More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1546 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_1546  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 369 aa  745    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.290467 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1489  ATP-dependent DNA ligase  93.48 
 
 		 369 aa  692    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000199621 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1947  ATP dependent DNA ligase  63.39 
 
 		 359 aa  468  1.0000000000000001e-131  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6710  ATP-dependent DNA ligase  61.45 
 
 		 346 aa  432  1e-120  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00369161  normal  0.292979 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1252  ATP dependent DNA ligase  63.23 
 
 		 348 aa  421  1e-117  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.804327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0826  ATP-dependent DNA ligase  59.89 
 
 		 354 aa  416  9.999999999999999e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2256  ATP dependent DNA ligase  61.52 
 
 		 352 aa  414  1e-114  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.209492 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5549  ATP-dependent DNA ligase  60.66 
 
 		 360 aa  412  1e-114  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.480302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3859  ATP-dependent DNA ligase  59.15 
 
 		 357 aa  408  1e-113  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1254  ATP-dependent DNA ligase  58.66 
 
 		 366 aa  400  9.999999999999999e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.351593  hitchhiker  0.000397091 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4939  ATP-dependent DNA ligase  58.95 
 
 		 353 aa  399  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5027  ATP-dependent DNA ligase  58.95 
 
 		 353 aa  399  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.792567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5320  ATP-dependent DNA ligase  58.95 
 
 		 353 aa  399  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4038  ATP-dependent DNA ligase  55.37 
 
 		 365 aa  395  1e-109  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4083  ATP-dependent DNA ligase  57.18 
 
 		 363 aa  390  1e-107  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13763  ATP-dependent DNA ligase  57.14 
 
 		 358 aa  390  1e-107  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0907  ATP-dependent DNA ligase  58.15 
 
 		 366 aa  388  1e-107  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0480  ATP-dependent DNA ligase  56.79 
 
 		 371 aa  380  1e-104  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1376  ATP-dependent DNA ligase  54.65 
 
 		 360 aa  378  1e-104  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.165882  normal  0.400562 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5866  ATP-dependent DNA ligase  54.62 
 
 		 369 aa  377  1e-103  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.884257  normal  0.301201 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1579  ATP-dependent DNA ligase  56.71 
 
 		 358 aa  374  1e-102  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5820  ATP-dependent DNA ligase  56.9 
 
 		 358 aa  370  1e-101  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.846497  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1674  ATP dependent DNA ligase  54.42 
 
 		 390 aa  356  2.9999999999999997e-97  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0653  ATP-dependent DNA ligase  53.28 
 
 		 353 aa  355  5e-97  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.192766 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5169  ATP-dependent DNA ligase  49.76 
 
 		 408 aa  353  2.9999999999999997e-96  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00454515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6355  ATP dependent DNA ligase  54.32 
 
 		 361 aa  348  6e-95  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.915888  normal  0.696639 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5292  ATP-dependent DNA ligase  57.59 
 
 		 374 aa  337  9.999999999999999e-92  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4916  ATP-dependent DNA ligase  50.97 
 
 		 353 aa  334  1e-90  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0422666  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5005  ATP-dependent DNA ligase  50.97 
 
 		 353 aa  334  1e-90  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.142668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1273  ATP-dependent DNA ligase  50.69 
 
 		 351 aa  332  8e-90  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0415  ATP dependent DNA ligase  50.84 
 
 		 346 aa  330  2e-89  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5543  ATP-dependent DNA ligase  50.41 
 
 		 359 aa  328  8e-89  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4039  ATP dependent DNA ligase  50.84 
 
 		 342 aa  313  3.9999999999999997e-84  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1585  ATP-dependent DNA ligase  48.55 
 
 		 350 aa  298  1e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.143721  normal  0.0720309 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3429  ATP-dependent DNA ligase  43.73 
 
 		 374 aa  287  2e-76  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5284  ATP-dependent DNA ligase  49.69 
 
 		 311 aa  284  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15600  ATP-dependent DNA ligase  47.4 
 
 		 366 aa  281  9e-75  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.138561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3719  ATP-dependent DNA ligase  46.06 
 
 		 341 aa  276  5e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0581582 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4139  ATP-dependent DNA ligase  47.16 
 
