92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003526 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 
281 aa  582  1.0000000000000001e-165  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  62.37 
 
 
282 aa  359  2e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  51.26 
 
 
284 aa  297  1e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  43.06 
 
 
295 aa  248  8e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  45.06 
 
 
279 aa  239  4e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  42.09 
 
 
279 aa  237  1e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  47.58 
 
 
283 aa  236  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  44.09 
 
 
292 aa  234  1.0000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  46.03 
 
 
288 aa  233  3e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  42.81 
 
 
272 aa  232  4.0000000000000004e-60  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000250691  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  43.89 
 
 
375 aa  232  4.0000000000000004e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  44.32 
 
 
306 aa  232  5e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  44.27 
 
 
326 aa  229  3e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  43.19 
 
 
309 aa  226  3e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  41.76 
 
 
295 aa  226  4e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  42.8 
 
 
315 aa  225  7e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  42.75 
 
 
315 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  42.75 
 
 
315 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  43.85 
 
 
337 aa  224  1e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  42.13 
 
 
302 aa  223  2e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  39.42 
 
 
282 aa  223  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  41.73 
 
 
302 aa  221  9e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  43.31 
 
 
279 aa  221  9.999999999999999e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  40.36 
 
 
291 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  41.11 
 
 
306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  43.93 
 
 
309 aa  219  3e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  40.48 
 
 
279 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  37.32 
 
 
311 aa  215  7e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  39.61 
 
 
304 aa  215  8e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  41.9 
 
 
281 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  40.88 
 
 
298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  40 
 
 
266 aa  211  1e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  42.86 
 
 
270 aa  210  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  36.77 
 
 
317 aa  209  4e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  40.31 
 
 
298 aa  209  5e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  39.61 
 
 
290 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  42.21 
 
 
302 aa  198  7.999999999999999e-50  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  38.15 
 
 
272 aa  195  6e-49  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  40.49 
 
 
282 aa  195  7e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  35.74 
 
 
275 aa  195  8.000000000000001e-49  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  37.41 
 
 
303 aa  193  3e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  35.37 
 
 
282 aa  185  7e-46  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  35.37 
 
 
282 aa  182  4.0000000000000006e-45  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  35.37 
 
 
282 aa  182  6e-45  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000183031  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  34.65 
 
 
312 aa  168  1e-40  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  35.04 
 
 
269 aa  167  2e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  35.71 
 
 
271 aa  167  2e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  34.13 
 
 
275 aa  166  4e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  30.48 
 
 
831 aa  70.1  0.00000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  29.53 
 
 
797 aa  62.4  0.000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  27.47 
 
 
321 aa  62  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  26.6 
 
 
306 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  26.46 
 
 
852 aa  60.8  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  28.7 
 
 
845 aa  60.8  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  27.17 
 
 
847 aa  60.8  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  27.12 
 
 
828 aa  56.6  0.0000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  27.65 
 
 
816 aa  56.2  0.0000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  28.28 
 
 
871 aa  55.8  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.46 
 
 
588 aa  53.5  0.000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  28.57 
 
 
840 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  25.75 
 
 
412 aa  51.6  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  25.28 
 
 
437 aa  50.4  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  27.1 
 
 
900 aa  50.4  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  25.37 
 
 
437 aa  50.4  0.00003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  25.37 
 
 
437 aa  50.8  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  28.33 
 
 
939 aa  50.1  0.00005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  28.28 
 
 
822 aa  49.7  0.00006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2396  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  25.74 
 
 
349 aa  49.7  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.788698 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  27.71 
 
 
354 aa  49.7  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  26.89 
 
 
847 aa  49.3  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  27.35 
 
 
350 aa  48.9  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  25 
 
 
845 aa  48.5  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  27.98 
 
 
872 aa  48.5  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  27.64 
 
 
864 aa  48.1  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  27.78 
 
 
855 aa  47.8  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  26.88 
 
 
866 aa  47.8  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  30.77 
 
 
858 aa  47.8  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  26.38 
 
 
851 aa  47  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  26.34 
 
 
895 aa  45.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  29.79 
 
 
547 aa  44.7  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  27.22 
 
 
825 aa  44.7  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  24.68 
 
 
911 aa  43.9  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  27.03 
 
 
651 aa  43.9  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  24.64 
 
 
914 aa  43.9  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  25.86 
 
 
658 aa  43.1  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  34.25 
 
 
436 aa  43.1  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  23.26 
 
 
351 aa  42.7  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  26.58 
 
 
603 aa  42.7  0.007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  25 
 
 
930 aa  42.4  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3103  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  31.58 
 
 
336 aa  42.4  0.009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  28.11 
 
 
825 aa  42.4  0.009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  25 
 
 
759 aa  42.4  0.009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>