More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1909 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1909  acyl-CoA synthetase  100 
 
 		 521 aa  1059    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2862  acyl-CoA synthetase  47.84 
 
 		 528 aa  459  9.999999999999999e-129  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4178  acyl-CoA synthetase  46.55 
 
 		 520 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1869  acyl-CoA synthetase  46.55 
 
 		 520 aa  442  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.895381  normal  0.153581 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4949  acyl-CoA synthetase  46.47 
 
 		 521 aa  440  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0972  acyl-CoA synthetase  46.03 
 
 		 502 aa  436  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.534904 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3976  AMP-dependent synthetase and ligase  45.04 
 
 		 546 aa  424  1e-117  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4674  acyl-CoA synthetase  44.4 
 
 		 531 aa  416  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2662  acyl-CoA synthetase  43.92 
 
 		 521 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0929684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2990  acyl-CoA synthetase  43.86 
 
 		 521 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.475631  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2625  acyl-CoA synthetase  42.67 
 
 		 521 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425719  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10561  acyl-CoA synthetase  44.92 
 
 		 571 aa  408  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0256349 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0953  acyl-CoA synthetase  44.44 
 
 		 532 aa  403  1e-111  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0739  acyl-CoA synthetase  43.68 
 
 		 532 aa  399  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0733  acyl-CoA synthetase  43.87 
 
 		 532 aa  400  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.747882  normal  0.385866 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0753  acyl-CoA synthetase  43.68 
 
 		 532 aa  399  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.627426  normal  0.23017 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0015  acyl-CoA synthetase  44 
 
 		 547 aa  402  9.999999999999999e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.268165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2729  acyl-CoA synthetase  42.39 
 
 		 559 aa  392  1e-107  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.181341  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3788  acyl-CoA synthetase  43.03 
 
 		 523 aa  388  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2819  acyl-CoA synthetase  40.94 
 
 		 529 aa  360  4e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.427573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2532  AMP-dependent synthetase and ligase  36.8 
 
 		 521 aa  321  3e-86  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  37.64 
 
 		 518 aa  310  2.9999999999999997e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  36.33 
 
 		 519 aa  298  1e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  36.35 
 
 		 517 aa  294  3e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  36.35 
 
 		 517 aa  294  3e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  36.54 
 
 		 517 aa  293  7e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2245  AMP-dependent synthetase and ligase  36.65 
 
 		 519 aa  291  2e-77  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00923204  normal  0.0183444 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3499  AMP-dependent synthetase and ligase  38.16 
 
 		 715 aa  291  2e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0487317 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  37.14 
 
 		 518 aa  288  2e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  37.69 
 
 		 518 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  35.43 
 
 		 519 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  34.86 
 
 		 515 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  35.77 
 
 		 512 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  36.22 
 
 		 518 aa  282  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  34.92 
 
 		 509 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  34.53 
 
 		 517 aa  280  4e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  35.31 
 
 		 516 aa  280  4e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  35.59 
 
 		 520 aa  279  9e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  37.71 
 
 		 518 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  36.76 
 
 		 518 aa  277  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  35.47 
 
 		 514 aa  277  4e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  34.8 
 
 		 517 aa  277  4e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.06 
 
 		 514 aa  277  4e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1730  AMP-dependent synthetase and ligase  35.94 
 
 		 516 aa  276  6e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  35.12 
 
 		 519 aa  276  6e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  32.95 
 
 		 565 aa  276  9e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1095  AMP-dependent synthetase and ligase  35.21 
 
 		 518 aa  276  9e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.997125 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  34.56 
 
 		 518 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  32.88 
 
 		 515 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  34.1 
 
 		 515 aa  275  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  33.08 
 
 		 534 aa  274  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.55948  normal  0.800046 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1196  AMP-dependent synthetase and ligase  34.33 
 
 		 515 aa  274  3e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.952184  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  32.95 
 
 		 515 aa  272  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2207  AMP-dependent synthetase and ligase  39.59 
 
 		 512 aa  272  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77359  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5134  acyl-CoA synthetase / AMP-dependent synthetase and ligase  35.28 
 
 		 517 aa  272  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.93936 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3611  AMP-dependent synthetase and ligase  33.65 
 
 		 532 aa  269  7e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0778531  normal  0.0346233 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  33.01 
 
 		 516 aa  269  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  34.69 
 
 		 520 aa  268  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  33.78 
 
 		 517 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  35.82 
 
 		 514 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2246  AMP-dependent synthetase and ligase  34.11 
 
 		 517 aa  266  5.999999999999999e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334479  hitchhiker  6.92492e-16 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2871  AMP-dependent synthetase and ligase  32.69 
 
 		 521 aa  266  5.999999999999999e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.565408  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 		 505 aa  266  8e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.396047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  32.95 
 
 		 534 aa  265  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  34.72 
 
 		 524 aa  265  2e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 		 521 aa  260  5.0000000000000005e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.89 
 
 		 512 aa  260  5.0000000000000005e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  29.9 
 
 		 526 aa  259  1e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.5 
 
 		 530 aa  257  3e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 512 aa  257  4e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0749  AMP-dependent synthetase and ligase  31.49 
 
 		 512 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  34.51 
 
 		 503 aa  256  1.0000000000000001e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0661  AMP-binding enzyme family protein  31.75 
 
 		 520 aa  254  2.0000000000000002e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  36.35 
 
 		 515 aa  253  5.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  36.35 
 
 		 515 aa  253  5.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  33.87 
 
 		 525 aa  252  1e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  33 
 
 		 523 aa  251  2e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2371  acyl-CoA synthetase  32.89 
 
 		 532 aa  251  2e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.33 
 
 		 526 aa  251  3e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  33.08 
 
 		 536 aa  249  6e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000011697 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  32.16 
 
 		 527 aa  249  6e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 521 aa  249  1e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 		 508 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.65 
 
 		 525 aa  246  4.9999999999999997e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  32.03 
 
 		 556 aa  246  4.9999999999999997e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  35.06 
 
 		 502 aa  246  6.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.58 
 
 		 526 aa  246  6.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 		 508 aa  246  9e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1438  acyl-CoA synthetase  31.19 
 
 		 549 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.603543  decreased coverage  0.00000173613 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.46 
 
 		 525 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.77 
 
 		 519 aa  244  3e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  35.25 
 
 		 511 aa  244  3e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  35.56 
 
 		 509 aa  243  7e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  34.67 
 
 		 509 aa  243  7.999999999999999e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  34.1 
 
 		 520 aa  243  7.999999999999999e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3202  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 533 aa  242  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0351635  normal  0.132345 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4107  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 519 aa  241  2e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.102419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 499 aa  241  2.9999999999999997e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  30.41 
 
 		 518 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  35.16 
 
 		 502 aa  240  4e-62  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>