More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3317 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2102  AMP-dependent synthetase and ligase  87.77 
 
 		 508 aa  895    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0103698  hitchhiker  0.00738947 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 508 aa  1033    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3955  AMP-dependent synthetase and ligase  86.02 
 
 		 508 aa  883    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132635  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3271  AMP-dependent synthetase and ligase  59.84 
 
 		 508 aa  584  1.0000000000000001e-165  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0700  AMP-dependent synthetase and ligase  58.33 
 
 		 505 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.232219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2687  putative long-chain-fatty-acid CoA ligase  56.92 
 
 		 503 aa  561  1e-158  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.714201 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3284  AMP-dependent synthetase and ligase  56.5 
 
 		 510 aa  546  1e-154  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2461  AMP-dependent synthetase and ligase  54.04 
 
 		 504 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22250  AMP-dependent synthetase and ligase protein  57.4 
 
 		 502 aa  538  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.219282  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0653  AMP-dependent synthetase and ligase  54.3 
 
 		 524 aa  525  1e-148  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0632  AMP-dependent synthetase and ligase  53.48 
 
 		 532 aa  523  1e-147  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6175  AMP-dependent synthetase and ligase  48.81 
 
 		 537 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  47.02 
 
 		 494 aa  414  1e-114  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.178954 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4412  AMP-dependent synthetase and ligase  46.93 
 
 		 494 aa  413  1e-114  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4499  AMP-dependent synthetase and ligase  46.93 
 
 		 494 aa  413  1e-114  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.927408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1782  AMP-dependent synthetase and ligase  48.33 
 
 		 493 aa  410  1e-113  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0876128  normal  0.689181 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4968  AMP-dependent synthetase and ligase  47.22 
 
 		 489 aa  410  1e-113  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3708  AMP-dependent synthetase and ligase  45.3 
 
 		 551 aa  378  1e-103  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4820  acyl-CoA synthetase  38.16 
 
 		 533 aa  338  1.9999999999999998e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.755365  normal  0.560915 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5364  acyl-CoA synthetase  39.03 
 
 		 536 aa  320  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.868662  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1438  acyl-CoA synthetase  35.08 
 
 		 549 aa  318  1e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.603543  decreased coverage  0.00000173613 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  35.35 
 
 		 556 aa  311  2e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6078  acyl-CoA synthetase  35.92 
 
 		 542 aa  311  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3008  acyl-CoA synthetase  38.85 
 
 		 545 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.311019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4921  acyl-CoA synthetase  38.1 
 
 		 531 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6078  acyl-CoA synthetase  37.91 
 
 		 536 aa  305  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3076  acyl-CoA synthetase  37.28 
 
 		 545 aa  303  7.000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4389  acyl-CoA synthetase  36.84 
 
 		 533 aa  302  1e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0682495  normal  0.0388697 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.7 
 
 		 530 aa  294  3e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5669  acyl-CoA synthetase  35.96 
 
 		 529 aa  286  5.999999999999999e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  36.24 
 
 		 520 aa  283  6.000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  36.89 
 
 		 516 aa  278  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  38.46 
 
 		 520 aa  278  2e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2371  acyl-CoA synthetase  35.37 
 
 		 532 aa  277  3e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.25 
 
 		 525 aa  276  5e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.18 
 
 		 526 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.69 
 
 		 525 aa  274  3e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  37.26 
 
 		 515 aa  273  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  37.26 
 
 		 515 aa  273  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.53 
 
 		 525 aa  272  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  36.8 
 
 		 515 aa  272  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  36.02 
 
 		 517 aa  269  1e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.19 
 
 		 525 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.74 
 
 		 526 aa  267  4e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  37.17 
 
 		 514 aa  265  2e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.17 
 
 		 525 aa  264  3e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0661  AMP-binding enzyme family protein  34.71 
 
 		 520 aa  260  5.0000000000000005e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2245  AMP-dependent synthetase and ligase  36.68 
 
 		 519 aa  259  9e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00923204  normal  0.0183444 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  38.88 
 
 		 500 aa  257  4e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 515 aa  256  5e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  34.56 
 
 		 511 aa  256  6e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  34.37 
 
 		 514 aa  256  9e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  36.5 
 
 		 502 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.82 
 
 		 526 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  34.44 
 
 		 515 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2532  AMP-dependent synthetase and ligase  34.62 
 
 		 521 aa  254  4.0000000000000004e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  36.01 
 
 		 518 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.97 
 
 		 556 aa  253  6e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.97 
 
 		 556 aa  253  6e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2862  acyl-CoA synthetase  36.44 
 
 		 528 aa  253  8.000000000000001e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.97 
 
 		 556 aa  253  8.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.99 
 
 		 519 aa  253  8.000000000000001e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  34.77 
 
 		 512 aa  252  1e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1998  putative acyl-CoA synthetase, long-chain fatty acid:CoA ligase  35.56 
 
 		 508 aa  252  1e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222529  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.75 
 
 		 570 aa  251  2e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  35.82 
 
 		 525 aa  251  3e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  34.05 
 
 		 565 aa  250  5e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6162  AMP-dependent synthetase and ligase  37.73 
 
 		 487 aa  250  5e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5371  malonyl-CoA synthase  34.52 
 
 		 504 aa  250  5e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  34.52 
 
 		 527 aa  250  5e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  36.5 
 
 		 522 aa  249  6e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  34.87 
 
 		 520 aa  249  6e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  34.18 
 
 		 1043 aa  249  7e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2522  AMP-dependent synthetase and ligase  35.94 
 
 		 534 aa  249  1e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 		 499 aa  247  3e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  34.18 
 
 		 515 aa  248  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1730  AMP-dependent synthetase and ligase  33.82 
 
 		 516 aa  246  4.9999999999999997e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  34.82 
 
 		 509 aa  246  6e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0574  malonyl-CoA synthase  35.21 
 
 		 504 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  36.38 
 
 		 511 aa  245  9.999999999999999e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2207  AMP-dependent synthetase and ligase  32.55 
 
 		 512 aa  246  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77359  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.56 
 
 		 517 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0714  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.95 
 
 		 579 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4891  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 520 aa  244  1.9999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.862065  normal  0.74496 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0286  AMP-dependent synthetase and ligase  36.9 
 
 		 511 aa  244  3e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  33.79 
 
 		 503 aa  244  3e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  35.58 
 
 		 524 aa  244  3e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  35.51 
 
 		 518 aa  243  5e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2625  acyl-CoA synthetase  35.56 
 
 		 521 aa  243  6e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425719  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08640  acyl-CoA synthetase  36.07 
 
 		 516 aa  243  6e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.310549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  35.36 
 
 		 517 aa  243  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  35.36 
 
 		 517 aa  243  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  36.01 
 
 		 501 aa  242  1e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2089  AMP-dependent synthetase and ligase  34.94 
 
 		 530 aa  242  1e-62  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  37.06 
 
 		 502 aa  242  1e-62  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.36 
 
 		 527 aa  242  1e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3611  AMP-dependent synthetase and ligase  33.01 
 
 		 532 aa  242  1e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0778531  normal  0.0346233 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  35.52 
 
 		 507 aa  241  2e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  34.29 
 
 		 505 aa  241  2e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.396047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3834  malonyl-CoA synthase  36.72 
 
 		 504 aa  241  2e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.610168  normal  0.151644 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>