More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4121 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 505 aa  1020    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.396047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  44.89 
 
 		 517 aa  412  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  44.7 
 
 		 518 aa  412  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  43.85 
 
 		 519 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  42.66 
 
 		 517 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  42.86 
 
 		 517 aa  405  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  42.86 
 
 		 517 aa  405  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1730  AMP-dependent synthetase and ligase  43.89 
 
 		 516 aa  387  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  41.18 
 
 		 514 aa  373  1e-102  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  42.36 
 
 		 519 aa  369  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  41.09 
 
 		 521 aa  358  1.9999999999999998e-97  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4822  AMP-dependent synthetase and ligase  39.49 
 
 		 504 aa  329  9e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5381  AMP-dependent synthetase and ligase  39.14 
 
 		 510 aa  319  7.999999999999999e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4698  AMP-dependent synthetase and ligase  37.52 
 
 		 498 aa  317  2e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.796454  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 		 515 aa  318  2e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  36.29 
 
 		 515 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  35.88 
 
 		 565 aa  310  4e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  35.11 
 
 		 515 aa  309  8e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2871  AMP-dependent synthetase and ligase  34.51 
 
 		 521 aa  304  2.0000000000000002e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.565408  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1196  AMP-dependent synthetase and ligase  35.6 
 
 		 515 aa  301  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.952184  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.83 
 
 		 534 aa  298  1e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.55948  normal  0.800046 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2461  AMP-dependent synthetase and ligase  36.61 
 
 		 504 aa  294  2e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0798  AMP-dependent synthetase and ligase  38.63 
 
 		 499 aa  294  3e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0987  putative AMP-dependent synthetase and ligase  35.5 
 
 		 499 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.958152 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2207  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 512 aa  289  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77359  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 		 512 aa  286  7e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4389  acyl-CoA synthetase  35.84 
 
 		 533 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0682495  normal  0.0388697 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 517 aa  283  6.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  35.62 
 
 		 516 aa  281  3e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3611  AMP-dependent synthetase and ligase  35.56 
 
 		 532 aa  280  5e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0778531  normal  0.0346233 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1095  AMP-dependent synthetase and ligase  34.86 
 
 		 518 aa  279  7e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.997125 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3008  acyl-CoA synthetase  36.58 
 
 		 545 aa  279  9e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.311019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2862  acyl-CoA synthetase  35.63 
 
 		 528 aa  278  1e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4949  acyl-CoA synthetase  35.2 
 
 		 521 aa  276  4e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4674  acyl-CoA synthetase  35.47 
 
 		 531 aa  276  7e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  34 
 
 		 511 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3788  acyl-CoA synthetase  38.84 
 
 		 523 aa  271  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2625  acyl-CoA synthetase  37.02 
 
 		 521 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425719  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  33.46 
 
 		 556 aa  270  4e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.73 
 
 		 525 aa  270  5e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2990  acyl-CoA synthetase  35.85 
 
 		 521 aa  268  2e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.475631  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3076  acyl-CoA synthetase  34.18 
 
 		 545 aa  268  2e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  31.75 
 
 		 526 aa  267  4e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1909  acyl-CoA synthetase  34.05 
 
 		 521 aa  266  7e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5669  acyl-CoA synthetase  35.14 
 
 		 529 aa  266  7e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  34.57 
 
 		 534 aa  266  8e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1438  acyl-CoA synthetase  34.94 
 
 		 549 aa  265  1e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.603543  decreased coverage  0.00000173613 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5134  acyl-CoA synthetase / AMP-dependent synthetase and ligase  31.5 
 
 		 517 aa  263  6e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.93936 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4820  acyl-CoA synthetase  34.82 
 
 		 533 aa  263  6e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.755365  normal  0.560915 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.01 
 
 		 526 aa  262  8.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.26 
 
 		 525 aa  262  8.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 517 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4921  acyl-CoA synthetase  32.83 
 
 		 531 aa  262  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2662  acyl-CoA synthetase  36.52 
 
 		 521 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0929684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2371  acyl-CoA synthetase  34.57 
 
 		 532 aa  261  2e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0972  acyl-CoA synthetase  37.02 
 
 		 502 aa  259  5.0000000000000005e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.534904 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.14 
 
 		 530 aa  259  1e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 509 aa  258  2e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0661  AMP-binding enzyme family protein  33.4 
 
 		 520 aa  258  2e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  34.74 
 
 		 518 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  34.23 
 
 		 520 aa  257  3e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.79 
 
 		 526 aa  257  3e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6078  acyl-CoA synthetase  34.44 
 
 		 536 aa  256  6e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.35 
 
 		 525 aa  256  7e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  32.55 
 
 		 532 aa  254  2.0000000000000002e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 518 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  31.62 
 
 		 523 aa  255  2.0000000000000002e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2729  acyl-CoA synthetase  37.64 
 
 		 559 aa  254  2.0000000000000002e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.181341  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0700  AMP-dependent synthetase and ligase  35.02 
 
 		 505 aa  254  4.0000000000000004e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.232219  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  33.02 
 
 		 518 aa  253  5.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1869  acyl-CoA synthetase  38.01 
 
 		 520 aa  253  6e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.895381  normal  0.153581 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22250  AMP-dependent synthetase and ligase protein  35.04 
 
 		 502 aa  253  7e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.219282  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0749  AMP-dependent synthetase and ligase  32.18 
 
 		 512 aa  253  7e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.76 
 
 		 519 aa  253  7e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  35.15 
 
 		 518 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4181  acyl-CoA synthetase  35.46 
 
 		 522 aa  251  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.273498 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  34.91 
 
 		 520 aa  251  3e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.66 
 
 		 525 aa  250  3e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4968  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 489 aa  251  3e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5364  acyl-CoA synthetase  33.91 
 
 		 536 aa  250  5e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.868662  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  34.34 
 
 		 518 aa  250  5e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3976  AMP-dependent synthetase and ligase  36.13 
 
 		 546 aa  249  6e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4178  acyl-CoA synthetase  34.61 
 
 		 520 aa  249  7e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  32.26 
 
 		 494 aa  249  7e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.178954 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.24 
 
 		 525 aa  249  9e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4412  AMP-dependent synthetase and ligase  32 
 
 		 494 aa  249  9e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4499  AMP-dependent synthetase and ligase  32 
 
 		 494 aa  249  9e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.927408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0015  acyl-CoA synthetase  38.39 
 
 		 547 aa  248  1e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.268165  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1604  AMP-dependent synthetase and ligase  32.76 
 
 		 540 aa  248  2e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0953  acyl-CoA synthetase  39.51 
 
 		 532 aa  247  4e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2434  AMP-dependent synthetase and ligase  32.69 
 
 		 534 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.097494  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  35.73 
 
 		 502 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 519 aa  246  6e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0733  acyl-CoA synthetase  38.92 
 
 		 532 aa  246  9e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.747882  normal  0.385866 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  33.05 
 
 		 503 aa  245  9.999999999999999e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  34.53 
 
 		 515 aa  245  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2245  AMP-dependent synthetase and ligase  34.33 
 
 		 519 aa  244  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00923204  normal  0.0183444 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0739  acyl-CoA synthetase  38.61 
 
 		 532 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0753  acyl-CoA synthetase  38.61 
 
 		 532 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.627426  normal  0.23017 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  32.63 
 
 		 516 aa  244  3e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>