92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_3497 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  100 
 
 		 337 aa  676    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  65.76 
 
 		 295 aa  379  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  67.56 
 
 		 306 aa  357  1.9999999999999998e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  66.01 
 
 		 283 aa  345  6e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  59.29 
 
 		 375 aa  286  2.9999999999999996e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  58.89 
 
 		 326 aa  284  1.0000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  55.47 
 
 		 295 aa  284  1.0000000000000001e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  58.73 
 
 		 298 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  53.88 
 
 		 279 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  54.12 
 
 		 298 aa  260  3e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  45.55 
 
 		 282 aa  256  5e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  47.53 
 
 		 304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  46.09 
 
 		 279 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  46.06 
 
 		 279 aa  253  4.0000000000000004e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  50.2 
 
 		 281 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  50.39 
 
 		 306 aa  252  7e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  44.66 
 
 		 317 aa  250  2e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  47.04 
 
 		 315 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  45.02 
 
 		 302 aa  248  1e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  45.39 
 
 		 302 aa  248  1e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  48.84 
 
 		 315 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  47.41 
 
 		 309 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  46.67 
 
 		 315 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  45.04 
 
 		 282 aa  243  1.9999999999999999e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  44.79 
 
 		 291 aa  242  7e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  52.76 
 
 		 290 aa  242  7e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  45.24 
 
 		 284 aa  241  9e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  44.57 
 
 		 311 aa  241  1e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  47.84 
 
 		 270 aa  239  4e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  43.68 
 
 		 279 aa  236  3e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  50.17 
 
 		 303 aa  236  5.0000000000000005e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  47.24 
 
 		 288 aa  235  9e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  47.3 
 
 		 309 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  42.74 
 
 		 292 aa  231  1e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  43.48 
 
 		 281 aa  228  8e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  35.89 
 
 		 312 aa  217  2e-55  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  39.11 
 
 		 271 aa  205  9e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  38.17 
 
 		 272 aa  204  2e-51  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  35.37 
 
 		 282 aa  201  1.9999999999999998e-50  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000183031  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  34.96 
 
 		 282 aa  199  5e-50  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  38.52 
 
 		 266 aa  199  7.999999999999999e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  35.37 
 
 		 282 aa  198  1.0000000000000001e-49  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  45.68 
 
 		 282 aa  195  7e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  40.24 
 
 		 302 aa  196  7e-49  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  35.9 
 
 		 272 aa  193  3e-48  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000250691  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  34.11 
 
 		 275 aa  191  2e-47  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  35.82 
 
 		 269 aa  187  2e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  35.63 
 
 		 275 aa  165  9e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  34.62 
 
 		 831 aa  63.2  0.000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  30.97 
 
 		 845 aa  59.3  0.00000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  27.03 
 
 		 306 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  38.37 
 
 		 412 aa  54.3  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  31.17 
 
 		 828 aa  53.1  0.000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  26.54 
 
 		 881 aa  52.4  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  29.28 
 
 		 833 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  31.09 
 
 		 852 aa  50.8  0.00003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  29.67 
 
 		 888 aa  50.8  0.00004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  30.13 
 
 		 847 aa  49.7  0.00007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  37.21 
 
 		 437 aa  49.7  0.00007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  27.64 
 
 		 893 aa  49.7  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  27.92 
 
 		 864 aa  49.3  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.67 
 
 		 588 aa  49.3  0.00009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  29.87 
 
 		 847 aa  48.9  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  37.21 
 
 		 437 aa  49.3  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  30 
 
 		 833 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  31.02 
 
 		 321 aa  48.1  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  27.2 
 
 		 882 aa  48.5  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  36.05 
 
 		 437 aa  48.5  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  27.68 
 
 		 833 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  28.08 
 
 		 886 aa  48.5  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  30.36 
 
 		 882 aa  48.1  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  28.09 
 
 		 825 aa  47.8  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  27.46 
 
 		 901 aa  47.8  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  34.31 
 
 		 939 aa  47  0.0005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  31.67 
 
 		 896 aa  46.6  0.0007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  28.57 
 
 		 845 aa  46.2  0.0007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  29.68 
 
 		 837 aa  45.4  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  25.9 
 
 		 883 aa  45.8  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  27.33 
 
 		 853 aa  45.4  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  30.13 
 
 		 847 aa  45.8  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  30.71 
 
 		 684 aa  44.3  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5557  DNA ligase (ATP)  29.44 
 
 		 328 aa  44.3  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.756283  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  27.53 
 
 		 644 aa  44.3  0.003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  26.55 
 
 		 848 aa  44.3  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  31.11 
 
 		 847 aa  43.9  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  25.48 
 
 		 547 aa  43.9  0.004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  26.8 
 
 		 837 aa  43.9  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  29.54 
 
 		 816 aa  43.5  0.006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  29.94 
 
 		 840 aa  43.1  0.007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.46 
 
 		 556 aa  42.7  0.008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.49 
 
 		 797 aa  43.1  0.008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  31.58 
 
 		 846 aa  42.7  0.009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>