More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3271 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0700  AMP-dependent synthetase and ligase  62.9 
 
 		 505 aa  639    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.232219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3271  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 508 aa  1031    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  59.84 
 
 		 508 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3955  AMP-dependent synthetase and ligase  60.12 
 
 		 508 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132635  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2102  AMP-dependent synthetase and ligase  58.61 
 
 		 508 aa  569  1e-161  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0103698  hitchhiker  0.00738947 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3284  AMP-dependent synthetase and ligase  57.45 
 
 		 510 aa  565  1e-160  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2687  putative long-chain-fatty-acid CoA ligase  57.43 
 
 		 503 aa  558  1e-158  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.714201 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2461  AMP-dependent synthetase and ligase  56.35 
 
 		 504 aa  545  1e-154  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0653  AMP-dependent synthetase and ligase  55.28 
 
 		 524 aa  527  1e-148  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0632  AMP-dependent synthetase and ligase  54.25 
 
 		 532 aa  524  1e-147  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22250  AMP-dependent synthetase and ligase protein  52.08 
 
 		 502 aa  481  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.219282  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4968  AMP-dependent synthetase and ligase  49.4 
 
 		 489 aa  440  9.999999999999999e-123  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  48.21 
 
 		 494 aa  432  1e-120  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.178954 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6175  AMP-dependent synthetase and ligase  47.72 
 
 		 537 aa  432  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4412  AMP-dependent synthetase and ligase  48.41 
 
 		 494 aa  434  1e-120  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4499  AMP-dependent synthetase and ligase  48.41 
 
 		 494 aa  434  1e-120  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.927408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1782  AMP-dependent synthetase and ligase  46.93 
 
 		 493 aa  395  1e-108  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0876128  normal  0.689181 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3708  AMP-dependent synthetase and ligase  43.23 
 
 		 551 aa  361  2e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4820  acyl-CoA synthetase  38.36 
 
 		 533 aa  336  5.999999999999999e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.755365  normal  0.560915 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6078  acyl-CoA synthetase  38.3 
 
 		 536 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5364  acyl-CoA synthetase  37.76 
 
 		 536 aa  314  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.868662  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  36.36 
 
 		 556 aa  307  4.0000000000000004e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6078  acyl-CoA synthetase  35.92 
 
 		 542 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3008  acyl-CoA synthetase  37.86 
 
 		 545 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.311019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1438  acyl-CoA synthetase  35.92 
 
 		 549 aa  303  5.000000000000001e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.603543  decreased coverage  0.00000173613 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2371  acyl-CoA synthetase  37.4 
 
 		 532 aa  298  1e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4389  acyl-CoA synthetase  36.61 
 
 		 533 aa  298  1e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0682495  normal  0.0388697 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5669  acyl-CoA synthetase  35.73 
 
 		 529 aa  295  2e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3076  acyl-CoA synthetase  35.85 
 
 		 545 aa  295  2e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2245  AMP-dependent synthetase and ligase  39.88 
 
 		 519 aa  290  5.0000000000000004e-77  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00923204  normal  0.0183444 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4921  acyl-CoA synthetase  36.54 
 
 		 531 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.82 
 
 		 570 aa  281  2e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2862  acyl-CoA synthetase  37.08 
 
 		 528 aa  278  2e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  37.6 
 
 		 514 aa  276  7e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  35.71 
 
 		 520 aa  275  1.0000000000000001e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.6 
 
 		 525 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0714  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.33 
 
 		 579 aa  275  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10167  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.43 
 
 		 554 aa  274  3e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2532  AMP-dependent synthetase and ligase  36.05 
 
 		 521 aa  272  1e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.88 
 
 		 526 aa  271  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  36.13 
 
 		 505 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.87 
 
 		 525 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.9 
 
 		 526 aa  270  4e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.9 
 
 		 556 aa  270  4e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.9 
 
 		 556 aa  270  4e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.9 
 
 		 556 aa  270  4e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  35.28 
 
 		 525 aa  269  1e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  35.05 
 
 		 517 aa  268  2e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3611  AMP-dependent synthetase and ligase  34.59 
 
 		 532 aa  266  8e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0778531  normal  0.0346233 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  34.44 
 
 		 515 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.73 
 
 		 525 aa  266  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  34.41 
 
 		 523 aa  265  1e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  34.52 
 
 		 565 aa  264  3e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2089  AMP-dependent synthetase and ligase  36.97 
 
 		 530 aa  264  4e-69  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.73 
 
 		 530 aa  263  4.999999999999999e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  33.98 
 
 		 511 aa  263  6e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  34.53 
 
 		 520 aa  262  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.61 
 
 		 514 aa  262  1e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  36.22 
 
 		 527 aa  261  3e-68  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.39 
 
 		 519 aa  259  6e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.67 
 
 		 525 aa  259  7e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0057  AMP-dependent synthetase and ligase  38.22 
 
 		 487 aa  258  1e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6162  AMP-dependent synthetase and ligase  35.28 
 
 		 487 aa  259  1e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 515 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  34.69 
 
 		 515 aa  258  2e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  35.02 
 
 		 518 aa  258  2e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  33.71 
 
 		 521 aa  257  4e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1604  AMP-dependent synthetase and ligase  37.79 
 
 		 540 aa  257  4e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  35.77 
 
 		 501 aa  256  5e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  33.79 
 
 		 512 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.21 
 
 		 526 aa  255  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  34.42 
 
 		 518 aa  255  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  34.57 
 
 		 515 aa  255  2.0000000000000002e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.59 
 
 		 512 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  35.46 
 
 		 1043 aa  255  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2625  acyl-CoA synthetase  35.7 
 
 		 521 aa  254  3e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425719  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  34.06 
 
 		 503 aa  253  4.0000000000000004e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  34.59 
 
 		 524 aa  253  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1569  long-chain fatty-acid-CoA ligase, putative  34.84 
 
 		 510 aa  253  7e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.890411  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  34.44 
 
 		 517 aa  253  7e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  34.3 
 
 		 514 aa  252  1e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  34.03 
 
 		 516 aa  252  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.32 
 
 		 517 aa  252  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  34.41 
 
 		 520 aa  251  2e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  34.8 
 
 		 525 aa  251  2e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1095  AMP-dependent synthetase and ligase  35.03 
 
 		 518 aa  251  2e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.997125 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 508 aa  250  3e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.34 
 
 		 525 aa  251  3e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.22 
 
 		 519 aa  251  3e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.59 
 
 		 524 aa  249  6e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  35.98 
 
 		 506 aa  249  6e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2522  AMP-dependent synthetase and ligase  35.83 
 
 		 534 aa  249  6e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.07 
 
 		 517 aa  249  9e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.07 
 
 		 517 aa  249  9e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.07 
 
 		 517 aa  249  9e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  36.08 
 
 		 500 aa  248  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  34.9 
 
 		 509 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 499 aa  248  2e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  35.58 
 
 		 520 aa  248  2e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  35.18 
 
 		 517 aa  247  3e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>