127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_2761 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  100 
 
 		 326 aa  642    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  97.85 
 
 		 375 aa  561  1.0000000000000001e-159  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  58.17 
 
 		 306 aa  301  8.000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  59.27 
 
 		 337 aa  296  4e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  53.4 
 
 		 295 aa  295  8e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  55.73 
 
 		 283 aa  283  3.0000000000000004e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  55.17 
 
 		 306 aa  273  3e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  50.38 
 
 		 295 aa  254  1.0000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  51.15 
 
 		 279 aa  247  3e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  46.3 
 
 		 302 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  45.56 
 
 		 302 aa  243  3e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  41.64 
 
 		 281 aa  243  3.9999999999999997e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  43.25 
 
 		 304 aa  243  5e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  43.91 
 
 		 282 aa  242  6e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  44.87 
 
 		 309 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  45.82 
 
 		 284 aa  241  1e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  42.35 
 
 		 311 aa  240  2e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  45.25 
 
 		 309 aa  238  1e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  43.22 
 
 		 315 aa  237  2e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  43.59 
 
 		 315 aa  237  2e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  42.49 
 
 		 315 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  51.78 
 
 		 290 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  50.68 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  42.39 
 
 		 292 aa  224  1e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  40.98 
 
 		 279 aa  223  2e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  49.01 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  47.06 
 
 		 270 aa  222  7e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  43.15 
 
 		 288 aa  222  8e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  41.22 
 
 		 279 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  48.46 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  43.36 
 
 		 279 aa  214  9.999999999999999e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  40.65 
 
 		 317 aa  209  6e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  43.28 
 
 		 281 aa  206  6e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  41.73 
 
 		 282 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  36.99 
 
 		 282 aa  201  1.9999999999999998e-50  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  36.59 
 
 		 282 aa  199  5e-50  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  37.71 
 
 		 272 aa  199  6e-50  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  36.59 
 
 		 282 aa  199  6e-50  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000183031  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  39.53 
 
 		 291 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  41.31 
 
 		 266 aa  198  9e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  41.87 
 
 		 302 aa  197  3e-49  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  35.18 
 
 		 312 aa  193  4e-48  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  39.58 
 
 		 272 aa  191  1e-47  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000250691  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  36.65 
 
 		 275 aa  191  1e-47  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  38.67 
 
 		 271 aa  183  3e-45  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  42.34 
 
 		 282 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  36.71 
 
 		 269 aa  175  9.999999999999999e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  37.55 
 
 		 275 aa  173  2.9999999999999996e-42  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  31.6 
 
 		 825 aa  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  34.22 
 
 		 845 aa  62  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  26.96 
 
 		 855 aa  61.6  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  33.91 
 
 		 846 aa  60.8  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  29.84 
 
 		 866 aa  60.8  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  32.75 
 
 		 321 aa  59.7  0.00000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  31.9 
 
 		 833 aa  59.3  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  29.11 
 
 		 896 aa  58.9  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  30.69 
 
 		 847 aa  58.9  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  28.46 
 
 		 828 aa  58.5  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  30.61 
 
 		 436 aa  58.5  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  30.4 
 
 		 864 aa  58.5  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  31.31 
 
 		 833 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  27.22 
 
 		 815 aa  58.5  0.0000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  29.69 
 
 		 833 aa  56.2  0.0000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  30.82 
 
 		 913 aa  56.2  0.0000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  29.6 
 
 		 845 aa  54.7  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  33.04 
 
 		 656 aa  54.3  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  43.42 
 
 		 831 aa  54.3  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  33.91 
 
 		 658 aa  53.9  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  30.63 
 
 		 376 aa  53.5  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  31.13 
 
 		 865 aa  53.5  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  34.05 
 
 		 683 aa  53.5  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  29.88 
 
 		 852 aa  53.1  0.000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  28.89 
 
 		 901 aa  53.1  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  33.47 
 
 		 684 aa  52.8  0.000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  30.95 
 
 		 882 aa  52.8  0.000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  31.22 
 
 		 832 aa  52.8  0.000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  29.57 
 
 		 644 aa  52  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  28.62 
 
 		 856 aa  52  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  28.75 
 
 		 914 aa  51.2  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  28.76 
 
 		 358 aa  51.2  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  24.44 
 
 		 306 aa  50.8  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  28.57 
 
 		 818 aa  50.8  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  29.72 
 
 		 797 aa  50.4  0.00004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  28.96 
 
 		 882 aa  50.1  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  29.52 
 
 		 825 aa  49.7  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  30.13 
 
 		 822 aa  49.7  0.00006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  29.22 
 
 		 886 aa  49.7  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  30 
 
 		 883 aa  49.7  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  28.28 
 
 		 847 aa  49.3  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  28.57 
 
 		 930 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  28.93 
 
 		 837 aa  48.9  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  28.33 
 
 		 847 aa  48.9  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  33.97 
 
 		 816 aa  48.5  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  33.87 
 
 		 658 aa  48.1  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  29.13 
 
 		 893 aa  48.1  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  30 
 
 		 495 aa  47.8  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  30.67 
 
 		 888 aa  48.1  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1534  DNA ligase, ATP-dependent  24.8 
 
 		 432 aa  47.4  0.0003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120841  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  27.8 
 
 		 848 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  26.94 
 
 		 853 aa  47.4  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>