More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3600 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  79.47 
 
 		 526 aa  892    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  59.81 
 
 		 526 aa  657    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  92.38 
 
 		 525 aa  1011    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 		 525 aa  1081    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  76.05 
 
 		 526 aa  853    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  89.14 
 
 		 525 aa  985    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  63.01 
 
 		 525 aa  676    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  63.15 
 
 		 530 aa  664    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.96 
 
 		 525 aa  617  1e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.91 
 
 		 519 aa  535  1e-151  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.44 
 
 		 527 aa  527  1e-148  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  48.67 
 
 		 523 aa  524  1e-147  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1666  AMP-dependent synthetase and ligase  44.64 
 
 		 518 aa  470  1.0000000000000001e-131  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144653  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  44.38 
 
 		 509 aa  449  1e-125  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  45.45 
 
 		 511 aa  446  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  46.58 
 
 		 520 aa  443  1e-123  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1763  AMP-dependent synthetase and ligase  43.95 
 
 		 521 aa  419  1e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.494407 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5778  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.43 
 
 		 565 aa  385  1e-106  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0959  AMP-dependent synthetase and ligase  36.75 
 
 		 530 aa  367  1e-100  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.866447  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  38.55 
 
 		 520 aa  360  3e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  38.74 
 
 		 515 aa  351  2e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0970  AMP-dependent synthetase and ligase  37.76 
 
 		 520 aa  345  1e-93  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0737  AMP-dependent synthetase and ligase  38.52 
 
 		 522 aa  345  2e-93  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.188702  normal  0.517642 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  37.86 
 
 		 518 aa  341  2e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5271  AMP-dependent synthetase and ligase  38.14 
 
 		 541 aa  340  2.9999999999999998e-92  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.675059 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  37.75 
 
 		 526 aa  338  9.999999999999999e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  35.62 
 
 		 517 aa  337  2.9999999999999997e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  38.05 
 
 		 518 aa  333  5e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  38 
 
 		 514 aa  330  4e-89  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  37.28 
 
 		 518 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  37.52 
 
 		 519 aa  327  4.0000000000000003e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  36.78 
 
 		 516 aa  327  4.0000000000000003e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0743  AMP-dependent synthetase and ligase  38.71 
 
 		 522 aa  327  4.0000000000000003e-88  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.83543  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0757  AMP-dependent synthetase and ligase  38.71 
 
 		 522 aa  327  4.0000000000000003e-88  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.147131  normal  0.360345 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  39.41 
 
 		 518 aa  325  9e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  36.68 
 
 		 509 aa  325  1e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  38.74 
 
 		 524 aa  324  2e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  38.92 
 
 		 520 aa  323  5e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  37.11 
 
 		 518 aa  323  5e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  39.41 
 
 		 515 aa  323  7e-87  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  39.41 
 
 		 515 aa  323  7e-87  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  36.24 
 
 		 518 aa  317  3e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  36.45 
 
 		 516 aa  317  4e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0661  AMP-binding enzyme family protein  34.72 
 
 		 520 aa  316  6e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  36.77 
 
 		 518 aa  316  7e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  37.89 
 
 		 502 aa  315  9.999999999999999e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  37.83 
 
 		 522 aa  314  2.9999999999999996e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  37.77 
 
 		 527 aa  308  1.0000000000000001e-82  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  36.07 
 
 		 534 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  38.54 
 
 		 525 aa  307  3e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  36.13 
 
 		 517 aa  306  5.0000000000000004e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  36.2 
 
 		 519 aa  306  7e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  35.8 
 
 		 517 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  35.8 
 
 		 517 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  36.34 
 
 		 499 aa  305  2.0000000000000002e-81  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.99 
 
 		 517 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  36.02 
 
 		 517 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  36.47 
 
 		 517 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  36.02 
 
 		 515 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  33.99 
 
 		 503 aa  302  9e-81  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  35.81 
 
 		 565 aa  302  1e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5134  acyl-CoA synthetase / AMP-dependent synthetase and ligase  34.48 
 
 		 517 aa  302  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.93936 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4481  AMP-dependent synthetase and ligase  36.45 
 
 		 506 aa  300  5e-80  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  36.73 
 
 		 509 aa  298  1e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  34.61 
 
 		 515 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1604  AMP-dependent synthetase and ligase  37.55 
 
 		 540 aa  296  5e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0415  AMP-dependent synthetase and ligase  37.92 
 
 		 515 aa  296  6e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.866195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  35.76 
 
 		 515 aa  295  9e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2089  AMP-dependent synthetase and ligase  37.7 
 
 		 530 aa  295  2e-78  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  36.19 
 
 		 520 aa  295  2e-78  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4613  AMP-dependent synthetase and ligase  38.32 
 
 		 512 aa  294  3e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499912 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  34.11 
 
 		 501 aa  293  5e-78  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  35.58 
 
 		 502 aa  292  1e-77  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  33.78 
 
 		 525 aa  290  3e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2207  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 		 512 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77359  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  36.73 
 
 		 532 aa  288  2e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.62 
 
 		 556 aa  288  2e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.62 
 
 		 556 aa  288  2e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.62 
 
 		 556 aa  288  2e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 512 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2377  AMP-dependent synthetase and ligase  35.44 
 
 		 530 aa  286  5e-76  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.581612  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.33 
 
 		 519 aa  286  7e-76  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 		 500 aa  286  7e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.36 
 
 		 570 aa  285  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2246  AMP-dependent synthetase and ligase  35.6 
 
 		 517 aa  284  3.0000000000000004e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334479  hitchhiker  6.92492e-16 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  34.9 
 
 		 508 aa  284  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  35.96 
 
 		 1043 aa  283  4.0000000000000003e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4684  AMP-dependent synthetase and ligase  36.13 
 
 		 526 aa  283  6.000000000000001e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  34.9 
 
 		 508 aa  283  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08640  acyl-CoA synthetase  34.77 
 
 		 516 aa  281  2e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.310549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.23 
 
 		 529 aa  281  2e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3708  AMP-dependent synthetase and ligase  37.99 
 
 		 551 aa  280  3e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  32.13 
 
 		 530 aa  281  3e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 520 aa  280  4e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  32.75 
 
 		 512 aa  280  6e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.27 
 
 		 524 aa  279  9e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  35.11 
 
 		 662 aa  279  1e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4073  AMP-dependent synthetase and ligase  35.56 
 
 		 535 aa  278  1e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0666092  normal  0.751022 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4871  AMP-dependent synthetase and ligase  34.65 
 
 		 506 aa  279  1e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.324146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0714  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.23 
 
 		 579 aa  278  1e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>