78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4900 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4900  hypothetical protein  100 
 
 		 105 aa  209  9e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.978216  normal  0.040659 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2252  XRE family transcriptional regulator  53.06 
 
 		 100 aa  110  6e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00411497  normal  0.680338 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1622  transcriptional regulator, XRE family  53.06 
 
 		 100 aa  110  6e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3922  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.62 
 
 		 118 aa  53.1  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4373  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 123 aa  52.8  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00851296  normal  0.949544 
 
 
-
 
NC_003296  RS01906  hypothetical protein  37.8 
 
 		 180 aa  49.3  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.610922  normal  0.293874 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4487  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 177 aa  48.5  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.181354  normal  0.422127 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04053  Transcriptional Regulator, XRE family protein  32.1 
 
 		 106 aa  48.5  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4620  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 177 aa  48.5  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.157225  normal  0.499919 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0549  transcriptional regulator, XRE family  32.1 
 
 		 103 aa  47.8  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0568  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 		 304 aa  47.4  0.00006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.415819  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6814  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 		 102 aa  47.4  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.745896  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3418  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 97 aa  47  0.00009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.961393 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0688  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 110 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1125  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 104 aa  46.2  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  42.31 
 
 		 342 aa  46.6  0.0001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0152  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 93 aa  46.2  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4562  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 98 aa  46.6  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00197637  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1817  DNA-binding protein  40.74 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.252724  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2220  DNA-binding protein  40.74 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0402427  normal  0.0285701 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5107  DNA-binding protein  35.19 
 
 		 63 aa  45.8  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1927  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4938  transcriptional regulator, DNA-binding protein  35.19 
 
 		 63 aa  46.2  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4953  transcriptional regulator, DNA-binding protein  35.19 
 
 		 63 aa  45.4  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.282305  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5498  DNA-binding protein  35.19 
 
 		 63 aa  45.8  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1442  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 103 aa  45.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 68 aa  45.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2391  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 247 aa  44.7  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5575  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 63 aa  44.7  0.0005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  32.43 
 
 		 380 aa  44.3  0.0005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2005  transcriptional regulator, XRE family  41.1 
 
 		 388 aa  44.3  0.0006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.445906  normal  0.114252 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  36.54 
 
 		 347 aa  44.3  0.0006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1547  XRE family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 102 aa  43.9  0.0008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.358445  normal  0.0388732 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3102  XRE family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 87 aa  43.5  0.0009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0346423 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 91 aa  43.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 91 aa  43.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3853  XRE family molybdate metabolism transcriptional regulator  31.73 
 
 		 377 aa  43.1  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.593506  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0551  transcriptional regulator, XRE family  31.48 
 
 		 210 aa  43.5  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.401249  hitchhiker  0.0000933135 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5804  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 101 aa  43.5  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.365754  normal  0.0338567 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1336  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 104 aa  43.5  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40166 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2564  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 104 aa  43.5  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2735  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 104 aa  43.5  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0538  XRE family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 202 aa  43.5  0.001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2079  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 186 aa  43.5  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0185194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6072  putative transcriptional regulator Cro/CI family  41.82 
 
 		 233 aa  42.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.406393 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  39.66 
 
 		 459 aa  42.4  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 91 aa  42.7  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  34.67 
 
 		 184 aa  42.4  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 187 aa  42.4  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0576  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 74 aa  42.4  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016932  normal  0.922143 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  30.67 
 
 		 322 aa  42.4  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0638  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 74 aa  42.4  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000543981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2650  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 113 aa  42  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.20024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  35.09 
 
 		 178 aa  42  0.003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1573  transcriptional regulator, XRE family  30.36 
 
 		 63 aa  42  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4042  molybdate metabolism transcriptional regulator  37.04 
 
 		 376 aa  41.6  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.805509  normal  0.419577 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0029  Cro/CI family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 67 aa  41.2  0.004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.735967  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3341  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 217 aa  41.2  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 103 aa  41.2  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2151  XRE family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 64 aa  41.2  0.005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.194811  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06790  hypothetical protein  34.48 
 
 		 187 aa  41.2  0.005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.171424  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  35.09 
 
 		 94 aa  41.2  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3707  molybdate metabolism transcriptional regulator  40.74 
 
 		 374 aa  41.2  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.487138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 97 aa  41.2  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4362  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 69 aa  40.8  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2293  XRE family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 184 aa  40.8  0.006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.351634 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 134 aa  40.8  0.006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1574  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 		 184 aa  40.8  0.006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.844747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5366  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 65 aa  40.8  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.53351  normal  0.352058 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0381  XRE family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 91 aa  40.8  0.007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  37.04 
 
 		 175 aa  40.4  0.007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0227  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 119 aa  40.4  0.008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  35.29 
 
 		 188 aa  40.4  0.008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2552  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 64 aa  40.4  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.954813 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  26.83 
 
 		 209 aa  40  0.009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4469  helix-turn-helix domain-containing protein  26.83 
 
 		 209 aa  40  0.009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0370  transcriptional regulator  30.86 
 
 		 97 aa  40  0.01  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.175998  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4933  transcriptional regulator, XRE family  26.09 
 
 		 209 aa  40  0.01  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  0.360863 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>