More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4178 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4178  acyl-CoA synthetase  100 
 
 		 520 aa  1068    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1869  acyl-CoA synthetase  89.04 
 
 		 520 aa  958    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.895381  normal  0.153581 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0972  acyl-CoA synthetase  79.68 
 
 		 502 aa  840    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.534904 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2625  acyl-CoA synthetase  46.24 
 
 		 521 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425719  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2662  acyl-CoA synthetase  46.14 
 
 		 521 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0929684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2990  acyl-CoA synthetase  47.1 
 
 		 521 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.475631  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1909  acyl-CoA synthetase  46.55 
 
 		 521 aa  442  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3788  acyl-CoA synthetase  43.75 
 
 		 523 aa  432  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2862  acyl-CoA synthetase  44.29 
 
 		 528 aa  406  1.0000000000000001e-112  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4949  acyl-CoA synthetase  44.47 
 
 		 521 aa  404  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4674  acyl-CoA synthetase  41.99 
 
 		 531 aa  392  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3976  AMP-dependent synthetase and ligase  44.08 
 
 		 546 aa  382  1e-104  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0953  acyl-CoA synthetase  42.06 
 
 		 532 aa  376  1e-103  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2729  acyl-CoA synthetase  41.07 
 
 		 559 aa  379  1e-103  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.181341  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2819  acyl-CoA synthetase  41.1 
 
 		 529 aa  372  1e-102  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.427573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0015  acyl-CoA synthetase  41.68 
 
 		 547 aa  370  1e-101  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.268165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10561  acyl-CoA synthetase  43.1 
 
 		 571 aa  370  1e-101  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0256349 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0739  acyl-CoA synthetase  41.98 
 
 		 532 aa  369  1e-101  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0733  acyl-CoA synthetase  42.16 
 
 		 532 aa  370  1e-101  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.747882  normal  0.385866 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0753  acyl-CoA synthetase  41.98 
 
 		 532 aa  369  1e-101  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.627426  normal  0.23017 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2532  AMP-dependent synthetase and ligase  38.61 
 
 		 521 aa  318  2e-85  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  37.94 
 
 		 519 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  37.07 
 
 		 534 aa  311  2e-83  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.55948  normal  0.800046 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  37.35 
 
 		 512 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  40.61 
 
 		 519 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  36.55 
 
 		 517 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  37.84 
 
 		 518 aa  302  7.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  36.7 
 
 		 534 aa  299  1e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  37.07 
 
 		 518 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5134  acyl-CoA synthetase / AMP-dependent synthetase and ligase  37.37 
 
 		 517 aa  297  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.93936 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  37.15 
 
 		 516 aa  298  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2207  AMP-dependent synthetase and ligase  36.76 
 
 		 512 aa  295  9e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77359  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  36.12 
 
 		 517 aa  295  1e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  38.54 
 
 		 524 aa  292  8e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  37.7 
 
 		 515 aa  290  4e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  44.27 
 
 		 517 aa  290  5.0000000000000004e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  37.26 
 
 		 518 aa  290  6e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  35.7 
 
 		 565 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  36.93 
 
 		 518 aa  288  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  36.02 
 
 		 518 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  36.49 
 
 		 518 aa  286  5e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  35.88 
 
 		 515 aa  286  8e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2245  AMP-dependent synthetase and ligase  37.1 
 
 		 519 aa  285  2.0000000000000002e-75  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00923204  normal  0.0183444 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  36.81 
 
 		 518 aa  284  3.0000000000000004e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  43.83 
 
 		 517 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  35.82 
 
 		 515 aa  282  9e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  35.01 
 
 		 515 aa  282  1e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  43.92 
 
 		 517 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  43.92 
 
 		 517 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  36.04 
 
 		 519 aa  279  7e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3499  AMP-dependent synthetase and ligase  36.06 
 
 		 715 aa  275  1.0000000000000001e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0487317 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  36.51 
 
 		 520 aa  274  3e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1730  AMP-dependent synthetase and ligase  36.87 
 
 		 516 aa  273  6e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1095  AMP-dependent synthetase and ligase  34.33 
 
 		 518 aa  273  8.000000000000001e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.997125 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2871  AMP-dependent synthetase and ligase  43.58 
 
 		 521 aa  271  2e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.565408  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3611  AMP-dependent synthetase and ligase  33.65 
 
 		 532 aa  268  2e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0778531  normal  0.0346233 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  35.93 
 
 		 509 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  35.96 
 
 		 503 aa  268  2.9999999999999995e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4822  AMP-dependent synthetase and ligase  35.28 
 
 		 504 aa  266  7e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  39.35 
 
 		 523 aa  266  8.999999999999999e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  43.73 
 
 		 511 aa  266  8.999999999999999e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  36.55 
 
 		 502 aa  265  1e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  37.2 
 
 		 520 aa  264  2e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4882  AMP-dependent synthetase and ligase  35.4 
 
 		 521 aa  263  6e-69  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  36.08 
 
 		 514 aa  261  2e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1196  AMP-dependent synthetase and ligase  33.74 
 
 		 515 aa  261  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.952184  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  32.89 
 
 		 526 aa  260  3e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  35.03 
 
 		 514 aa  260  4e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2246  AMP-dependent synthetase and ligase  34.26 
 
 		 517 aa  260  5.0000000000000005e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334479  hitchhiker  6.92492e-16 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  34.23 
 
 		 516 aa  260  5.0000000000000005e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  36.95 
 
 		 515 aa  259  6e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  36.95 
 
 		 515 aa  259  6e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  35.53 
 
 		 521 aa  258  2e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  34.65 
 
 		 512 aa  256  7e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  36.65 
 
 		 502 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5381  AMP-dependent synthetase and ligase  33.67 
 
 		 510 aa  254  2.0000000000000002e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.71 
 
 		 530 aa  254  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.38 
 
 		 525 aa  253  9.000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  34.82 
 
 		 499 aa  252  1e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19550  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  36.75 
 
 		 533 aa  252  1e-65  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.06 
 
 		 526 aa  250  4e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.32 
 
 		 526 aa  250  4e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  34.61 
 
 		 505 aa  249  7e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.396047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  36.23 
 
 		 509 aa  249  9e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0661  AMP-binding enzyme family protein  33.2 
 
 		 520 aa  247  4e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  34.69 
 
 		 508 aa  246  9e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  33.91 
 
 		 505 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.7 
 
 		 525 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.79 
 
 		 527 aa  244  3e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  34.26 
 
 		 517 aa  244  3e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 569 aa  244  3e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.06 
 
 		 514 aa  243  7.999999999999999e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  31.37 
 
 		 561 aa  243  7.999999999999999e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 527 aa  242  1e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  33.53 
 
 		 566 aa  241  2e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 492 aa  241  2e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  34.57 
 
 		 508 aa  241  2e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0798  AMP-dependent synthetase and ligase  32.6 
 
 		 499 aa  241  2.9999999999999997e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.75 
 
 		 519 aa  241  2.9999999999999997e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.65 
 
 		 525 aa  240  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>