More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0789 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 519 aa  1051    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  54.14 
 
 		 518 aa  565  1e-160  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  52.02 
 
 		 517 aa  536  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  52.02 
 
 		 517 aa  536  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  51.64 
 
 		 517 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  50.48 
 
 		 517 aa  530  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  50.38 
 
 		 519 aa  530  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  45.47 
 
 		 514 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  44.27 
 
 		 521 aa  417  9.999999999999999e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  43.14 
 
 		 505 aa  369  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.396047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1730  AMP-dependent synthetase and ligase  39.23 
 
 		 516 aa  362  1e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2871  AMP-dependent synthetase and ligase  37.55 
 
 		 521 aa  359  6e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.565408  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  36.61 
 
 		 515 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  36.45 
 
 		 565 aa  317  4e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  35.96 
 
 		 515 aa  316  6e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1196  AMP-dependent synthetase and ligase  36.94 
 
 		 515 aa  315  1.9999999999999998e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.952184  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  35.51 
 
 		 515 aa  312  9e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2625  acyl-CoA synthetase  37.73 
 
 		 521 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425719  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2990  acyl-CoA synthetase  38.05 
 
 		 521 aa  309  8e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.475631  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  34.55 
 
 		 512 aa  307  3e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4822  AMP-dependent synthetase and ligase  36.86 
 
 		 504 aa  305  9.000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4674  acyl-CoA synthetase  36.27 
 
 		 531 aa  305  1.0000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  37.36 
 
 		 520 aa  304  3.0000000000000004e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  37.31 
 
 		 515 aa  304  3.0000000000000004e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4949  acyl-CoA synthetase  35.76 
 
 		 521 aa  303  4.0000000000000003e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2862  acyl-CoA synthetase  36.71 
 
 		 528 aa  302  9e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1909  acyl-CoA synthetase  36.33 
 
 		 521 aa  301  2e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  36.82 
 
 		 511 aa  301  2e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.4 
 
 		 525 aa  300  5e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5381  AMP-dependent synthetase and ligase  37.31 
 
 		 510 aa  300  6e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4698  AMP-dependent synthetase and ligase  35.95 
 
 		 498 aa  298  1e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.796454  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  35.01 
 
 		 523 aa  298  1e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2207  AMP-dependent synthetase and ligase  33.71 
 
 		 512 aa  298  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77359  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4921  acyl-CoA synthetase  35.41 
 
 		 531 aa  297  3e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2662  acyl-CoA synthetase  37.12 
 
 		 521 aa  297  4e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0929684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  36.24 
 
 		 524 aa  291  2e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.37 
 
 		 526 aa  290  5.0000000000000004e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  36.68 
 
 		 518 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  32.56 
 
 		 526 aa  290  6e-77  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  35.84 
 
 		 509 aa  290  6e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  36.05 
 
 		 518 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2371  acyl-CoA synthetase  33.46 
 
 		 532 aa  289  1e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5669  acyl-CoA synthetase  33.01 
 
 		 529 aa  288  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2729  acyl-CoA synthetase  34.87 
 
 		 559 aa  288  2e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.181341  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  36.95 
 
 		 518 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3788  acyl-CoA synthetase  32.82 
 
 		 523 aa  287  4e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 534 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0972  acyl-CoA synthetase  42.11 
 
 		 502 aa  286  7e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.534904 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  34.29 
 
 		 534 aa  286  8e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.55948  normal  0.800046 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  33.84 
 
 		 517 aa  286  9e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  34.48 
 
 		 517 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6078  acyl-CoA synthetase  34.87 
 
 		 536 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  36.86 
 
 		 522 aa  283  6.000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  34.85 
 
 		 520 aa  282  1e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  36.33 
 
 		 518 aa  282  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  35.45 
 
 		 520 aa  281  3e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3976  AMP-dependent synthetase and ligase  33.91 
 
 		 546 aa  280  4e-74  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2461  AMP-dependent synthetase and ligase  36.65 
 
 		 504 aa  280  5e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1869  acyl-CoA synthetase  35.83 
 
 		 520 aa  280  6e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.895381  normal  0.153581 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4178  acyl-CoA synthetase  36.04 
 
 		 520 aa  279  7e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5364  acyl-CoA synthetase  33.91 
 
 		 536 aa  279  7e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.868662  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0798  AMP-dependent synthetase and ligase  36.36 
 
 		 499 aa  278  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.72 
 
 		 527 aa  278  2e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 		 516 aa  277  3e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  35.19 
 
 		 519 aa  276  5e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1095  AMP-dependent synthetase and ligase  33.53 
 
 		 518 aa  276  6e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.997125 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  37.07 
 
 		 515 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  34.75 
 
 		 512 aa  275  1.0000000000000001e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  37.07 
 
 		 515 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.97 
 
 		 519 aa  274  2.0000000000000002e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  37.12 
 
 		 514 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  31.9 
 
 		 556 aa  273  4.0000000000000004e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.67 
 
 		 525 aa  273  6e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1763  AMP-dependent synthetase and ligase  34.89 
 
 		 521 aa  273  6e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.494407 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2246  AMP-dependent synthetase and ligase  31.01 
 
 		 517 aa  272  1e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334479  hitchhiker  6.92492e-16 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.98 
 
 		 530 aa  272  1e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  32.7 
 
 		 516 aa  272  1e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4820  acyl-CoA synthetase  32 
 
 		 533 aa  271  2e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.755365  normal  0.560915 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3708  AMP-dependent synthetase and ligase  37.38 
 
 		 551 aa  270  4e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1666  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 		 518 aa  269  7e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144653  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  36.7 
 
 		 520 aa  269  8e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1438  acyl-CoA synthetase  31.53 
 
 		 549 aa  269  8.999999999999999e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.603543  decreased coverage  0.00000173613 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0953  acyl-CoA synthetase  33.79 
 
 		 532 aa  269  1e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3076  acyl-CoA synthetase  32.88 
 
 		 545 aa  269  1e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  33.79 
 
 		 521 aa  268  1e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  32.88 
 
 		 509 aa  269  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0015  acyl-CoA synthetase  33.78 
 
 		 547 aa  268  2e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.268165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  36.27 
 
 		 502 aa  268  2e-70  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3008  acyl-CoA synthetase  32.75 
 
 		 545 aa  268  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.311019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4499  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 		 494 aa  267  2.9999999999999995e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.927408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4412  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 		 494 aa  267  2.9999999999999995e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4968  AMP-dependent synthetase and ligase  35.91 
 
 		 489 aa  267  2.9999999999999995e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.99 
 
 		 525 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33 
 
 		 526 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5134  acyl-CoA synthetase / AMP-dependent synthetase and ligase  32.5 
 
 		 517 aa  266  5e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.93936 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10561  acyl-CoA synthetase  39.55 
 
 		 571 aa  266  8.999999999999999e-70  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0256349 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  34.34 
 
 		 532 aa  266  8.999999999999999e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 		 494 aa  265  1e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.178954 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0733  acyl-CoA synthetase  34.16 
 
 		 532 aa  265  1e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.747882  normal  0.385866 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.12 
 
 		 525 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>