51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP1534 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP1534  DNA ligase, ATP-dependent  100 
 
 		 432 aa  862    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120841  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  31.34 
 
 		 412 aa  115  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  27.13 
 
 		 437 aa  110  5e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  27.38 
 
 		 437 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  27.25 
 
 		 437 aa  106  9e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE00160  expressed protein  28.47 
 
 		 674 aa  62.4  0.00000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.377444  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  28.85 
 
 		 302 aa  58.5  0.0000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  22.77 
 
 		 306 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  27.27 
 
 		 547 aa  56.2  0.000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  28.71 
 
 		 568 aa  56.2  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  25.42 
 
 		 513 aa  55.5  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  24.58 
 
 		 282 aa  55.5  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  27.41 
 
 		 317 aa  51.2  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  26.17 
 
 		 513 aa  50.8  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  21.18 
 
 		 495 aa  50.8  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  27 
 
 		 279 aa  50.4  0.00006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  25 
 
 		 845 aa  50.4  0.00006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  27.32 
 
 		 843 aa  50.1  0.00008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  25.42 
 
 		 291 aa  50.1  0.00009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  31.62 
 
 		 279 aa  49.3  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  27.24 
 
 		 271 aa  49.7  0.0001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  22.64 
 
 		 522 aa  49.3  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.99 
 
 		 552 aa  49.7  0.0001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  26.67 
 
 		 511 aa  48.5  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0266  hypothetical protein  24.77 
 
 		 455 aa  48.9  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00186221 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  25.32 
 
 		 269 aa  48.1  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  25.84 
 
 		 513 aa  47.8  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  24.47 
 
 		 272 aa  47.8  0.0004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000250691  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  26.17 
 
 		 546 aa  47.4  0.0006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  25.42 
 
 		 295 aa  47  0.0007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  22.55 
 
 		 532 aa  46.6  0.0008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  25 
 
 		 270 aa  45.8  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  23.83 
 
 		 527 aa  45.8  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.25 
 
 		 550 aa  45.1  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  24.8 
 
 		 326 aa  45.4  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  25.55 
 
 		 275 aa  45.4  0.002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.75 
 
 		 553 aa  44.7  0.003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  25.31 
 
 		 375 aa  45.1  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1252  ATP dependent DNA ligase  24.79 
 
 		 348 aa  44.3  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.804327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  26.06 
 
 		 279 aa  44.7  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  25.21 
 
 		 279 aa  44.3  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  21.95 
 
 		 847 aa  44.3  0.005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  23.36 
 
 		 550 aa  43.9  0.006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  29.45 
 
 		 266 aa  43.9  0.006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  25.09 
 
 		 309 aa  43.5  0.007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.81 
 
 		 562 aa  43.5  0.007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.47 
 
 		 592 aa  43.5  0.008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1546  ATP-dependent DNA ligase  25.83 
 
 		 369 aa  43.1  0.009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.290467 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  24.03 
 
 		 275 aa  43.1  0.009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  25.18 
 
 		 282 aa  43.1  0.009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000183031  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  25.18 
 
 		 282 aa  43.1  0.01  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>