More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5381 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0798  AMP-dependent synthetase and ligase  69.57 
 
 		 499 aa  698    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5381  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 510 aa  1040    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4822  AMP-dependent synthetase and ligase  72.73 
 
 		 504 aa  748    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1196  AMP-dependent synthetase and ligase  53.77 
 
 		 515 aa  502  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.952184  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4698  AMP-dependent synthetase and ligase  50.2 
 
 		 498 aa  474  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.796454  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0987  putative AMP-dependent synthetase and ligase  48.91 
 
 		 499 aa  461  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.958152 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  38.43 
 
 		 517 aa  334  3e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  38.04 
 
 		 517 aa  330  3e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  38.04 
 
 		 517 aa  330  3e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  39.5 
 
 		 518 aa  324  3e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  36.86 
 
 		 517 aa  320  3.9999999999999996e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  39.14 
 
 		 505 aa  319  7.999999999999999e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.396047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  39 
 
 		 519 aa  309  6.999999999999999e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1730  AMP-dependent synthetase and ligase  38.84 
 
 		 516 aa  308  1.0000000000000001e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  37.31 
 
 		 519 aa  299  6e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  37.58 
 
 		 514 aa  299  7e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  36.87 
 
 		 518 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  34.56 
 
 		 521 aa  281  2e-74  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2625  acyl-CoA synthetase  35.73 
 
 		 521 aa  280  6e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425719  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2990  acyl-CoA synthetase  36.78 
 
 		 521 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.475631  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  34.82 
 
 		 519 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  33.99 
 
 		 517 aa  271  2e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2819  acyl-CoA synthetase  34.61 
 
 		 529 aa  270  4e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.427573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2662  acyl-CoA synthetase  35.19 
 
 		 521 aa  269  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0929684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3788  acyl-CoA synthetase  33.13 
 
 		 523 aa  268  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  32.41 
 
 		 565 aa  267  4e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2461  AMP-dependent synthetase and ligase  34.61 
 
 		 504 aa  266  5e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  32.41 
 
 		 515 aa  266  7e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  33.8 
 
 		 516 aa  266  7e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4674  acyl-CoA synthetase  35.52 
 
 		 531 aa  264  3e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  35.08 
 
 		 516 aa  264  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 534 aa  263  4e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 517 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0972  acyl-CoA synthetase  35.43 
 
 		 502 aa  262  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.534904 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  33.13 
 
 		 518 aa  260  5.0000000000000005e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  35.16 
 
 		 512 aa  259  9e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4178  acyl-CoA synthetase  33.67 
 
 		 520 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2729  acyl-CoA synthetase  37 
 
 		 559 aa  254  2.0000000000000002e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.181341  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5134  acyl-CoA synthetase / AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 517 aa  254  3e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.93936 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6162  AMP-dependent synthetase and ligase  35.24 
 
 		 487 aa  253  7e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  34.48 
 
 		 518 aa  253  8.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  34.71 
 
 		 520 aa  252  1e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0739  acyl-CoA synthetase  37.63 
 
 		 532 aa  252  1e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0753  acyl-CoA synthetase  37.63 
 
 		 532 aa  252  1e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.627426  normal  0.23017 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  31.14 
 
 		 515 aa  252  1e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  34.47 
 
 		 514 aa  251  2e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  30.75 
 
 		 515 aa  250  3e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  34.18 
 
 		 518 aa  250  3e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0733  acyl-CoA synthetase  37.37 
 
 		 532 aa  251  3e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.747882  normal  0.385866 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  34.29 
 
 		 502 aa  250  4e-65  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  33.81 
 
 		 499 aa  249  7e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2351  acyl-CoA synthetase  32.8 
 
 		 517 aa  249  7e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197387  normal  0.399216 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1869  acyl-CoA synthetase  34.34 
 
 		 520 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.895381  normal  0.153581 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3611  AMP-dependent synthetase and ligase  32.94 
 
 		 532 aa  248  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0778531  normal  0.0346233 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  33.33 
 
 		 522 aa  248  2e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0953  acyl-CoA synthetase  32.99 
 
 		 532 aa  247  3e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0015  acyl-CoA synthetase  36.8 
 
 		 547 aa  247  3e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.268165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2207  AMP-dependent synthetase and ligase  38.42 
 
 		 512 aa  247  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77359  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4949  acyl-CoA synthetase  33.14 
 
 		 521 aa  247  3e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  33.47 
 
 		 520 aa  247  4.9999999999999997e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 524 aa  246  6e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3976  AMP-dependent synthetase and ligase  37.22 
 
 		 546 aa  246  8e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  34.79 
 
 		 518 aa  246  8e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3708  AMP-dependent synthetase and ligase  34.53 
 
 		 551 aa  244  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 515 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0661  AMP-binding enzyme family protein  30.04 
 
 		 520 aa  244  3e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2862  acyl-CoA synthetase  33.26 
 
 		 528 aa  243  5e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2871  AMP-dependent synthetase and ligase  32.03 
 
 		 521 aa  243  5e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.565408  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 534 aa  242  1e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.55948  normal  0.800046 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  32.21 
 
 		 518 aa  242  1e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2687  putative long-chain-fatty-acid CoA ligase  36.57 
 
 		 503 aa  242  1e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.714201 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  36.34 
 
 		 500 aa  241  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1095  AMP-dependent synthetase and ligase  30.8 
 
 		 518 aa  241  2e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.997125 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10561  acyl-CoA synthetase  36.49 
 
 		 571 aa  238  2e-61  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0256349 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.2 
 
 		 519 aa  238  3e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0286  AMP-dependent synthetase and ligase  36.58 
 
 		 511 aa  236  5.0000000000000005e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4499  AMP-dependent synthetase and ligase  35.37 
 
 		 494 aa  236  6e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.927408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4412  AMP-dependent synthetase and ligase  35.37 
 
 		 494 aa  236  6e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4181  acyl-CoA synthetase  33.86 
 
 		 522 aa  236  8e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.273498 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4968  AMP-dependent synthetase and ligase  34.09 
 
 		 489 aa  235  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  35.37 
 
 		 494 aa  235  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.178954 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1312  AMP-dependent synthetase and ligase  32.77 
 
 		 564 aa  235  2.0000000000000002e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.384847  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3284  AMP-dependent synthetase and ligase  35 
 
 		 510 aa  235  2.0000000000000002e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1909  acyl-CoA synthetase  31.86 
 
 		 521 aa  234  3e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2532  AMP-dependent synthetase and ligase  32.62 
 
 		 521 aa  234  3e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3767  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 512 aa  234  3e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0143855  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  35.05 
 
 		 515 aa  234  4.0000000000000004e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  35.05 
 
 		 515 aa  234  4.0000000000000004e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.06 
 
 		 526 aa  233  6e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  32.09 
 
 		 583 aa  233  8.000000000000001e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  33.6 
 
 		 504 aa  232  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.56 
 
 		 514 aa  231  2e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.23 
 
 		 519 aa  231  2e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5576  acyl-CoA synthetase  34.26 
 
 		 519 aa  231  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.628229  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2245  AMP-dependent synthetase and ligase  33 
 
 		 519 aa  231  3e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00923204  normal  0.0183444 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  32.93 
 
 		 503 aa  231  3e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.7 
 
 		 510 aa  230  4e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.7 
 
 		 510 aa  230  5e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  32.72 
 
 		 520 aa  230  6e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.85 
 
 		 510 aa  229  8e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>