69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1587 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  100 
 
 		 270 aa  556  1e-157  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  58.23 
 
 		 281 aa  295  4e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  54.86 
 
 		 309 aa  292  4e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  56.35 
 
 		 291 aa  288  8e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  55.82 
 
 		 288 aa  281  5.000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  51.56 
 
 		 315 aa  272  3e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  51.17 
 
 		 315 aa  272  3e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  51.78 
 
 		 309 aa  272  4.0000000000000004e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  51.56 
 
 		 304 aa  270  2e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  53.18 
 
 		 282 aa  270  2e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  52.96 
 
 		 302 aa  269  2.9999999999999997e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  50.39 
 
 		 315 aa  268  5e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  52.96 
 
 		 302 aa  268  8e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  51.92 
 
 		 311 aa  259  3e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  48.21 
 
 		 279 aa  251  1e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  47.66 
 
 		 292 aa  247  2e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  49.41 
 
 		 279 aa  246  3e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  44.88 
 
 		 317 aa  245  6e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  49.02 
 
 		 295 aa  241  1e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  49.17 
 
 		 337 aa  237  1e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  50 
 
 		 279 aa  237  1e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  45.08 
 
 		 295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  46.9 
 
 		 306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  45.56 
 
 		 279 aa  233  2.0000000000000002e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  47.24 
 
 		 290 aa  226  3e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  44.44 
 
 		 312 aa  225  5.0000000000000005e-58  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  46.25 
 
 		 306 aa  223  3e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  47.28 
 
 		 283 aa  221  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  47.62 
 
 		 282 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  42.51 
 
 		 272 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000250691  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  44.61 
 
 		 303 aa  212  4.9999999999999996e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  47.06 
 
 		 375 aa  211  1e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  47.06 
 
 		 326 aa  210  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  42.86 
 
 		 281 aa  210  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  42.63 
 
 		 282 aa  209  4e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  44.09 
 
 		 298 aa  205  5e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  40.64 
 
 		 284 aa  205  5e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  39.26 
 
 		 272 aa  201  8e-51  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  44.68 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  38.71 
 
 		 282 aa  201  9.999999999999999e-51  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  38.71 
 
 		 282 aa  200  1.9999999999999998e-50  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000183031  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  42.21 
 
 		 271 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  38.8 
 
 		 282 aa  197  1.0000000000000001e-49  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  40.96 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  36.61 
 
 		 275 aa  189  2.9999999999999997e-47  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  38.34 
 
 		 266 aa  188  8e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  39.51 
 
 		 269 aa  186  3e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  38.43 
 
 		 275 aa  180  2e-44  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  29.39 
 
 		 306 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  27.73 
 
 		 321 aa  50.8  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  24.39 
 
 		 822 aa  49.7  0.00005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  35.8 
 
 		 412 aa  48.9  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  25.56 
 
 		 350 aa  47.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.55 
 
 		 588 aa  47.4  0.0003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  27.92 
 
 		 833 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  37.97 
 
 		 437 aa  46.6  0.0004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  26.12 
 
 		 354 aa  47  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  27.27 
 
 		 833 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  35 
 
 		 437 aa  46.2  0.0006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  36.71 
 
 		 437 aa  46.2  0.0006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1534  DNA ligase, ATP-dependent  25 
 
 		 432 aa  45.8  0.0007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120841  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  28.47 
 
 		 831 aa  44.3  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  26.54 
 
 		 547 aa  44.3  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  26.19 
 
 		 833 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  27.97 
 
 		 866 aa  43.9  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  25.78 
 
 		 864 aa  43.1  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  29.25 
 
 		 882 aa  43.5  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  30.65 
 
 		 927 aa  42.7  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  26.69 
 
 		 939 aa  42.7  0.007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>