134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0551 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0551  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 210 aa  432  1e-120  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.401249  hitchhiker  0.0000933135 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03030  SOS response transcriptional repressor, RecA-mediated autopeptidase  29.38 
 
 		 228 aa  77.4  0.0000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.0000000274718  hitchhiker  1.62281e-36 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  31.66 
 
 		 227 aa  72.4  0.000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0797  transcriptional regulator, XRE family  29.35 
 
 		 206 aa  69.7  0.00000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.028007  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1503  LexA repressor  34.35 
 
 		 239 aa  67  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.106376 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5087  transcriptional regulator, XRE family  26.76 
 
 		 232 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2499  transcriptional regulator, XRE family  26.42 
 
 		 211 aa  62  0.000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.500321  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  26.57 
 
 		 209 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  27.86 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3317  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 281 aa  60.1  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000786405  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1183  putative prophage repressor  27.98 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00355534  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6072  putative transcriptional regulator Cro/CI family  32.89 
 
 		 233 aa  53.5  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.406393 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 68 aa  52.8  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0593  transcriptional regulator, XRE family  30.22 
 
 		 225 aa  53.1  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0472  Cro/CI family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 224 aa  49.7  0.00003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404493 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1622  transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 		 100 aa  49.7  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0210  putative prophage repressor  24.62 
 
 		 218 aa  49.7  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2252  XRE family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 100 aa  49.7  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00411497  normal  0.680338 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1366  putative prophage repressor  24.75 
 
 		 236 aa  48.9  0.00005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.291481  normal  0.476202 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 273 aa  48.5  0.00007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0726  putative phage repressor  24.4 
 
 		 225 aa  48.5  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.255707  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1916  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 128 aa  48.1  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0812721  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0234  XRE family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 334 aa  48.1  0.00009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00407493  hitchhiker  0.000000000000790722 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0008  XRE family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 107 aa  48.1  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000363546  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2791  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 139 aa  48.1  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13300  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  43.64 
 
 		 509 aa  47.8  0.0001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.801467  normal  0.209244 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  24.17 
 
 		 214 aa  47.8  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_002978  WD0255  transcriptional regulator, putative  40.35 
 
 		 308 aa  47  0.0002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0623  transcriptional regulator, putative  35.21 
 
 		 302 aa  47  0.0002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0864444  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2167  putative phage repressor  23.72 
 
 		 244 aa  47  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.117586  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1409  putative phage repressor  29.23 
 
 		 210 aa  47  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0696097  normal  0.123244 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  33.75 
 
 		 516 aa  47.4  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2265  XRE family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 433 aa  47  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.796244  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1803  LexA repressor  29.36 
 
 		 231 aa  47  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00193546  normal  0.136628 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3983  putative phage repressor  26.94 
 
 		 240 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000900431  normal  0.128218 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3262  putative phage repressor  25.32 
 
 		 241 aa  46.2  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1922  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 128 aa  46.2  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.243972  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0817  putative phage repressor  24.06 
 
 		 205 aa  46.2  0.0003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2431  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 		 125 aa  46.2  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000620136 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1025  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 104 aa  45.8  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00172819  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1044  helix-turn-helix domain-containing protein  38.98 
 
 		 104 aa  45.8  0.0004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0449357  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 268 aa  46.2  0.0004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1308  XRE family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 229 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3831  prophage LambdaBa02, repressor protein  39.47 
 
 		 122 aa  45.8  0.0005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0071415  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4126  prophage LambdaBa02, repressor protein  39.47 
 
 		 122 aa  45.8  0.0005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.158818  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1549  LexA repressor  29.1 
 
 		 224 aa  45.4  0.0005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.583013  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2310  LexA repressor  29.1 
 
 		 224 aa  45.4  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.389414  normal  0.217511 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  32.94 
 
 		 110 aa  45.8  0.0005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1866  LexA repressor  26.35 
 
