  28.9 
 
 		 804 aa  242  2e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0171  DNA topoisomerase I  27.9 
 
 		 743 aa  241  5e-62  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2658  DNA topoisomerase I  29.97 
 
 		 859 aa  240  5.999999999999999e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00218044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2100  DNA topoisomerase I  29.1 
 
 		 765 aa  240  5.999999999999999e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000378679  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32265  predicted protein  29.15 
 
 		 863 aa  240  9e-62  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.142978  normal  0.982566 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1551  DNA topoisomerase I  30.53 
 
 		 689 aa  240  1e-61  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1984  DNA topoisomerase I  28.45 
 
 		 710 aa  239  2e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.073944  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2711  DNA topoisomerase I  29.54 
 
 		 779 aa  238  2e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000391579  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0528  DNA topoisomerase I  30.17 
 
 		 776 aa  239  2e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000697651  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2693  DNA topoisomerase I  28.32 
 
 		 813 aa  238  3e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305019  normal  0.0402807 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1529  DNA topoisomerase I  29.4 
 
 		 779 aa  237  5.0000000000000005e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.23259e-34 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0086  DNA topoisomerase I  28.97 
 
 		 765 aa  237  8e-61  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000043689  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02352  DNA topoisomerase I  30.55 
 
 		 886 aa  235  2.0000000000000002e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.346512  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1615  DNA topoisomerase I  30.24 
 
 		 836 aa  236  2.0000000000000002e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.830191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0015  DNA topoisomerase I  29.57 
 
 		 851 aa  234  4.0000000000000004e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0016  DNA topoisomerase I  29.57 
 
 		 851 aa  234  4.0000000000000004e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.954343  normal  0.0614036 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3340  DNA topoisomerase  26.21 
 
 		 853 aa  232  2e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.1537  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2652  DNA topoisomerase I  29.4 
 
 		 759 aa  231  3e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4636  DNA topoisomerase I  30.07 
 
 		 894 aa  231  3e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2522  DNA topoisomerase I  29.54 
 
 		 759 aa  231  4e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0460  DNA topoisomerase I  29.62 
 
 		 702 aa  231  4e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.159815  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2069  DNA topoisomerase I  29.14 
 
 		 758 aa  231  4e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1381  DNA topoisomerase I  28.95 
 
 		 696 aa  230  7e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0572  DNA topoisomerase I  29.4 
 
 		 686 aa  229  1e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0758735  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2212  DNA topoisomerase I  28.26 
 
 		 798 aa  229  2e-58  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01260  hypothetical protein  28.67 
 
 		 865 aa  228  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.742047  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01250  DNA topoisomerase I  28.67 
 
 		 865 aa  228  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.856005  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2375  DNA topoisomerase I  28.67 
 
 		 865 aa  228  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000189026  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2354  DNA topoisomerase I  28.67 
 
 		 865 aa  228  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.01053  unclonable  0.0000000472675 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1383  DNA topoisomerase I  28.67 
 
 		 865 aa  228  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1474  DNA topoisomerase I  28.29 
 
 		 865 aa  228  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00320061  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1430  DNA topoisomerase I  27.34 
 
 		 789 aa  228  5.0000000000000005e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000308935  decreased coverage  0.00155997 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14470  DNA topoisomerase I  28.73 
 
 		 868 aa  227  6e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1498  DNA topoisomerase I  28.67 
 
 		 865 aa  227  7e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1906  DNA topoisomerase I  28.67 
 
 		 865 aa  227  8e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.176274  hitchhiker  0.000000000000101765 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1560  DNA topoisomerase I  30.38 
 
 		 877 aa  226  1e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3717  DNA topoisomerase I  27.67 
 
 		 696 aa  226  1e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000589001  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0213  DNA topoisomerase I  27.85 
 
 		 767 aa  226  1e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00304522  normal  0.312261 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1857  DNA topoisomerase I  28.29 
 
 		 865 aa  226  2e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.2475e-18 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0916  DNA topoisomerase I  27.29 
 
 		 693 aa  226  2e-57  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000916095  hitchhiker  0.000814664 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1583  DNA topoisomerase I  29.26 
 
 		 868 aa  224  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.590699 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1956  DNA topoisomerase I  27.17 
 
 		 700 aa  224  4.9999999999999996e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2433  DNA topoisomerase I  27.8 
 
 		 798 aa  223  9e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.336729  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1655  DNA topoisomerase I  29.12 
 
 		 869 aa  223  9e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.967668  normal  0.788315 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1679  DNA topoisomerase I  28.63 
 
 		 869 aa  223  9e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229175 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1322  DNA topoisomerase I  29.45 
 
 		 872 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.425671  normal  0.143441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2139  DNA topoisomerase I  28.49 
 
 		 869 aa  223  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.124713 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3603  DNA topoisomerase I  28.49 
 
 		 869 aa  223  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0171104  normal  0.313127 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>