More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2662 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2625  acyl-CoA synthetase  92.13 
 
 		 521 aa  983    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425719  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2662  acyl-CoA synthetase  100 
 
 		 521 aa  1057    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0929684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2990  acyl-CoA synthetase  90.98 
 
 		 521 aa  957    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.475631  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2862  acyl-CoA synthetase  46.64 
 
 		 528 aa  465  9.999999999999999e-131  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4178  acyl-CoA synthetase  46.14 
 
 		 520 aa  465  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4949  acyl-CoA synthetase  47.21 
 
 		 521 aa  462  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3788  acyl-CoA synthetase  47.59 
 
 		 523 aa  461  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0972  acyl-CoA synthetase  46.52 
 
 		 502 aa  459  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.534904 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4674  acyl-CoA synthetase  44.38 
 
 		 531 aa  446  1.0000000000000001e-124  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1869  acyl-CoA synthetase  44.32 
 
 		 520 aa  443  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.895381  normal  0.153581 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2819  acyl-CoA synthetase  44.38 
 
 		 529 aa  441  9.999999999999999e-123  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.427573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3976  AMP-dependent synthetase and ligase  44.24 
 
 		 546 aa  434  1e-120  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2729  acyl-CoA synthetase  42.96 
 
 		 559 aa  427  1e-118  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.181341  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1909  acyl-CoA synthetase  43.92 
 
 		 521 aa  423  1e-117  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0739  acyl-CoA synthetase  44.65 
 
 		 532 aa  419  1e-116  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0753  acyl-CoA synthetase  44.65 
 
 		 532 aa  419  1e-116  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.627426  normal  0.23017 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0733  acyl-CoA synthetase  44.47 
 
 		 532 aa  418  9.999999999999999e-116  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.747882  normal  0.385866 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0953  acyl-CoA synthetase  44.28 
 
 		 532 aa  418  9.999999999999999e-116  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0015  acyl-CoA synthetase  44.57 
 
 		 547 aa  414  1e-114  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.268165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10561  acyl-CoA synthetase  43.31 
 
 		 571 aa  412  1e-113  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0256349 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  39.36 
 
 		 517 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  39.36 
 
 		 517 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  39.56 
 
 		 517 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  39.48 
 
 		 518 aa  324  3e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  38.84 
 
 		 517 aa  323  5e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  38.91 
 
 		 514 aa  314  2.9999999999999996e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  37.9 
 
 		 519 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  38.45 
 
 		 521 aa  313  5.999999999999999e-84  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1730  AMP-dependent synthetase and ligase  38.54 
 
 		 516 aa  307  2.0000000000000002e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  36.85 
 
 		 517 aa  306  8.000000000000001e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  37.12 
 
 		 519 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  38.53 
 
 		 518 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  37.04 
 
 		 534 aa  299  1e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  34.56 
 
 		 515 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  37.16 
 
 		 512 aa  298  2e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  38.12 
 
 		 518 aa  297  4e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  34.88 
 
 		 515 aa  295  1e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  36.06 
 
 		 517 aa  295  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  34.45 
 
 		 565 aa  293  4e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  34.45 
 
 		 515 aa  293  4e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1196  AMP-dependent synthetase and ligase  35.49 
 
 		 515 aa  289  7e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.952184  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  38.4 
 
 		 518 aa  289  9e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 		 534 aa  289  9e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.55948  normal  0.800046 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5134  acyl-CoA synthetase / AMP-dependent synthetase and ligase  36.36 
 
 		 517 aa  287  2.9999999999999996e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.93936 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  36.08 
 
 		 516 aa  287  4e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2245  AMP-dependent synthetase and ligase  36.65 
 
 		 519 aa  286  5.999999999999999e-76  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00923204  normal  0.0183444 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  34.66 
 
 		 526 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2207  AMP-dependent synthetase and ligase  34.84 
 
 		 512 aa  284  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77359  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  39.58 
 
 		 523 aa  283  4.0000000000000003e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  37.68 
 
 		 518 aa  283  7.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3499  AMP-dependent synthetase and ligase  35.65 
 
 		 715 aa  281  2e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0487317 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  35.74 
 
 		 509 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  36.84 
 
 		 519 aa  280  4e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2532  AMP-dependent synthetase and ligase  34.39 
 
 		 521 aa  280  4e-74  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5381  AMP-dependent synthetase and ligase  35.19 
 
 		 510 aa  280  6e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  36.57 
 
 		 520 aa  277  3e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0798  AMP-dependent synthetase and ligase  36.98 
 
 		 499 aa  275  1.0000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4968  AMP-dependent synthetase and ligase  37.08 
 
 		 489 aa  275  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.3 
 
 		 525 aa  274  3e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  36.01 
 
 		 518 aa  274  3e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4822  AMP-dependent synthetase and ligase  36.87 
 
 		 504 aa  274  3e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2371  acyl-CoA synthetase  34.76 
 
 		 532 aa  274  3e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  36.52 
 
 		 505 aa  273  7e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.396047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2871  AMP-dependent synthetase and ligase  35.08 
 
 		 521 aa  272  9e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.565408  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1763  AMP-dependent synthetase and ligase  37.48 
 
 		 521 aa  272  9e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.494407 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  33.81 
 
 		 515 aa  272  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  35.94 
 
 		 524 aa  270  5e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  34.99 
 
 		 516 aa  268  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  37.52 
 
 		 520 aa  267  2.9999999999999995e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.95 
 
 		 526 aa  267  4e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3708  AMP-dependent synthetase and ligase  37.4 
 
 		 551 aa  267  4e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3611  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 532 aa  266  5.999999999999999e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0778531  normal  0.0346233 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1095  AMP-dependent synthetase and ligase  32.95 
 
 		 518 aa  266  5.999999999999999e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.997125 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.74 
 
 		 530 aa  265  1e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  36.56 
 
 		 494 aa  264  3e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.178954 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  36.4 
 
 		 518 aa  264  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  36.59 
 
 		 502 aa  263  4e-69  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  34.8 
 
 		 520 aa  263  4e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4412  AMP-dependent synthetase and ligase  36.43 
 
 		 494 aa  263  4.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4499  AMP-dependent synthetase and ligase  36.43 
 
 		 494 aa  263  4.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.927408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2461  AMP-dependent synthetase and ligase  35.27 
 
 		 504 aa  262  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.07 
 
 		 525 aa  259  6e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  37.75 
 
 		 514 aa  259  1e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0749  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 512 aa  258  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  36.64 
 
 		 549 aa  258  3e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4181  acyl-CoA synthetase  34.42 
 
 		 522 aa  257  3e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.273498 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  37.25 
 
 		 511 aa  257  5e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4921  acyl-CoA synthetase  33.27 
 
 		 531 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  40.83 
 
 		 502 aa  254  3e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4698  AMP-dependent synthetase and ligase  34.32 
 
 		 498 aa  253  5.000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.796454  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  33.78 
 
 		 517 aa  253  5.000000000000001e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  34.98 
 
 		 503 aa  252  1e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.33 
 
 		 519 aa  252  1e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  34.08 
 
 		 499 aa  251  2e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.53 
 
 		 526 aa  251  2e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  33.99 
 
 		 539 aa  251  2e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19550  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  34.63 
 
 		 533 aa  250  5e-65  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  35.15 
 
 		 492 aa  249  7e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0700  AMP-dependent synthetase and ligase  35.53 
 
 		 505 aa  249  8e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.232219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  34.58 
 
 		 512 aa  248  1e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>