More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2245 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2245  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
519 aa  1051    Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00923204  normal  0.0183444 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2532  AMP-dependent synthetase and ligase  58.41 
 
 
521 aa  575  1.0000000000000001e-163  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2862  acyl-CoA synthetase  37.8 
 
 
528 aa  311  2e-83  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1909  acyl-CoA synthetase  36.65 
 
 
521 aa  304  3.0000000000000004e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2625  acyl-CoA synthetase  37.4 
 
 
521 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425719  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3788  acyl-CoA synthetase  36.06 
 
 
523 aa  303  7.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  37.57 
 
 
517 aa  301  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  39.68 
 
 
520 aa  300  6e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2990  acyl-CoA synthetase  37.94 
 
 
521 aa  300  6e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.475631  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4949  acyl-CoA synthetase  38.4 
 
 
521 aa  299  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131807  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2729  acyl-CoA synthetase  37.09 
 
 
559 aa  298  1e-79  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.181341  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4178  acyl-CoA synthetase  37.1 
 
 
520 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  38.56 
 
 
517 aa  296  5e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  36.77 
 
 
511 aa  296  6e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  39.11 
 
 
516 aa  295  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0653  AMP-dependent synthetase and ligase  39.83 
 
 
524 aa  294  3e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.48 
 
 
525 aa  294  3e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  39.63 
 
 
518 aa  293  4e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  39.07 
 
 
518 aa  293  6e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0632  AMP-dependent synthetase and ligase  38.98 
 
 
532 aa  291  2e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  38.54 
 
 
503 aa  291  2e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  36.33 
 
 
518 aa  291  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6162  AMP-dependent synthetase and ligase  37.57 
 
 
487 aa  291  2e-77  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  38.37 
 
 
518 aa  290  3e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0142  AMP-dependent synthetase and ligase  38.49 
 
 
508 aa  291  3e-77  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  39.31 
 
 
519 aa  291  3e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2662  acyl-CoA synthetase  36.65 
 
 
521 aa  290  3e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0929684  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0700  AMP-dependent synthetase and ligase  37.33 
 
 
505 aa  288  1e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.232219  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2819  acyl-CoA synthetase  34.5 
 
 
529 aa  289  1e-76  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.427573  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  37.62 
 
 
1043 aa  286  8e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1095  AMP-dependent synthetase and ligase  37.47 
 
 
518 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.997125 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3976  AMP-dependent synthetase and ligase  35.92 
 
 
546 aa  285  1.0000000000000001e-75  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3271  AMP-dependent synthetase and ligase  39.88 
 
 
508 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  37.79 
 
 
528 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1869  acyl-CoA synthetase  36.71 
 
 
520 aa  284  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.895381  normal  0.153581 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2207  AMP-dependent synthetase and ligase  35.13 
 
 
512 aa  283  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77359  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3202  AMP-dependent synthetase and ligase  36.75 
 
 
533 aa  283  7.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0351635  normal  0.132345 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10561  acyl-CoA synthetase  36.92 
 
 
571 aa  282  8.000000000000001e-75  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0256349 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1666  AMP-dependent synthetase and ligase  37.22 
 
 
518 aa  282  8.000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144653  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.91 
 
 
526 aa  282  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  37.88 
 
 
525 aa  282  1e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  38.01 
 
 
518 aa  282  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  37.28 
 
 
517 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  37.28 
 
 
517 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0109  AMP-dependent synthetase and ligase  37.9 
 
 
528 aa  281  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  34.79 
 
 
534 aa  280  4e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.55948  normal  0.800046 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  36.16 
 
 
534 aa  280  6e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  36.53 
 
 
517 aa  279  8e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  35.46 
 
 
515 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  36.15 
 
 
519 aa  278  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  35.73 
 
 
512 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  36.83 
 
 
517 aa  277  4e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  37.42 
 
 
520 aa  276  6e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0674  putative fatty-acid--CoA ligase  36.09 
 
 
533 aa  276  7e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.11643 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  37.38 
 
 
514 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.43 
 
 
519 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  38.15 
 
 
511 aa  275  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0972  acyl-CoA synthetase  34.99 
 
 
502 aa  274  3e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.534904 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0953  acyl-CoA synthetase  36.15 
 
 
532 aa  274  3e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1006  AMP-dependent synthetase and ligase  38.62 
 
 
585 aa  274  4.0000000000000004e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2461  AMP-dependent synthetase and ligase  35.99 
 
 
504 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  36.2 
 
 
515 aa  273  5.000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  38.08 
 
 
524 aa  273  8.000000000000001e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  34.5 
 
 
515 aa  272  9e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2434  AMP-dependent synthetase and ligase  35.54 
 
 
534 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.097494  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  37.38 
 
 
521 aa  271  2e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  35.27 
 
 
662 aa  271  2e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0733  acyl-CoA synthetase  36.49 
 
 
532 aa  271  2e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.747882  normal  0.385866 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  35.52 
 
 
565 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2203  AMP-dependent synthetase and ligase  35.13 
 
 
534 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334168  normal  0.340753 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  35.19 
 
 
515 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4674  acyl-CoA synthetase  35.6 
 
 
531 aa  270  4e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0739  acyl-CoA synthetase  36.29 
 
 
532 aa  270  5e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  35.08 
 
 
523 aa  270  5e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0753  acyl-CoA synthetase  36.29 
 
 
532 aa  270  5e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.627426  normal  0.23017 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08640  acyl-CoA synthetase  38.49 
 
 
516 aa  270  5.9999999999999995e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.310549  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  36.86 
 
 
508 aa  270  5.9999999999999995e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.05 
 
 
530 aa  270  7e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  36.14 
 
 
539 aa  269  7e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  37.78 
 
 
509 aa  269  8e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0015  acyl-CoA synthetase  35.52 
 
 
547 aa  269  8e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.268165  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3261  AMP-dependent synthetase and ligase  35.34 
 
 
534 aa  269  1e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  36.38 
 
 
520 aa  268  2e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0661  AMP-binding enzyme family protein  34.82 
 
 
520 aa  268  2.9999999999999995e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5134  acyl-CoA synthetase / AMP-dependent synthetase and ligase  34.77 
 
 
517 aa  267  2.9999999999999995e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.93936 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  35.46 
 
 
516 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  34.28 
 
 
509 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  35.46 
 
 
517 aa  266  5e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3284  AMP-dependent synthetase and ligase  37.21 
 
 
510 aa  266  5e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.9 
 
 
519 aa  266  5.999999999999999e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.28 
 
 
556 aa  266  5.999999999999999e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4968  AMP-dependent synthetase and ligase  36.15 
 
 
489 aa  266  5.999999999999999e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.28 
 
 
556 aa  266  5.999999999999999e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.28 
 
 
556 aa  266  8e-70  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  36.29 
 
 
518 aa  266  8e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2246  AMP-dependent synthetase and ligase  34.56 
 
 
517 aa  265  1e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334479  hitchhiker  6.92492e-16 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  36.8 
 
 
525 aa  265  1e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3611  AMP-dependent synthetase and ligase  34.54 
 
 
532 aa  264  3e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0778531  normal  0.0346233 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  38.58 
 
 
502 aa  264  3e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2687  putative long-chain-fatty-acid CoA ligase  37.5 
 
 
503 aa  264  4e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.714201 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>