More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4389 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4389  acyl-CoA synthetase  100 
 
 		 533 aa  1098    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0682495  normal  0.0388697 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3076  acyl-CoA synthetase  67.11 
 
 		 545 aa  736    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6078  acyl-CoA synthetase  61.01 
 
 		 542 aa  669    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6078  acyl-CoA synthetase  67.74 
 
 		 536 aa  703    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1438  acyl-CoA synthetase  62.78 
 
 		 549 aa  681    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.603543  decreased coverage  0.00000173613 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  70.13 
 
 		 556 aa  766    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3008  acyl-CoA synthetase  67.3 
 
 		 545 aa  711    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.311019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5364  acyl-CoA synthetase  68.56 
 
 		 536 aa  707    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.868662  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4820  acyl-CoA synthetase  65.46 
 
 		 533 aa  708    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.755365  normal  0.560915 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2371  acyl-CoA synthetase  60.08 
 
 		 532 aa  620  1e-176  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4921  acyl-CoA synthetase  56.56 
 
 		 531 aa  592  1e-168  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5669  acyl-CoA synthetase  57.09 
 
 		 529 aa  586  1e-166  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2102  AMP-dependent synthetase and ligase  38.68 
 
 		 508 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0103698  hitchhiker  0.00738947 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3708  AMP-dependent synthetase and ligase  37.08 
 
 		 551 aa  308  2.0000000000000002e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2461  AMP-dependent synthetase and ligase  36.77 
 
 		 504 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4968  AMP-dependent synthetase and ligase  37.74 
 
 		 489 aa  301  2e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3955  AMP-dependent synthetase and ligase  38.19 
 
 		 508 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132635  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4499  AMP-dependent synthetase and ligase  36.45 
 
 		 494 aa  296  5e-79  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.927408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4412  AMP-dependent synthetase and ligase  36.45 
 
 		 494 aa  296  5e-79  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  37.05 
 
 		 503 aa  296  7e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  36.05 
 
 		 508 aa  296  7e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  36.45 
 
 		 494 aa  296  8e-79  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.178954 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 526 aa  291  2e-77  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  36.56 
 
 		 511 aa  289  9e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1782  AMP-dependent synthetase and ligase  37.14 
 
 		 493 aa  288  2e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0876128  normal  0.689181 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  35.84 
 
 		 505 aa  284  2.0000000000000002e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.396047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0700  AMP-dependent synthetase and ligase  35.71 
 
 		 505 aa  284  3.0000000000000004e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.232219  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  38.72 
 
 		 501 aa  283  5.000000000000001e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3271  AMP-dependent synthetase and ligase  36.22 
 
 		 508 aa  281  2e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3284  AMP-dependent synthetase and ligase  36.22 
 
 		 510 aa  281  3e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6175  AMP-dependent synthetase and ligase  34.29 
 
 		 537 aa  277  4e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  35.98 
 
 		 505 aa  276  6e-73  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22250  AMP-dependent synthetase and ligase protein  36.56 
 
 		 502 aa  276  1.0000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.219282  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 515 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  33.85 
 
 		 515 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  33.07 
 
 		 565 aa  273  6e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  36.7 
 
 		 520 aa  271  2e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  34.39 
 
 		 534 aa  267  4e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.55948  normal  0.800046 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2687  putative long-chain-fatty-acid CoA ligase  34.64 
 
 		 503 aa  266  5e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.714201 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  36.75 
 
 		 509 aa  266  7e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 515 aa  266  7e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0632  AMP-dependent synthetase and ligase  35.64 
 
 		 532 aa  266  8e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0653  AMP-dependent synthetase and ligase  36.02 
 
 		 524 aa  265  1e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.36 
 
 		 530 aa  264  3e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 		 520 aa  263  4.999999999999999e-69  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  35.86 
 
 		 1043 aa  263  6e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.08 
 
 		 526 aa  263  6.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  32.16 
 
 		 517 aa  263  8e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 508 aa  263  8e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 520 aa  262  1e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  32.43 
 
 		 519 aa  261  2e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  35.2 
 
 		 525 aa  261  2e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4073  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 535 aa  261  3e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0666092  normal  0.751022 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  34.69 
 
 		 532 aa  260  4e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.08 
 
 		 529 aa  260  4e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  34.77 
 
 		 525 aa  259  9e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 509 aa  259  9e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 523 aa  258  1e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  33.94 
 
 		 508 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.02 
 
 		 524 aa  259  1e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  33 
 
 		 518 aa  258  2e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  34.21 
 
 		 512 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.46 
 
 		 525 aa  257  4e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 511 aa  254  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0861  AMP-dependent synthetase and ligase  34.3 
 
 		 514 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  34.42 
 
 		 504 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2710  AMP-dependent synthetase and ligase  35.02 
 
 		 507 aa  254  3e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0406608  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.47 
 
 		 518 aa  254  3e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.84 
 
 		 527 aa  254  3e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  35.43 
 
 		 508 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  31.84 
 
 		 662 aa  252  1e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.08 
 
 		 525 aa  252  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.87 
 
 		 519 aa  251  2e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2207  AMP-dependent synthetase and ligase  33.13 
 
 		 512 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77359  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4325  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.92 
 
 		 534 aa  251  3e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641194 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.95 
 
 		 519 aa  251  3e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  32.84 
 
 		 527 aa  251  3e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.33 
 
 		 525 aa  250  4e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0142  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 		 508 aa  250  5e-65  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  33.6 
 
 		 499 aa  250  5e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  33.52 
 
 		 512 aa  249  6e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0707  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.87 
 
 		 518 aa  249  7e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.413153  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.27 
 
 		 518 aa  249  9e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000650953 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1052  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.06 
 
 		 518 aa  249  9e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.01 
 
 		 526 aa  249  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08640  acyl-CoA synthetase  33.08 
 
 		 516 aa  248  2e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.310549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0779  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.49 
 
 		 518 aa  247  3e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.746675  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1189  AMP-dependent synthetase and ligase  32.88 
 
 		 548 aa  248  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 517 aa  247  3e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 517 aa  247  3e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  33.07 
 
 		 518 aa  246  6.999999999999999e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2709  AMP-dependent synthetase and ligase  33.92 
 
 		 531 aa  246  8e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0786644  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  32.95 
 
 		 517 aa  246  8e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0965  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.86 
 
 		 518 aa  246  9e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2083  AMP-dependent synthetase and ligase  34.56 
 
 		 544 aa  245  9.999999999999999e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 518 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  35.08 
 
 		 502 aa  246  9.999999999999999e-64  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3306  AMP-binding domain protein  33.46 
 
 		 576 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63972  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  32.12 
 
 		 521 aa  244  1.9999999999999999e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  30.72 
 
 		 516 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>