More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1868 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.38 
 
 		 526 aa  657    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.45 
 
 		 530 aa  666    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  89.14 
 
 		 525 aa  985    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  77.76 
 
 		 526 aa  868    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  88.19 
 
 		 525 aa  975    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 		 525 aa  1081    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.93 
 
 		 525 aa  675    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  77.95 
 
 		 526 aa  883    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.21 
 
 		 525 aa  609  1e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.08 
 
 		 519 aa  541  9.999999999999999e-153  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  48.48 
 
 		 523 aa  528  1e-148  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.72 
 
 		 527 aa  525  1e-147  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1666  AMP-dependent synthetase and ligase  45.23 
 
 		 518 aa  473  1e-132  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144653  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  46.77 
 
 		 520 aa  444  1e-123  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  44.29 
 
 		 509 aa  439  9.999999999999999e-123  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  44.21 
 
 		 511 aa  437  1e-121  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1763  AMP-dependent synthetase and ligase  44.61 
 
 		 521 aa  425  1e-117  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.494407 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5778  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.92 
 
 		 565 aa  395  1e-109  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0959  AMP-dependent synthetase and ligase  36.83 
 
 		 530 aa  370  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.866447  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  39.36 
 
 		 515 aa  354  2e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0970  AMP-dependent synthetase and ligase  38.33 
 
 		 520 aa  352  8.999999999999999e-96  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5271  AMP-dependent synthetase and ligase  39.28 
 
 		 541 aa  348  1e-94  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.675059 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0737  AMP-dependent synthetase and ligase  39.1 
 
 		 522 aa  348  1e-94  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.188702  normal  0.517642 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  38.28 
 
 		 520 aa  345  8e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  38.77 
 
 		 514 aa  337  2.9999999999999997e-91  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  37.43 
 
 		 509 aa  333  6e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  37.55 
 
 		 516 aa  333  6e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  40.43 
 
 		 518 aa  332  1e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  36.82 
 
 		 526 aa  330  3e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0743  AMP-dependent synthetase and ligase  39.29 
 
 		 522 aa  330  4e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.83543  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0757  AMP-dependent synthetase and ligase  39.29 
 
 		 522 aa  330  4e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.147131  normal  0.360345 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  37.55 
 
 		 518 aa  329  7e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  40.28 
 
 		 515 aa  329  7e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  40.28 
 
 		 515 aa  329  7e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  36.8 
 
 		 518 aa  329  9e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  37.97 
 
 		 524 aa  328  1.0000000000000001e-88  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  35.74 
 
 		 517 aa  327  4.0000000000000003e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  38.6 
 
 		 520 aa  326  6e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  37.38 
 
 		 518 aa  323  7e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  37.52 
 
 		 519 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  37.43 
 
 		 518 aa  322  9.999999999999999e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  37.65 
 
 		 518 aa  318  2e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0661  AMP-binding enzyme family protein  35.31 
 
 		 520 aa  311  2e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  36.5 
 
 		 518 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  36.98 
 
 		 516 aa  310  4e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  37.55 
 
 		 522 aa  309  8e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  38.28 
 
 		 525 aa  308  2.0000000000000002e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  38.27 
 
 		 502 aa  308  2.0000000000000002e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  36.75 
 
 		 527 aa  306  4.0000000000000004e-82  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  36.56 
 
 		 519 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  36.45 
 
 		 517 aa  303  4.0000000000000003e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  36.58 
 
 		 517 aa  302  1e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  35.6 
 
 		 517 aa  301  2e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  35.6 
 
 		 517 aa  301  2e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 		 515 aa  299  7e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  35.74 
 
 		 565 aa  299  8e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  35.37 
 
 		 499 aa  299  8e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  35.74 
 
 		 515 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.6 
 
 		 517 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.04 
 
 		 570 aa  298  2e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5134  acyl-CoA synthetase / AMP-dependent synthetase and ligase  34.92 
 
 		 517 aa  297  4e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.93936 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  35.02 
 
 		 534 aa  296  7e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  35.89 
 
 		 515 aa  296  7e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4481  AMP-dependent synthetase and ligase  35.4 
 
 		 506 aa  295  1e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 		 512 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  34.26 
 
 		 503 aa  294  3e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.88 
 
 		 556 aa  293  4e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.88 
 
 		 556 aa  293  4e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.88 
 
 		 556 aa  293  5e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  36.14 
 
 		 662 aa  291  3e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0714  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.17 
 
 		 579 aa  291  3e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2207  AMP-dependent synthetase and ligase  33.85 
 
 		 512 aa  290  3e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77359  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  35.41 
 
 		 501 aa  290  3e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  33.79 
 
 		 525 aa  290  6e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  34.09 
 
 		 530 aa  289  8e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 		 517 aa  289  9e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1604  AMP-dependent synthetase and ligase  36.24 
 
 		 540 aa  287  2.9999999999999996e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  35.86 
 
 		 509 aa  287  4e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4073  AMP-dependent synthetase and ligase  36.77 
 
 		 535 aa  285  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0666092  normal  0.751022 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0367  AMP-dependent synthetase and ligase  35.33 
 
 		 513 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.379931 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4613  AMP-dependent synthetase and ligase  38.45 
 
 		 512 aa  285  2.0000000000000002e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499912 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  37.17 
 
 		 500 aa  284  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  34 
 
 		 490 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  36.58 
 
 		 520 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2089  AMP-dependent synthetase and ligase  36.38 
 
 		 530 aa  285  2.0000000000000002e-75  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0415  AMP-dependent synthetase and ligase  37.83 
 
 		 515 aa  284  3.0000000000000004e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.866195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  36.73 
 
 		 532 aa  283  4.0000000000000003e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  35.43 
 
 		 508 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.16 
 
 		 519 aa  281  1e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2351  acyl-CoA synthetase  35.27 
 
 		 517 aa  281  2e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197387  normal  0.399216 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 		 502 aa  281  2e-74  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  32.62 
 
 		 520 aa  281  3e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  35.09 
 
 		 531 aa  280  4e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08640  acyl-CoA synthetase  35.56 
 
 		 516 aa  280  6e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.310549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13106  fatty-acid-CoA ligase fadD13  36.94 
 
 		 503 aa  280  6e-74  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3453  AMP-binding protein  34.84 
 
 		 500 aa  279  9e-74  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3198  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.33 
 
 		 497 aa  277  3e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.335021  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10167  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.08 
 
 		 554 aa  277  4e-73  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3220  AMP-binding protein  35.33 
 
 		 500 aa  277  4e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.530837  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3439  AMP-binding protein  35.33 
 
 		 500 aa  277  4e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>