84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A1359 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  100 
 
 		 290 aa  559  1e-158  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  60.32 
 
 		 279 aa  293  2e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  56.92 
 
 		 306 aa  279  5e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  59.29 
 
 		 303 aa  270  2.9999999999999997e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  52.22 
 
 		 298 aa  258  8e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  47.81 
 
 		 311 aa  254  8e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  51.57 
 
 		 304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  49.61 
 
 		 309 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  50.79 
 
 		 302 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  50.39 
 
 		 302 aa  252  6e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  50.59 
 
 		 309 aa  251  1e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  50.79 
 
 		 315 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  53.1 
 
 		 298 aa  250  2e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  50.39 
 
 		 315 aa  249  3e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  49.41 
 
 		 315 aa  248  9e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  48.83 
 
 		 282 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  49.81 
 
 		 295 aa  243  3e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  48.06 
 
 		 306 aa  238  6.999999999999999e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  52.59 
 
 		 295 aa  238  1e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  47.45 
 
 		 281 aa  236  4e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  54.27 
 
 		 337 aa  236  4e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  46.22 
 
 		 292 aa  231  8.000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  44.05 
 
 		 279 aa  228  7e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  45.88 
 
 		 288 aa  228  7e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  50.54 
 
 		 326 aa  228  9e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  47.24 
 
 		 270 aa  226  3e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  42.55 
 
 		 291 aa  225  6e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  43.19 
 
 		 279 aa  225  7e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  49.82 
 
 		 375 aa  225  8e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  48.79 
 
 		 283 aa  221  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  43.09 
 
 		 282 aa  217  2e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  41.43 
 
 		 302 aa  214  9e-55  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  51.69 
 
 		 282 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  41.99 
 
 		 317 aa  213  1.9999999999999998e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  43.57 
 
 		 272 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000250691  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  39.42 
 
 		 284 aa  207  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  38.78 
 
 		 281 aa  202  7e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  41.96 
 
 		 279 aa  202  8e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  36.89 
 
 		 312 aa  199  3.9999999999999996e-50  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  40.23 
 
 		 272 aa  198  7e-50  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  38.74 
 
 		 271 aa  187  2e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  38.58 
 
 		 266 aa  186  4e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  37.15 
 
 		 269 aa  186  5e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  34.44 
 
 		 282 aa  186  5e-46  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000183031  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  34.85 
 
 		 282 aa  185  8e-46  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  35.06 
 
 		 275 aa  185  9e-46  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  34.02 
 
 		 282 aa  184  1.0000000000000001e-45  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  34.1 
 
 		 275 aa  171  1e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  34.09 
 
 		 825 aa  63.9  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  29.32 
 
 		 882 aa  55.5  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  32.16 
 
 		 901 aa  54.7  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  28.52 
 
 		 847 aa  52.8  0.000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  37.25 
 
 		 437 aa  50.8  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  27 
 
 		 864 aa  50.8  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  38.24 
 
 		 437 aa  50.8  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  31.8 
 
 		 846 aa  50.4  0.00003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  31.18 
 
 		 893 aa  50.8  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  25.95 
 
 		 306 aa  49.7  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  36.27 
 
 		 437 aa  49.3  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5557  DNA ligase (ATP)  33.06 
 
 		 328 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.756283  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3103  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  29.31 
 
 		 336 aa  47  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  30.81 
 
 		 863 aa  46.6  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  27.78 
 
 		 845 aa  45.8  0.0008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  40 
 
 		 845 aa  45.8  0.0008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  30.81 
 
 		 867 aa  45.8  0.0009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  30.72 
 
 		 847 aa  45.4  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  28.7 
 
 		 881 aa  45.4  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  30.89 
 
 		 321 aa  45.4  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  29.43 
 
 		 832 aa  45.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  29.63 
 
 		 883 aa  44.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  28.85 
 
 		 833 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  33.06 
 
 		 847 aa  44.3  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  32.12 
 
 		 837 aa  44.7  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.08 
 
 		 588 aa  43.9  0.003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  33.79 
 
 		 882 aa  44.3  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  30.96 
 
 		 684 aa  43.5  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  29.28 
 
 		 886 aa  43.5  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  41.33 
 
 		 831 aa  43.1  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30 
 
 		 522 aa  43.1  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  26.43 
 
 		 833 aa  42.7  0.006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  28.21 
 
 		 911 aa  42.7  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  30.69 
 
 		 412 aa  42.7  0.007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  23.93 
 
 		 818 aa  42.4  0.009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  36.67 
 
 		 343 aa  42.4  0.01  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>