More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2102 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2102  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 508 aa  1035    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0103698  hitchhiker  0.00738947 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  87.77 
 
 		 508 aa  898    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3955  AMP-dependent synthetase and ligase  86.79 
 
 		 508 aa  888    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132635  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0700  AMP-dependent synthetase and ligase  56.69 
 
 		 505 aa  566  1e-160  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.232219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3271  AMP-dependent synthetase and ligase  58.02 
 
 		 508 aa  558  1e-158  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2687  putative long-chain-fatty-acid CoA ligase  56.52 
 
 		 503 aa  555  1e-157  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.714201 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22250  AMP-dependent synthetase and ligase protein  57.87 
 
 		 502 aa  551  1e-155  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.219282  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3284  AMP-dependent synthetase and ligase  55.62 
 
 		 510 aa  533  1e-150  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2461  AMP-dependent synthetase and ligase  52.98 
 
 		 504 aa  525  1e-148  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0653  AMP-dependent synthetase and ligase  53.68 
 
 		 524 aa  511  1e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0632  AMP-dependent synthetase and ligase  52.86 
 
 		 532 aa  509  1e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6175  AMP-dependent synthetase and ligase  48.42 
 
 		 537 aa  442  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4968  AMP-dependent synthetase and ligase  46.64 
 
 		 489 aa  404  1e-111  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4499  AMP-dependent synthetase and ligase  45.66 
 
 		 494 aa  404  1e-111  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.927408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4412  AMP-dependent synthetase and ligase  45.66 
 
 		 494 aa  404  1e-111  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1782  AMP-dependent synthetase and ligase  47.23 
 
 		 493 aa  404  1e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0876128  normal  0.689181 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  45.66 
 
 		 494 aa  405  1e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.178954 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3708  AMP-dependent synthetase and ligase  43.98 
 
 		 551 aa  360  4e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4820  acyl-CoA synthetase  37.4 
 
 		 533 aa  343  5e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.755365  normal  0.560915 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5364  acyl-CoA synthetase  39.85 
 
 		 536 aa  333  5e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.868662  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6078  acyl-CoA synthetase  38.09 
 
 		 542 aa  330  3e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  37.23 
 
 		 556 aa  323  3e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6078  acyl-CoA synthetase  38.33 
 
 		 536 aa  324  3e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1438  acyl-CoA synthetase  35.41 
 
 		 549 aa  321  1.9999999999999998e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.603543  decreased coverage  0.00000173613 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3008  acyl-CoA synthetase  39.07 
 
 		 545 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.311019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4921  acyl-CoA synthetase  37.55 
 
 		 531 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4389  acyl-CoA synthetase  38.78 
 
 		 533 aa  314  1.9999999999999998e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0682495  normal  0.0388697 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3076  acyl-CoA synthetase  36.77 
 
 		 545 aa  310  5e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2371  acyl-CoA synthetase  36.68 
 
 		 532 aa  293  3e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.99 
 
 		 526 aa  288  1e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  38.1 
 
 		 520 aa  287  2.9999999999999996e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5669  acyl-CoA synthetase  37.19 
 
 		 529 aa  287  2.9999999999999996e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  37.81 
 
 		 516 aa  283  5.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.28 
 
 		 530 aa  283  7.000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.45 
 
 		 525 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  36.08 
 
 		 515 aa  279  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.04 
 
 		 525 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.57 
 
 		 525 aa  274  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  35.27 
 
 		 520 aa  273  4.0000000000000004e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  36.38 
 
 		 517 aa  273  7e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.25 
 
 		 525 aa  272  9e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0661  AMP-binding enzyme family protein  35.38 
 
 		 520 aa  271  1e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  36.87 
 
 		 515 aa  270  4e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  36.87 
 
 		 515 aa  270  4e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  37.16 
 
 		 514 aa  268  2e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.79 
 
 		 525 aa  264  3e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.88 
 
 		 526 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  34.51 
 
 		 1043 aa  257  4e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  34.38 
 
 		 514 aa  256  8e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  37.03 
 
 		 502 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1998  putative acyl-CoA synthetase, long-chain fatty acid:CoA ligase  35.44 
 
 		 508 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222529  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  34.81 
 
 		 527 aa  254  2.0000000000000002e-66  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  34.25 
 
 		 503 aa  254  3e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  35.7 
 
 		 507 aa  254  3e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.85 
 
 		 519 aa  254  3e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  35.81 
 
 		 518 aa  254  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 508 aa  253  8.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 499 aa  252  9.000000000000001e-66  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  34.86 
 
 		 511 aa  252  9.000000000000001e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2862  acyl-CoA synthetase  35.8 
 
 		 528 aa  252  1e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  33.54 
 
 		 523 aa  251  2e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  34.62 
 
 		 520 aa  251  3e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.05 
 
 		 526 aa  250  5e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  38.26 
 
 		 500 aa  249  6e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3859  AMP-dependent synthetase and ligase  35.46 
 
 		 504 aa  249  7e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.447607  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  34.5 
 
 		 520 aa  249  7e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 		 509 aa  249  8e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3129  AMP-dependent synthetase and ligase  34.12 
 
 		 534 aa  249  1e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  35.97 
 
 		 522 aa  248  2e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  34.24 
 
 		 509 aa  248  2e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  34.93 
 
 		 518 aa  247  3e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  35.43 
 
 		 532 aa  247  3e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 		 515 aa  247  4e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  36.22 
 
 		 504 aa  247  4e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6162  AMP-dependent synthetase and ligase  37.63 
 
 		 487 aa  247  4e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08640  acyl-CoA synthetase  35.64 
 
 		 516 aa  247  4.9999999999999997e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.310549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.41 
 
 		 517 aa  246  6e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  33.86 
 
 		 516 aa  246  6e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  36.65 
 
 		 502 aa  246  6.999999999999999e-64  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 		 508 aa  246  9e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  34.05 
 
 		 565 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 515 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5371  malonyl-CoA synthase  33.6 
 
 		 504 aa  244  1.9999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 		 508 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  36.76 
 
 		 518 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  34.92 
 
 		 512 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  35.18 
 
 		 490 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.21 
 
 		 519 aa  244  3e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  34.98 
 
 		 517 aa  244  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  35.49 
 
 		 510 aa  244  3.9999999999999997e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  34.98 
 
 		 517 aa  244  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  35.34 
 
 		 525 aa  243  6e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2522  AMP-dependent synthetase and ligase  35.23 
 
 		 534 aa  243  6e-63  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2245  AMP-dependent synthetase and ligase  36.48 
 
 		 519 aa  243  7.999999999999999e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00923204  normal  0.0183444 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  34.7 
 
 		 518 aa  242  1e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.95 
 
 		 524 aa  242  1e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  34.55 
 
 		 518 aa  241  2e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  33.47 
 
 		 539 aa  241  2e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2207  AMP-dependent synthetase and ligase  32.9 
 
 		 512 aa  241  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77359  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.26 
 
 		 529 aa  241  2e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>