More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5669 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5669  acyl-CoA synthetase  100 
 
 		 529 aa  1084    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4921  acyl-CoA synthetase  69.73 
 
 		 531 aa  765    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2371  acyl-CoA synthetase  71.67 
 
 		 532 aa  767    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1438  acyl-CoA synthetase  59.08 
 
 		 549 aa  615  1e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.603543  decreased coverage  0.00000173613 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3076  acyl-CoA synthetase  59.62 
 
 		 545 aa  608  1e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  58.7 
 
 		 556 aa  608  1e-173  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3008  acyl-CoA synthetase  60.23 
 
 		 545 aa  600  1e-170  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.311019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4389  acyl-CoA synthetase  57.66 
 
 		 533 aa  598  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0682495  normal  0.0388697 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5364  acyl-CoA synthetase  58.64 
 
 		 536 aa  578  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.868662  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6078  acyl-CoA synthetase  58.64 
 
 		 536 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6078  acyl-CoA synthetase  55.47 
 
 		 542 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4820  acyl-CoA synthetase  54.01 
 
 		 533 aa  552  1e-156  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.755365  normal  0.560915 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4968  AMP-dependent synthetase and ligase  41.02 
 
 		 489 aa  328  2.0000000000000001e-88  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3284  AMP-dependent synthetase and ligase  39.81 
 
 		 510 aa  323  4e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  40.08 
 
 		 494 aa  322  9.999999999999999e-87  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.178954 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4412  AMP-dependent synthetase and ligase  39.88 
 
 		 494 aa  321  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4499  AMP-dependent synthetase and ligase  39.88 
 
 		 494 aa  321  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.927408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3708  AMP-dependent synthetase and ligase  37.2 
 
 		 551 aa  305  1.0000000000000001e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2687  putative long-chain-fatty-acid CoA ligase  38.83 
 
 		 503 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.714201 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2461  AMP-dependent synthetase and ligase  36.94 
 
 		 504 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6175  AMP-dependent synthetase and ligase  36.99 
 
 		 537 aa  301  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  34.23 
 
 		 515 aa  299  8e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3955  AMP-dependent synthetase and ligase  37.6 
 
 		 508 aa  298  2e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132635  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  36.71 
 
 		 520 aa  297  4e-79  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1782  AMP-dependent synthetase and ligase  38.33 
 
 		 493 aa  296  6e-79  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0876128  normal  0.689181 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  35.23 
 
 		 517 aa  292  8e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0653  AMP-dependent synthetase and ligase  37.66 
 
 		 524 aa  291  2e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2102  AMP-dependent synthetase and ligase  37.26 
 
 		 508 aa  290  3e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0103698  hitchhiker  0.00738947 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 519 aa  288  1e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  36.08 
 
 		 520 aa  286  4e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0632  AMP-dependent synthetase and ligase  36.93 
 
 		 532 aa  286  5e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0700  AMP-dependent synthetase and ligase  37.02 
 
 		 505 aa  285  1.0000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.232219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3271  AMP-dependent synthetase and ligase  36.05 
 
 		 508 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.12 
 
 		 556 aa  285  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.12 
 
 		 556 aa  285  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.12 
 
 		 556 aa  285  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  36 
 
 		 525 aa  283  5.000000000000001e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.55 
 
 		 524 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  35.91 
 
 		 508 aa  282  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  32.88 
 
 		 515 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  34.51 
 
 		 515 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  34.51 
 
 		 565 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.45 
 
 		 517 aa  281  2e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  34.33 
 
 		 518 aa  281  2e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.45 
 
 		 517 aa  281  2e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.45 
 
 		 517 aa  281  2e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.64 
 
 		 570 aa  281  2e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  35.71 
 
 		 499 aa  280  4e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  35.33 
 
 		 518 aa  278  1e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  34.28 
 
 		 523 aa  279  1e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  32.26 
 
 		 526 aa  277  3e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0714  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.24 
 
 		 579 aa  276  7e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  35.7 
 
 		 503 aa  275  1.0000000000000001e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  34.82 
 
 		 511 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.59 
 
 		 519 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  35.74 
 
 		 516 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  36.38 
 
 		 1043 aa  274  3e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  36.08 
 
 		 525 aa  274  3e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  36.56 
 
 		 505 aa  272  9e-72  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  37.07 
 
 		 509 aa  271  1e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  35.65 
 
 		 518 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  35.57 
 
 		 501 aa  271  2.9999999999999997e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  37.3 
 
 		 520 aa  270  2.9999999999999997e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  35.14 
 
 		 505 aa  270  5e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.396047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  36.06 
 
 		 509 aa  270  5.9999999999999995e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0642  acyl-CoA synthetase  34.51 
 
 		 529 aa  269  8e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.95301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  34.06 
 
 		 517 aa  268  1e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  36.35 
 
 		 527 aa  268  2e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  34.92 
 
 		 508 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.98 
 
 		 514 aa  266  5e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  34.49 
 
 		 514 aa  266  5.999999999999999e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  35.05 
 
 		 532 aa  265  1e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  35.67 
 
 		 514 aa  265  2e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  34.93 
 
 		 520 aa  265  2e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 		 534 aa  264  4e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  35.4 
 
 		 508 aa  264  4e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  34.44 
 
 		 508 aa  264  4e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  33.92 
 
 		 517 aa  263  6e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  33.01 
 
 		 519 aa  263  6.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  34.82 
 
 		 515 aa  262  8.999999999999999e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  35.23 
 
 		 518 aa  262  1e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 		 524 aa  261  2e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22250  AMP-dependent synthetase and ligase protein  34.68 
 
 		 502 aa  261  2e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.219282  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  35.06 
 
 		 521 aa  261  3e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10167  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.53 
 
 		 554 aa  260  4e-68  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  33.52 
 
 		 511 aa  259  1e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  34.93 
 
 		 518 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4202  acyl-CoA synthetase  35.81 
 
 		 534 aa  258  2e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.269622  hitchhiker  0.00584314 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.91 
 
 		 529 aa  258  2e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2710  AMP-dependent synthetase and ligase  35.58 
 
 		 507 aa  257  3e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0406608  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  35.31 
 
 		 516 aa  257  4e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  33.85 
 
 		 518 aa  257  4e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.14 
 
 		 525 aa  257  5e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  32.67 
 
 		 517 aa  256  5e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  32.67 
 
 		 517 aa  256  5e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4891  AMP-dependent synthetase and ligase  32.46 
 
 		 520 aa  256  5e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.862065  normal  0.74496 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.86 
 
 		 512 aa  255  1.0000000000000001e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2625  acyl-CoA synthetase  33.08 
 
 		 521 aa  256  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425719  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  34.8 
 
 		 520 aa  255  1.0000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  33.52 
 
 		 512 aa  256  1.0000000000000001e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>