More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3955 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2102  AMP-dependent synthetase and ligase  86.79 
 
 		 508 aa  888    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0103698  hitchhiker  0.00738947 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  86.02 
 
 		 508 aa  892    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3955  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 508 aa  1031    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132635  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0700  AMP-dependent synthetase and ligase  59.52 
 
 		 505 aa  593  1e-168  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.232219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3271  AMP-dependent synthetase and ligase  59.06 
 
 		 508 aa  578  1.0000000000000001e-163  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2687  putative long-chain-fatty-acid CoA ligase  57.11 
 
 		 503 aa  561  1e-158  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.714201 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22250  AMP-dependent synthetase and ligase protein  58.66 
 
 		 502 aa  554  1e-156  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.219282  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3284  AMP-dependent synthetase and ligase  55.91 
 
 		 510 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2461  AMP-dependent synthetase and ligase  53.45 
 
 		 504 aa  536  1e-151  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0653  AMP-dependent synthetase and ligase  53.76 
 
 		 524 aa  520  1e-146  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0632  AMP-dependent synthetase and ligase  52.94 
 
 		 532 aa  516  1.0000000000000001e-145  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6175  AMP-dependent synthetase and ligase  48.52 
 
 		 537 aa  448  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4968  AMP-dependent synthetase and ligase  46.84 
 
 		 489 aa  410  1e-113  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  46.03 
 
 		 494 aa  408  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.178954 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4412  AMP-dependent synthetase and ligase  45.94 
 
 		 494 aa  407  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4499  AMP-dependent synthetase and ligase  45.94 
 
 		 494 aa  407  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.927408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1782  AMP-dependent synthetase and ligase  46.76 
 
 		 493 aa  399  9.999999999999999e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0876128  normal  0.689181 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3708  AMP-dependent synthetase and ligase  46.05 
 
 		 551 aa  388  1e-106  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4820  acyl-CoA synthetase  39.06 
 
 		 533 aa  355  8.999999999999999e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.755365  normal  0.560915 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  38.28 
 
 		 556 aa  334  3e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5364  acyl-CoA synthetase  39.53 
 
 		 536 aa  331  2e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.868662  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6078  acyl-CoA synthetase  38.37 
 
 		 542 aa  330  3e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6078  acyl-CoA synthetase  39.03 
 
 		 536 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1438  acyl-CoA synthetase  36.05 
 
 		 549 aa  321  1.9999999999999998e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.603543  decreased coverage  0.00000173613 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3008  acyl-CoA synthetase  39.65 
 
 		 545 aa  318  1e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.311019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3076  acyl-CoA synthetase  38.58 
 
 		 545 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4921  acyl-CoA synthetase  39.22 
 
 		 531 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4389  acyl-CoA synthetase  38.19 
 
 		 533 aa  309  9e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0682495  normal  0.0388697 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5669  acyl-CoA synthetase  36.7 
 
 		 529 aa  298  2e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2371  acyl-CoA synthetase  36.61 
 
 		 532 aa  289  8e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  36.24 
 
 		 520 aa  283  4.0000000000000003e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.22 
 
 		 530 aa  282  1e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  37.8 
 
 		 520 aa  281  3e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  36.73 
 
 		 516 aa  276  7e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.77 
 
 		 526 aa  276  8e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.44 
 
 		 525 aa  274  3e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.34 
 
 		 525 aa  273  5.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.12 
 
 		 525 aa  272  9e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  38.19 
 
 		 514 aa  272  1e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  35.62 
 
 		 514 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  35.59 
 
 		 515 aa  270  5.9999999999999995e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  35.29 
 
 		 517 aa  269  8e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1998  putative acyl-CoA synthetase, long-chain fatty acid:CoA ligase  37.09 
 
 		 508 aa  269  1e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222529  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  36.78 
 
 		 515 aa  269  1e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  36.78 
 
 		 515 aa  269  1e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.71 
 
 		 525 aa  266  7e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  37.45 
 
 		 502 aa  265  1e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.57 
 
 		 525 aa  264  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5371  malonyl-CoA synthase  35.11 
 
 		 504 aa  261  3e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 		 515 aa  259  7e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.32 
 
 		 526 aa  259  7e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  35.03 
 
 		 515 aa  259  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.44 
 
 		 526 aa  258  1e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  36.4 
 
 		 510 aa  258  3e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  35.03 
 
 		 527 aa  256  6e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  36.24 
 
 		 512 aa  256  7e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2245  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 		 519 aa  256  8e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00923204  normal  0.0183444 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  36.38 
 
 		 518 aa  256  8e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  34.83 
 
 		 565 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0286  AMP-dependent synthetase and ligase  38.25 
 
 		 511 aa  255  1.0000000000000001e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0661  AMP-binding enzyme family protein  34.36 
 
 		 520 aa  254  2.0000000000000002e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  34.77 
 
 		 515 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  35.67 
 
 		 509 aa  254  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0574  malonyl-CoA synthase  35.78 
 
 		 504 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  36.08 
 
 		 507 aa  252  9.000000000000001e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.46 
 
 		 519 aa  252  1e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  36.85 
 
 		 518 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2207  AMP-dependent synthetase and ligase  34.2 
 
 		 512 aa  250  5e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77359  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  35.71 
 
 		 518 aa  250  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.1 
 
 		 556 aa  250  5e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.1 
 
 		 556 aa  250  5e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.19 
 
 		 520 aa  249  6e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.1 
 
 		 556 aa  249  7e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  35.32 
 
 		 524 aa  249  9e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  37.5 
 
 		 522 aa  249  9e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  35.37 
 
 		 505 aa  249  1e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.396047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.97 
 
 		 517 aa  249  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.32 
 
 		 527 aa  248  1e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  34.94 
 
 		 518 aa  249  1e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  36.38 
 
 		 511 aa  249  1e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.58 
 
 		 510 aa  248  2e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  36.53 
 
 		 518 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.4 
 
 		 514 aa  248  2e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2522  AMP-dependent synthetase and ligase  36.42 
 
 		 534 aa  248  2e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  36.14 
 
 		 518 aa  248  3e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  34.18 
 
 		 517 aa  247  3e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08640  acyl-CoA synthetase  36.11 
 
 		 516 aa  247  3e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.310549  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  33.4 
 
 		 503 aa  247  3e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.55 
 
 		 570 aa  247  3e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.4 
 
 		 510 aa  247  4e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4891  AMP-dependent synthetase and ligase  33.02 
 
 		 520 aa  247  4e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.862065  normal  0.74496 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  34.64 
 
 		 490 aa  246  4.9999999999999997e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.4 
 
 		 510 aa  246  6e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.4 
 
 		 510 aa  246  6e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  33.6 
 
 		 1043 aa  246  6e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.4 
 
 		 510 aa  246  6.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.4 
 
 		 510 aa  246  6.999999999999999e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.4 
 
 		 510 aa  246  6.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.4 
 
 		 510 aa  246  6.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.58 
 
 		 510 aa  246  6.999999999999999e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>