 		 345 aa  271  1e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.141782  normal  0.306207 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2700  ATP-dependent DNA ligase  44.64 
 
 		 365 aa  266  2.9999999999999995e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219093  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5554  ATP dependent DNA ligase  45.93 
 
 		 314 aa  265  1e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.71197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4122  ATP-dependent DNA ligase  41.79 
 
 		 355 aa  264  2e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.582664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5212  ATP-dependent DNA ligase  43.53 
 
 		 339 aa  262  6e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.240793 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0092  ATP-dependent DNA ligase  44.51 
 
 		 337 aa  260  3e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.70122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3905  ATP-dependent DNA ligase  43.31 
 
 		 341 aa  251  1e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.603635  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0864  ATP-dependent DNA ligase  43.47 
 
 		 341 aa  203  4e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.237895  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0816  ATP-dependent DNA ligase  43.33 
 
 		 341 aa  203  4e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0868  ATP-dependent DNA ligase  43.16 
 
 		 341 aa  200  3e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4500  ATP dependent DNA ligase  33.43 
 
 		 344 aa  170  5e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0119  ATP dependent DNA ligase  40.36 
 
 		 337 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.262895  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2271  ATP dependent DNA ligase  37.05 
 
 		 318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4283  ATP dependent DNA ligase  35.35 
 
 		 337 aa  155  8e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.46921 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  31.34 
 
 		 320 aa  115  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  35.99 
 
 		 436 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.12 
 
 		 582 aa  113  7.000000000000001e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  32.21 
 
 		 495 aa  108  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  25.93 
 
 		 316 aa  103  4e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0952  ATP dependent DNA ligase  24.12 
 
 		 307 aa  102  7e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 847 aa  102  8e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  26.32 
 
 		 608 aa  100  5e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.83 
 
 		 509 aa  99.8  6e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  29.53 
 
 		 316 aa  97.8  2e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1799  ATP-dependent DNA ligase  30.68 
 
 		 520 aa  98.6  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.07397  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1846  ATP-dependent DNA ligase  30.68 
 
 		 520 aa  98.6  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297739  normal  0.661172 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  34.34 
 
 		 376 aa  98.6  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  31.18 
 
 		 321 aa  98.2  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1780  ATP-dependent DNA ligase  30.68 
 
 		 520 aa  98.6  2e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  29.31 
 
 		 847 aa  97.8  3e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  27.04 
 
 		 902 aa  97.4  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1649  ATP dependent DNA ligase  29.02 
 
 		 314 aa  97.4  4e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  31.55 
 
 		 508 aa  96.7  6e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.4 
 
 		 522 aa  96.7  6e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  29.28 
 
 		 603 aa  95.1  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  30.54 
 
 		 656 aa  94.4  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  30.86 
 
 		 358 aa  92.8  8e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.43 
 
 		 797 aa  92.4  1e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  29.71 
 
 		 766 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  29.02 
 
 		 877 aa  91.3  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  30.77 
 
 		 477 aa  91.3  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  29.83 
 
 		 816 aa  91.3  3e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  28.33 
 
 		 511 aa  90.5  5e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  25.07 
 
 		 818 aa  89.4  9e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  27.51 
 
 		 845 aa  89  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  28.31 
 
 		 343 aa  88.6  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  29.46 
 
 		 657 aa  88.2  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  29.33 
 
 		 343 aa  88.6  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.22 
 
 		 550 aa  87.8  3e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  29.59 
 
 		 843 aa  87.4  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  27.91 
 
 		 918 aa  87.8  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  26.75 
 
 		 861 aa  87  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  27.79 
 
 		 822 aa  87  4e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0365  ATP dependent DNA ligase  24.69 
 
 		 324 aa  87.4  4e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0278595  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  27.19 
 
 		 871 aa  86.7  6e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  30.7 
 
 		 513 aa  86.7  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1123  DNA ligase, putative  27.99 
 
 		 309 aa  86.7  6e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.91674  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 828 aa  86.3  8e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  29.17 
 
 		 831 aa  86.3  8e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0138  ATP dependent DNA ligase  24 
 
 		 327 aa  85.5  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.465735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  29.64 
 
 		 858 aa  85.1  0.000000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  31.25 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>