More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5438 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 515 aa  1060    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  55.79 
 
 		 520 aa  587  1e-166  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  51.93 
 
 		 518 aa  559  1e-158  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  50.68 
 
 		 516 aa  542  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  51.74 
 
 		 518 aa  539  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  51.94 
 
 		 515 aa  529  1e-149  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  51.94 
 
 		 515 aa  529  1e-149  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  49.71 
 
 		 518 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  49.71 
 
 		 518 aa  521  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  48.65 
 
 		 520 aa  519  1e-146  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  48.55 
 
 		 518 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  49.42 
 
 		 514 aa  515  1.0000000000000001e-145  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  49.24 
 
 		 524 aa  516  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  49.32 
 
 		 518 aa  485  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  50.21 
 
 		 502 aa  482  1e-135  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0661  AMP-binding enzyme family protein  45 
 
 		 520 aa  474  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  47.21 
 
 		 519 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  43.95 
 
 		 500 aa  385  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  41.7 
 
 		 520 aa  375  1e-102  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  37.9 
 
 		 523 aa  367  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  41.11 
 
 		 502 aa  362  8e-99  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.55 
 
 		 526 aa  358  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  40.96 
 
 		 503 aa  354  2e-96  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.36 
 
 		 525 aa  354  2e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.48 
 
 		 526 aa  352  1e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.99 
 
 		 525 aa  351  2e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.74 
 
 		 525 aa  351  2e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.89 
 
 		 525 aa  349  6e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.81 
 
 		 525 aa  344  2.9999999999999997e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.01 
 
 		 526 aa  341  1e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  40.04 
 
 		 511 aa  338  9.999999999999999e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  39.64 
 
 		 509 aa  337  2.9999999999999997e-91  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.73 
 
 		 519 aa  335  9e-91  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  37.45 
 
 		 509 aa  334  3e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  37.71 
 
 		 530 aa  330  3e-89  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5271  AMP-dependent synthetase and ligase  39.05 
 
 		 541 aa  330  3e-89  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.675059 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.59 
 
 		 530 aa  329  6e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  38.49 
 
 		 520 aa  329  6e-89  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1666  AMP-dependent synthetase and ligase  37.65 
 
 		 518 aa  327  3e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144653  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  39.17 
 
 		 1043 aa  327  4.0000000000000003e-88  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  37.76 
 
 		 518 aa  326  5e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  38.43 
 
 		 517 aa  326  5e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  38.43 
 
 		 517 aa  326  5e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  37.85 
 
 		 531 aa  325  9e-88  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0970  AMP-dependent synthetase and ligase  38.1 
 
 		 520 aa  323  3e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0737  AMP-dependent synthetase and ligase  38.22 
 
 		 522 aa  323  6e-87  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.188702  normal  0.517642 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  38.24 
 
 		 517 aa  322  7e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.62 
 
 		 527 aa  322  8e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  37.84 
 
 		 499 aa  322  9.000000000000001e-87  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  37 
 
 		 520 aa  320  5e-86  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  36.59 
 
 		 525 aa  318  1e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4481  AMP-dependent synthetase and ligase  40.04 
 
 		 506 aa  317  3e-85  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.8 
 
 		 529 aa  317  3e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  35.98 
 
 		 526 aa  316  8e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  39.29 
 
 		 516 aa  315  9e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  39.28 
 
 		 525 aa  315  9e-85  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  38.52 
 
 		 501 aa  312  6.999999999999999e-84  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  36.57 
 
 		 517 aa  312  6.999999999999999e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1763  AMP-dependent synthetase and ligase  38.17 
 
 		 521 aa  312  1e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.494407 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  39.53 
 
 		 518 aa  310  2.9999999999999997e-83  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  36.84 
 
 		 532 aa  309  6.999999999999999e-83  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  36.98 
 
 		 508 aa  309  8e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  35.15 
 
 		 512 aa  307  3e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  37.15 
 
 		 522 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.38 
 
 		 519 aa  306  5.0000000000000004e-82  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4684  AMP-dependent synthetase and ligase  38.19 
 
 		 526 aa  306  6e-82  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  34.72 
 
 		 566 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0743  AMP-dependent synthetase and ligase  38.42 
 
 		 522 aa  305  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.83543  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0757  AMP-dependent synthetase and ligase  38.42 
 
 		 522 aa  305  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.147131  normal  0.360345 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.83 
 
 		 561 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.64 
 
 		 582 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.27 
 
 		 563 aa  304  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  38.91 
 
 		 509 aa  303  4.0000000000000003e-81  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  37.19 
 
 		 534 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.64 
 
 		 561 aa  303  6.000000000000001e-81  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.09 
 
 		 563 aa  302  8.000000000000001e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  35.03 
 
 		 521 aa  301  2e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0610  AMP-binding domain protein  34.14 
 
 		 570 aa  301  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.920315  normal  0.508617 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  36.59 
 
 		 527 aa  301  2e-80  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.64 
 
 		 561 aa  300  3e-80  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.09 
 
 		 582 aa  300  3e-80  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.09 
 
 		 563 aa  300  4e-80  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.09 
 
 		 563 aa  300  4e-80  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  34.29 
 
 		 515 aa  300  4e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1103  AMP-binding domain protein  34.17 
 
 		 552 aa  300  5e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  36.57 
 
 		 517 aa  300  5e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  37.35 
 
 		 513 aa  299  6e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0403  AMP-binding domain protein  33.96 
 
 		 550 aa  299  7e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.493287  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  37.23 
 
 		 517 aa  299  7e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.21 
 
 		 561 aa  298  1e-79  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  37.31 
 
 		 519 aa  298  2e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2522  AMP-dependent synthetase and ligase  36.67 
 
 		 534 aa  298  2e-79  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  32.35 
 
 		 564 aa  298  2e-79  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2563  AMP-binding domain protein  34.36 
 
 		 549 aa  298  2e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45341e-16 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  33.08 
 
 		 559 aa  297  3e-79  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  35.94 
 
 		 662 aa  296  7e-79  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  34.55 
 
 		 515 aa  296  7e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0807  AMP-dependent synthetase and ligase  36.65 
 
 		 551 aa  296  7e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.472076  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1667  AMP-binding domain protein  33.77 
 
 		 549 aa  296  8e-79  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.327549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2246  AMP-dependent synthetase and ligase  35.89 
 
 		 517 aa  295  9e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334479  hitchhiker  6.92492e-16 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>