78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2019 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  100 
 
 		 295 aa  599  1e-170  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  79.01 
 
 		 306 aa  436  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  71.15 
 
 		 337 aa  368  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  64.06 
 
 		 283 aa  338  5.9999999999999996e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  53.67 
 
 		 295 aa  285  5e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  56.72 
 
 		 326 aa  275  4e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  57.14 
 
 		 375 aa  275  6e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  50.56 
 
 		 279 aa  270  2e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  52.9 
 
 		 298 aa  260  2e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  48.72 
 
 		 315 aa  256  3e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  49.08 
 
 		 315 aa  256  3e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  48.46 
 
 		 281 aa  255  5e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  49.08 
 
 		 309 aa  255  5e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  50.57 
 
 		 306 aa  255  5e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  46.69 
 
 		 311 aa  254  9e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  48.35 
 
 		 315 aa  253  3e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  43.69 
 
 		 302 aa  248  9e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  46.24 
 
 		 282 aa  247  2e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  44.22 
 
 		 304 aa  246  3e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  43 
 
 		 302 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  49.81 
 
 		 290 aa  242  6e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  46.27 
 
 		 309 aa  240  2e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  43.8 
 
 		 279 aa  240  2e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  42.4 
 
 		 284 aa  239  2.9999999999999997e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  43.85 
 
 		 279 aa  237  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  41.25 
 
 		 317 aa  238  1e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  45.08 
 
 		 270 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  46.36 
 
 		 298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  45.1 
 
 		 279 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  41.81 
 
 		 282 aa  231  2e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  46.09 
 
 		 288 aa  229  3e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  41.76 
 
 		 281 aa  226  5.0000000000000005e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  42.51 
 
 		 292 aa  224  1e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  41.44 
 
 		 291 aa  223  3e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  43.33 
 
 		 303 aa  203  4e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  39.18 
 
 		 272 aa  198  1.0000000000000001e-49  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  35.27 
 
 		 275 aa  198  1.0000000000000001e-49  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  39.77 
 
 		 271 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  33.96 
 
 		 312 aa  197  3e-49  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  39.83 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  36.06 
 
 		 266 aa  189  5e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  35.74 
 
 		 269 aa  187  2e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  36.33 
 
 		 272 aa  186  4e-46  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000250691  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  32.53 
 
 		 282 aa  182  8.000000000000001e-45  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  33.33 
 
 		 282 aa  181  1e-44  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000183031  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  32.93 
 
 		 282 aa  179  4e-44  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  40.48 
 
 		 282 aa  179  4e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  36.44 
 
 		 275 aa  173  3.9999999999999995e-42  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  29.2 
 
 		 882 aa  58.5  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  26.94 
 
 		 847 aa  55.5  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  39.08 
 
 		 412 aa  55.5  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  27.52 
 
 		 833 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 833 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  29.73 
 
 		 321 aa  53.9  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  32 
 
 		 939 aa  52  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  29.2 
 
 		 864 aa  51.2  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  24.41 
 
 		 306 aa  51.2  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  28.57 
 
 		 871 aa  49.7  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  28.83 
 
 		 832 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  42.86 
 
 		 831 aa  48.9  0.00009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  27.27 
 
 		 847 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  26.61 
 
 		 833 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006687  CNE00160  expressed protein  27.86 
 
 		 674 aa  48.5  0.0001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.377444  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.51 
 
 		 550 aa  47.4  0.0003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  27.27 
 
 		 840 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1534  DNA ligase, ATP-dependent  25.42 
 
 		 432 aa  47  0.0004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120841  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  35.23 
 
 		 437 aa  46.6  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  34.09 
 
 		 437 aa  46.2  0.0006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  28.07 
 
 		 846 aa  46.2  0.0007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  30.71 
 
 		 837 aa  45.8  0.0008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  25.83 
 
 		 851 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  25.4 
 
 		 828 aa  45.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  34.48 
 
 		 437 aa  45.8  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  26.85 
 
 		 847 aa  43.9  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  23.3 
 
 		 866 aa  43.5  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  27.71 
 
 		 436 aa  43.1  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  26.22 
 
 		 837 aa  43.1  0.006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  25.15 
 
 		 853 aa  42.4  0.01  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>