More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4820 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4389  acyl-CoA synthetase  65.46 
 
 		 533 aa  708    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0682495  normal  0.0388697 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3008  acyl-CoA synthetase  65.98 
 
 		 545 aa  702    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.311019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1438  acyl-CoA synthetase  63.98 
 
 		 549 aa  709    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.603543  decreased coverage  0.00000173613 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5364  acyl-CoA synthetase  62.55 
 
 		 536 aa  647    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.868662  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  68.16 
 
 		 556 aa  747    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3076  acyl-CoA synthetase  64.74 
 
 		 545 aa  715    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6078  acyl-CoA synthetase  62.64 
 
 		 542 aa  702    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4820  acyl-CoA synthetase  100 
 
 		 533 aa  1097    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.755365  normal  0.560915 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6078  acyl-CoA synthetase  63.5 
 
 		 536 aa  655    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2371  acyl-CoA synthetase  56.41 
 
 		 532 aa  575  1.0000000000000001e-163  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4921  acyl-CoA synthetase  53.7 
 
 		 531 aa  559  1e-158  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5669  acyl-CoA synthetase  54.01 
 
 		 529 aa  545  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3955  AMP-dependent synthetase and ligase  39.06 
 
 		 508 aa  349  7e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132635  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2102  AMP-dependent synthetase and ligase  37.4 
 
 		 508 aa  336  7e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0103698  hitchhiker  0.00738947 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2461  AMP-dependent synthetase and ligase  37.96 
 
 		 504 aa  333  4e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  38.16 
 
 		 508 aa  329  7e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3271  AMP-dependent synthetase and ligase  38.36 
 
 		 508 aa  320  3.9999999999999996e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3708  AMP-dependent synthetase and ligase  38.42 
 
 		 551 aa  314  2.9999999999999996e-84  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3284  AMP-dependent synthetase and ligase  37.94 
 
 		 510 aa  314  2.9999999999999996e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2687  putative long-chain-fatty-acid CoA ligase  37.25 
 
 		 503 aa  314  2.9999999999999996e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.714201 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6175  AMP-dependent synthetase and ligase  36.63 
 
 		 537 aa  308  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0700  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 		 505 aa  303  6.000000000000001e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.232219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4968  AMP-dependent synthetase and ligase  35.97 
 
 		 489 aa  298  1e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  33.91 
 
 		 526 aa  294  3e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4412  AMP-dependent synthetase and ligase  35.43 
 
 		 494 aa  292  1e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4499  AMP-dependent synthetase and ligase  35.43 
 
 		 494 aa  292  1e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.927408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22250  AMP-dependent synthetase and ligase protein  36.17 
 
 		 502 aa  291  2e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.219282  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  35.24 
 
 		 494 aa  290  5.0000000000000004e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.178954 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  36.09 
 
 		 503 aa  287  2.9999999999999996e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  37.04 
 
 		 505 aa  283  7.000000000000001e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  33.53 
 
 		 499 aa  280  3e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1782  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 		 493 aa  280  7e-74  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0876128  normal  0.689181 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0632  AMP-dependent synthetase and ligase  36.18 
 
 		 532 aa  274  3e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0653  AMP-dependent synthetase and ligase  36.57 
 
 		 524 aa  273  8.000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.1 
 
 		 519 aa  271  2e-71  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  34.87 
 
 		 517 aa  271  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  34.04 
 
 		 518 aa  271  2.9999999999999997e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  34.87 
 
 		 517 aa  271  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  31.81 
 
 		 519 aa  269  8e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.28 
 
 		 524 aa  269  8.999999999999999e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2862  acyl-CoA synthetase  34.15 
 
 		 528 aa  269  1e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  35.11 
 
 		 504 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  35.47 
 
 		 525 aa  266  5.999999999999999e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  36.28 
 
 		 509 aa  266  8e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  35.52 
 
 		 501 aa  265  2e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.32 
 
 		 530 aa  264  4e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.21 
 
 		 520 aa  263  6e-69  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  34.82 
 
 		 505 aa  263  6.999999999999999e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.396047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  34.69 
 
 		 517 aa  262  1e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  33.93 
 
 		 509 aa  260  3e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  31.3 
 
 		 515 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4613  AMP-dependent synthetase and ligase  33.9 
 
 		 512 aa  261  3e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499912 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0415  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 515 aa  260  4e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.866195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.34 
 
 		 526 aa  259  8e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  31.5 
 
 		 515 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  33.6 
 
 		 512 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  31.12 
 
 		 565 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  35.09 
 
 		 502 aa  258  3e-67  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  31.84 
 
 		 515 aa  257  4e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  33.01 
 
 		 514 aa  257  4e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  35.11 
 
 		 516 aa  256  6e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  34.16 
 
 		 532 aa  256  6e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0367  AMP-dependent synthetase and ligase  33.97 
 
 		 513 aa  256  8e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.379931 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  35.17 
 
 		 520 aa  255  1.0000000000000001e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  34.71 
 
 		 525 aa  255  2.0000000000000002e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  33.65 
 
 		 534 aa  254  3e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.55948  normal  0.800046 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  33.52 
 
 		 527 aa  253  4.0000000000000004e-66  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  32.05 
 
 		 517 aa  253  6e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.75 
 
 		 514 aa  253  7e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 518 aa  253  8.000000000000001e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6162  AMP-dependent synthetase and ligase  35.39 
 
 		 487 aa  252  1e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4073  AMP-dependent synthetase and ligase  33.65 
 
 		 535 aa  252  1e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0666092  normal  0.751022 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  33.91 
 
 		 521 aa  251  2e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  32.77 
 
 		 508 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1666  AMP-dependent synthetase and ligase  32.24 
 
 		 518 aa  251  2e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144653  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 		 552 aa  251  3e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  32.76 
 
 		 516 aa  251  3e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  32.95 
 
 		 511 aa  250  5e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4325  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.46 
 
 		 534 aa  250  5e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641194 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 512 aa  249  9e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  33.98 
 
 		 520 aa  249  1e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.39 
 
 		 518 aa  248  2e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  33.52 
 
 		 508 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.41 
 
 		 519 aa  248  2e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  32.3 
 
 		 519 aa  247  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  33.07 
 
 		 511 aa  248  3e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1998  putative acyl-CoA synthetase, long-chain fatty acid:CoA ligase  34.17 
 
 		 508 aa  247  4e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222529  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.22 
 
 		 527 aa  247  4e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  33.07 
 
 		 1043 aa  246  6e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  34.03 
 
 		 515 aa  246  6.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  31.98 
 
 		 517 aa  246  8e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1052  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.33 
 
 		 518 aa  246  9e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.6 
 
 		 561 aa  245  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2207  AMP-dependent synthetase and ligase  31.98 
 
 		 512 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77359  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 508 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0965  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.51 
 
 		 518 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0779  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.83 
 
 		 518 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.746675  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  34.27 
 
 		 527 aa  244  1.9999999999999999e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2710  AMP-dependent synthetase and ligase  34.56 
 
 		 507 aa  244  3e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0406608  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  32.26 
 
 		 523 aa  244  3e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>