More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0700 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0700  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 505 aa  1027    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.232219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3271  AMP-dependent synthetase and ligase  62.9 
 
 		 508 aa  621  1e-176  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3955  AMP-dependent synthetase and ligase  59.52 
 
 		 508 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132635  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3317  AMP-dependent synthetase and ligase  58.33 
 
 		 508 aa  581  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2102  AMP-dependent synthetase and ligase  56.69 
 
 		 508 aa  567  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0103698  hitchhiker  0.00738947 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2687  putative long-chain-fatty-acid CoA ligase  55.56 
 
 		 503 aa  544  1e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.714201 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3284  AMP-dependent synthetase and ligase  55.4 
 
 		 510 aa  533  1e-150  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2461  AMP-dependent synthetase and ligase  53.17 
 
 		 504 aa  518  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22250  AMP-dependent synthetase and ligase protein  54.09 
 
 		 502 aa  513  1e-144  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.219282  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0653  AMP-dependent synthetase and ligase  53.49 
 
 		 524 aa  512  1e-144  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0632  AMP-dependent synthetase and ligase  52.48 
 
 		 532 aa  507  9.999999999999999e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  48.51 
 
 		 494 aa  448  1e-125  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.178954 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4412  AMP-dependent synthetase and ligase  48.31 
 
 		 494 aa  446  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4499  AMP-dependent synthetase and ligase  48.31 
 
 		 494 aa  446  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.927408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6175  AMP-dependent synthetase and ligase  47.83 
 
 		 537 aa  444  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4968  AMP-dependent synthetase and ligase  48.8 
 
 		 489 aa  427  1e-118  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1782  AMP-dependent synthetase and ligase  47.42 
 
 		 493 aa  412  1e-114  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0876128  normal  0.689181 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3708  AMP-dependent synthetase and ligase  43.31 
 
 		 551 aa  356  3.9999999999999996e-97  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5364  acyl-CoA synthetase  40.12 
 
 		 536 aa  342  1e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.868662  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6078  acyl-CoA synthetase  39.22 
 
 		 536 aa  320  3e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4820  acyl-CoA synthetase  36.31 
 
 		 533 aa  310  4e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.755365  normal  0.560915 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3008  acyl-CoA synthetase  38.8 
 
 		 545 aa  306  6e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.311019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  36.9 
 
 		 556 aa  301  2e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2371  acyl-CoA synthetase  38.15 
 
 		 532 aa  301  2e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3076  acyl-CoA synthetase  36.8 
 
 		 545 aa  295  9e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.6 
 
 		 530 aa  291  3e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4389  acyl-CoA synthetase  35.91 
 
 		 533 aa  288  2e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0682495  normal  0.0388697 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2245  AMP-dependent synthetase and ligase  37.52 
 
 		 519 aa  286  5.999999999999999e-76  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00923204  normal  0.0183444 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.76 
 
 		 525 aa  286  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5669  acyl-CoA synthetase  37.02 
 
 		 529 aa  285  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6078  acyl-CoA synthetase  35.99 
 
 		 542 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1438  acyl-CoA synthetase  34.48 
 
 		 549 aa  278  1e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.603543  decreased coverage  0.00000173613 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  35.86 
 
 		 515 aa  279  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  37.28 
 
 		 520 aa  276  6e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  36.53 
 
 		 520 aa  275  1.0000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4921  acyl-CoA synthetase  35.41 
 
 		 531 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.33 
 
 		 525 aa  273  6e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.14 
 
 		 525 aa  272  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  35.94 
 
 		 515 aa  270  5e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  35.94 
 
 		 515 aa  270  5e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2532  AMP-dependent synthetase and ligase  35.47 
 
 		 521 aa  269  8e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  35.45 
 
 		 506 aa  269  1e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  36.04 
 
 		 524 aa  267  2.9999999999999995e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.85 
 
 		 526 aa  267  4e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3611  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 		 532 aa  264  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0778531  normal  0.0346233 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.89 
 
 		 525 aa  265  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.7 
 
 		 519 aa  265  2e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  35.15 
 
 		 516 aa  264  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.4 
 
 		 520 aa  262  1e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  34.81 
 
 		 518 aa  260  3e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  35.02 
 
 		 505 aa  261  3e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.396047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.98 
 
 		 527 aa  260  4e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2862  acyl-CoA synthetase  35.92 
 
 		 528 aa  259  6e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 520 aa  259  8e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  35.08 
 
 		 518 aa  259  8e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  34.96 
 
 		 517 aa  259  8e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  33.78 
 
 		 525 aa  258  2e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2625  acyl-CoA synthetase  35.73 
 
 		 521 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425719  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  36.47 
 
 		 520 aa  258  2e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  34.1 
 
 		 511 aa  258  2e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0057  AMP-dependent synthetase and ligase  37.12 
 
 		 487 aa  258  3e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1998  putative acyl-CoA synthetase, long-chain fatty acid:CoA ligase  36.63 
 
 		 508 aa  257  4e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222529  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  34.44 
 
 		 514 aa  256  5e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.73 
 
 		 526 aa  256  9e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  37.12 
 
 		 512 aa  255  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  33.79 
 
 		 517 aa  254  3e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  34.88 
 
 		 518 aa  254  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  36.19 
 
 		 518 aa  254  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.15 
 
 		 526 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.45 
 
 		 525 aa  253  8.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  36.67 
 
 		 502 aa  252  1e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  35.83 
 
 		 518 aa  252  1e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0861  AMP-dependent synthetase and ligase  34.23 
 
 		 514 aa  252  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.61 
 
 		 513 aa  252  1e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.52 
 
 		 514 aa  252  1e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  34.62 
 
 		 519 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  33.46 
 
 		 514 aa  251  2e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  33.73 
 
 		 518 aa  251  2e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  34.06 
 
 		 509 aa  251  3e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1730  AMP-dependent synthetase and ligase  33.74 
 
 		 516 aa  251  3e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3818  AMP-dependent synthetase and ligase  34.36 
 
 		 501 aa  250  3e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  32.68 
 
 		 508 aa  250  4e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2207  AMP-dependent synthetase and ligase  35.84 
 
 		 512 aa  250  5e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.77359  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08640  acyl-CoA synthetase  36.47 
 
 		 516 aa  250  5e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.310549  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2377  AMP-dependent synthetase and ligase  38.76 
 
 		 530 aa  249  7e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.581612  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.08 
 
 		 570 aa  249  7e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  34.4 
 
 		 1043 aa  249  7e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2203  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 534 aa  249  8e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334168  normal  0.340753 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  35.74 
 
 		 509 aa  249  1e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2990  acyl-CoA synthetase  36.36 
 
 		 521 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.475631  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3261  AMP-dependent synthetase and ligase  32.95 
 
 		 534 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3859  AMP-dependent synthetase and ligase  35.34 
 
 		 504 aa  248  2e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.447607  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  34.75 
 
 		 525 aa  247  4e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  34.97 
 
 		 507 aa  247  4e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  36.2 
 
 		 511 aa  246  4.9999999999999997e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  37.9 
 
 		 500 aa  246  4.9999999999999997e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0286  AMP-dependent synthetase and ligase  37.7 
 
 		 511 aa  246  6e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  32.23 
 
 		 515 aa  246  8e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  31.96 
 
 		 515 aa  246  8e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 523 aa  246  8e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>