122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I1366 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  100 
 
 		 284 aa  582  1.0000000000000001e-165  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  51.26 
 
 		 281 aa  297  1e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  49.8 
 
 		 282 aa  279  5e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  42.7 
 
 		 295 aa  256  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  44.56 
 
 		 279 aa  246  4e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  47.39 
 
 		 283 aa  244  8e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  45.2 
 
 		 282 aa  243  3e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  45.31 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  42.4 
 
 		 295 aa  239  2.9999999999999997e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  45.31 
 
 		 337 aa  236  3e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  38.89 
 
 		 291 aa  236  4e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  45.82 
 
 		 375 aa  233  2.0000000000000002e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  45.82 
 
 		 326 aa  233  3e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  44.05 
 
 		 279 aa  232  4.0000000000000004e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  41.2 
 
 		 306 aa  232  6e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  41.54 
 
 		 279 aa  228  1e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  44.84 
 
 		 288 aa  226  3e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  39.3 
 
 		 311 aa  223  4e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  42.23 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  39.77 
 
 		 315 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  39.38 
 
 		 315 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  39.77 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  37.74 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  39.38 
 
 		 315 aa  215  5e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  37.13 
 
 		 304 aa  215  7e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  37.74 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  39.35 
 
 		 279 aa  214  9.999999999999999e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  41.67 
 
 		 281 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  43.75 
 
 		 272 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000250691  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  40.24 
 
 		 309 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  38.11 
 
 		 298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  40.65 
 
 		 317 aa  211  1e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  42.46 
 
 		 303 aa  207  1e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  42.34 
 
 		 290 aa  206  5e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  40.64 
 
 		 270 aa  205  5e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  39.6 
 
 		 292 aa  205  6e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  38.31 
 
 		 282 aa  205  7e-52  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000183031  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  38.71 
 
 		 282 aa  205  8e-52  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  37.9 
 
 		 282 aa  204  2e-51  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  39.6 
 
 		 266 aa  202  7e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  45.42 
 
 		 282 aa  198  7e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  37.94 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  39.74 
 
 		 272 aa  187  1e-46  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  36.08 
 
 		 275 aa  187  2e-46  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  36.25 
 
 		 269 aa  177  2e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  34.72 
 
 		 312 aa  172  3.9999999999999995e-42  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  33.86 
 
 		 271 aa  169  7e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  33.46 
 
 		 275 aa  167  2e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  28.28 
 
 		 831 aa  61.6  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  31.58 
 
 		 833 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  30.33 
 
 		 840 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  23.24 
 
 		 306 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  29.87 
 
 		 847 aa  55.8  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  30.8 
 
 		 848 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  27.38 
 
 		 895 aa  54.3  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  33.96 
 
 		 845 aa  53.9  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  28.76 
 
 		 833 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  27.15 
 
 		 918 aa  53.5  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  29.05 
 
 		 833 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  31.25 
 
 		 1001 aa  52.8  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  26.89 
 
 		 901 aa  51.2  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  30.43 
 
 		 758 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  30.43 
 
 		 758 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  30.43 
 
 		 758 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  31.88 
 
 		 954 aa  50.8  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  27.84 
 
 		 893 aa  50.4  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  24.6 
 
 		 412 aa  50.4  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  39.32 
 
 		 927 aa  50.4  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  31.88 
 
 		 940 aa  50.8  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  27.46 
 
 		 847 aa  50.4  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  26.47 
 
 		 816 aa  50.1  0.00004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  27.06 
 
 		 847 aa  50.1  0.00004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  39.32 
 
 		 936 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  39.32 
 
 		 936 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5557  DNA ligase (ATP)  27.43 
 
 		 328 aa  50.1  0.00004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.756283  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  33.13 
 
 		 896 aa  49.7  0.00005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  27.71 
 
 		 888 aa  50.1  0.00005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  31.58 
 
 		 846 aa  49.7  0.00006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  27.67 
 
 		 837 aa  49.3  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  26.32 
 
 		 828 aa  49.3  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  27.56 
 
 		 818 aa  48.5  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  30.09 
 
 		 914 aa  48.5  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  27.32 
 
 		 825 aa  48.1  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  29.41 
 
 		 911 aa  47.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  26.67 
 
 		 864 aa  47.8  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  30.88 
 
 		 766 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30 
 
 		 588 aa  47.8  0.0002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  28.5 
 
 		 930 aa  47.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  34.48 
 
 		 855 aa  47.4  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  37.29 
 
 		 949 aa  47.4  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  24.76 
 
 		 883 aa  47  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0814  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.8 
 
 		 590 aa  46.2  0.0006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.389607  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  23.03 
 
 		 437 aa  46.2  0.0007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  23.96 
 
 		 437 aa  46.2  0.0007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  26.29 
 
 		 882 aa  45.8  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  30 
 
 		 939 aa  45.8  0.0008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  35.9 
 
 		 932 aa  45.8  0.0009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  27.85 
 
 		 863 aa  45.8  0.0009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  30.83 
 
 		 763 aa  45.1  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  28.72 
 
 		 837 aa  45.4  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>