 		 225 aa  45.4  0.0006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.306175  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3103  transcriptional regulator, XRE family  36.71 
 
 		 503 aa  45.4  0.0006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597911  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1898  LexA repressor  29.91 
 
 		 251 aa  45.1  0.0007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  32.31 
 
 		 296 aa  45.1  0.0007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  24.89 
 
 		 233 aa  45.1  0.0007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2082  LexA repressor  32.43 
 
 		 231 aa  45.4  0.0007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.414888 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0793  LexA repressor  27.01 
 
 		 207 aa  45.1  0.0008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163757  hitchhiker  8.744270000000001e-24 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3565  LexA repressor  30.7 
 
 		 224 aa  45.1  0.0008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000173958  hitchhiker  0.00714221 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 123 aa  44.3  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3074  Repressor lexA  29.85 
 
 		 197 aa  44.3  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.459225  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2300  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 135 aa  44.3  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0137231  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4028  prophage LambdaBa02, repressor protein  38.16 
 
 		 122 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210086  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  25.11 
 
 		 233 aa  44.3  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 277 aa  44.7  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6981  transcriptional regulator, XRE family  27.57 
 
 		 245 aa  44.7  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0626  transcriptional regulator, putative  40.35 
 
 		 303 aa  43.9  0.002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0882771  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1153  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.38 
 
 		 1143 aa  43.5  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648529  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 321 aa  43.5  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1875  putative phage repressor  24 
 
 		 244 aa  43.9  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4900  hypothetical protein  31.48 
 
 		 105 aa  43.5  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.978216  normal  0.040659 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1054  SOS-response transcriptional repressor, LexA  28.36 
 
 		 241 aa  43.9  0.002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.675228 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2558  LexA repressor  29.27 
 
 		 224 aa  43.9  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.031889  normal  0.0134465 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1743  putative phage repressor  30 
 
 		 235 aa  43.5  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.487543 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1184  SOS-response transcriptional repressor, LexA  30.95 
 
 		 199 aa  43.9  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  24.68 
 
 		 229 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 104 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2782  LexA repressor  27.15 
 
 		 235 aa  43.5  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0386684  hitchhiker  0.000588647 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2981  transcriptional regulator, XRE family  23.08 
 
 		 312 aa  43.5  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  30.43 
 
 		 144 aa  43.5  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3182  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 513 aa  43.1  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0470208  hitchhiker  0.000000000985397 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0832  LexA repressor  32.41 
 
 		 227 aa  43.1  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0630209  hitchhiker  0.00461064 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  37.31 
 
 		 342 aa  43.1  0.003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1516  LexA repressor  26.47 
 
 		 223 aa  43.1  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.142022 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3395  LexA repressor  26.47 
 
 		 269 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1120  SOS-response transcriptional repressor, LexA  26.24 
 
 		 205 aa  42.7  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.430548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1733  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 133 aa  42.7  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2054  putative phage repressor  21.34 
 
 		 238 aa  42.7  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000034182  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2091  peptidase S24 S26A and S26B  21.34 
 
 		 238 aa  42.7  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000399055  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  22.96 
 
 		 216 aa  42.7  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0793  SOS-response transcriptional repressor, LexA  28.79 
 
 		 198 aa  42.7  0.004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 262 aa  42.7  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20950  putative prophage repressor  26.73 
 
 		 200 aa  42.7  0.004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000578065  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  36.84 
 
 		 262 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3750  LexA repressor  26.47 
 
 		 223 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.596492  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3799  LexA repressor  26.47 
 
 		 223 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  36.84 
 
 		 262 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3418  transcriptional regulator, XRE family  32.2 
 
 		 97 aa  42.7  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.961393 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0751  hypothetical protein  21.47 
 
 		 215 aa  42.4  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3727  LexA repressor  26.47 
 
 		 206 aa  42.4  0.005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3479  LexA repressor  26.47 
 
 		 269 aa  42.4  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3754  LexA repressor  26.47 
 
 		 206 aa  42.4  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>