68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_2416 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  100 
 
 		 306 aa  622  1e-177  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  76.06 
 
 		 295 aa  441  1e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  67.84 
 
 		 337 aa  350  2e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  65.12 
 
 		 283 aa  338  5e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  51.74 
 
 		 295 aa  288  9e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  57.74 
 
 		 375 aa  284  1.0000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  57.74 
 
 		 326 aa  284  1.0000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  51.11 
 
 		 279 aa  268  7e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  51.11 
 
 		 298 aa  253  3e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  42.55 
 
 		 279 aa  249  3e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  47.73 
 
 		 306 aa  250  3e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  42.86 
 
 		 284 aa  248  6e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  42.38 
 
 		 311 aa  247  2e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  43.75 
 
 		 279 aa  244  1.9999999999999999e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  45.02 
 
 		 315 aa  242  5e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  45.39 
 
 		 315 aa  242  6e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  45.39 
 
 		 309 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  45.02 
 
 		 315 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  48.25 
 
 		 290 aa  238  1e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  43.51 
 
 		 317 aa  238  1e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  46.62 
 
 		 270 aa  238  1e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  44.21 
 
 		 281 aa  236  3e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  41.32 
 
 		 302 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  44.57 
 
 		 288 aa  235  6e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  44.06 
 
 		 279 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  43.56 
 
 		 304 aa  233  3e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  44.23 
 
 		 282 aa  232  6e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  40.62 
 
 		 302 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  47.33 
 
 		 281 aa  231  1e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  44.98 
 
 		 309 aa  228  9e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  46.12 
 
 		 298 aa  228  1e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  40.36 
 
 		 282 aa  224  2e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  40.91 
 
 		 291 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  40.89 
 
 		 292 aa  209  7e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  40.07 
 
 		 271 aa  204  1e-51  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  43.18 
 
 		 303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  38.49 
 
 		 266 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  35.45 
 
 		 312 aa  196  4.0000000000000005e-49  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  37.79 
 
 		 269 aa  195  6e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  33.09 
 
 		 275 aa  195  7e-49  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  38.29 
 
 		 272 aa  194  1e-48  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000250691  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  36.92 
 
 		 272 aa  192  6e-48  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  38.4 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  33.33 
 
 		 282 aa  186  4e-46  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  32.98 
 
 		 282 aa  184  2.0000000000000003e-45  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000183031  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  32.63 
 
 		 282 aa  182  5.0000000000000004e-45  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  37.01 
 
 		 275 aa  176  4e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  42.04 
 
 		 282 aa  176  5e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  28.38 
 
 		 882 aa  59.3  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  29.1 
 
 		 825 aa  57  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  27.3 
 
 		 847 aa  56.6  0.0000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  35.04 
 
 		 412 aa  53.5  0.000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  26.26 
 
 		 864 aa  52.4  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  27.97 
 
 		 845 aa  52  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  28.85 
 
 		 832 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  28.89 
 
 		 833 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  42.11 
 
 		 831 aa  48.9  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  28.76 
 
 		 321 aa  48.9  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  30 
 
 		 939 aa  47.8  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  25.75 
 
 		 828 aa  47.4  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  30.37 
 
 		 833 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  26.45 
 
 		 797 aa  46.6  0.0006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  30.16 
 
 		 437 aa  44.3  0.002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  26.04 
 
 		 847 aa  44.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  29.08 
 
 		 833 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  30.16 
 
 		 437 aa  43.5  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  23.73 
 
 		 837 aa  42.7  0.008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  30.77 
 
 		 437 aa  42.4  0.009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>