More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3261 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2434  AMP-dependent synthetase and ligase  88.2 
 
 		 534 aa  1001    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.097494  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3261  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 534 aa  1105    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3202  AMP-dependent synthetase and ligase  82.42 
 
 		 533 aa  909    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0351635  normal  0.132345 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2203  AMP-dependent synthetase and ligase  94.38 
 
 		 534 aa  1057    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334168  normal  0.340753 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0674  putative fatty-acid--CoA ligase  82.42 
 
 		 533 aa  932    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.11643 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0109  AMP-dependent synthetase and ligase  54 
 
 		 528 aa  568  1e-161  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  53.8 
 
 		 528 aa  568  1e-161  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  43.44 
 
 		 536 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000011697 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0322  AMP-dependent synthetase and ligase  39.02 
 
 		 531 aa  367  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1604  AMP-dependent synthetase and ligase  40.31 
 
 		 540 aa  356  5.999999999999999e-97  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1027  AMP-dependent synthetase and ligase  38.51 
 
 		 539 aa  352  7e-96  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0505944  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  39.57 
 
 		 532 aa  343  2.9999999999999997e-93  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1984  AMP-dependent synthetase and ligase  39.88 
 
 		 552 aa  341  2e-92  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4202  acyl-CoA synthetase  40.11 
 
 		 534 aa  332  9e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.269622  hitchhiker  0.00584314 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0300  acyl-CoA synthetase  37.8 
 
 		 537 aa  321  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0309  acyl-CoA synthetase  37.8 
 
 		 537 aa  321  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0319  acyl-CoA synthetase  37.8 
 
 		 537 aa  321  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.43856 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08640  acyl-CoA synthetase  38.04 
 
 		 516 aa  320  3.9999999999999996e-86  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.310549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4559  acyl-CoA synthetase  36.7 
 
 		 529 aa  316  8e-85  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.134713  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2351  acyl-CoA synthetase  36.12 
 
 		 517 aa  313  3.9999999999999997e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197387  normal  0.399216 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2377  AMP-dependent synthetase and ligase  35.87 
 
 		 530 aa  312  9e-84  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.581612  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  36.89 
 
 		 522 aa  312  1e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0894  acyl-CoA synthetase  36.77 
 
 		 520 aa  311  2e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.493906  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2406  AMP-dependent synthetase and ligase  37.33 
 
 		 509 aa  311  2e-83  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0466191 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.74 
 
 		 524 aa  307  3e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7494  acyl-CoA synthetase  38.03 
 
 		 521 aa  306  7e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.489378  normal  0.204527 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  37.08 
 
 		 511 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  37.35 
 
 		 513 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  35.63 
 
 		 520 aa  301  2e-80  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2882  acyl-CoA synthetase  37.45 
 
 		 557 aa  300  4e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.09 
 
 		 514 aa  300  5e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  38.35 
 
 		 525 aa  300  6e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  36.83 
 
 		 520 aa  296  5e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0642  acyl-CoA synthetase  36.72 
 
 		 529 aa  296  8e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.95301  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.27 
 
 		 519 aa  292  1e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  35.03 
 
 		 512 aa  291  3e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  35.8 
 
 		 504 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  34.29 
 
 		 521 aa  285  1.0000000000000001e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  33.73 
 
 		 516 aa  282  1e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 518 aa  282  1e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  33.6 
 
 		 499 aa  281  2e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  33.08 
 
 		 509 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  32.95 
 
 		 526 aa  280  5e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  33.4 
 
 		 503 aa  280  6e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.35 
 
 		 512 aa  279  9e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  35.85 
 
 		 539 aa  278  2e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  34.69 
 
 		 520 aa  275  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  35.16 
 
 		 518 aa  273  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  32.49 
 
 		 531 aa  273  7e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1025  AMP-dependent synthetase and ligase  32.63 
 
 		 528 aa  271  2e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.7 
 
 		 517 aa  271  2e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.7 
 
 		 517 aa  271  2e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.7 
 
 		 517 aa  271  2e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2083  AMP-dependent synthetase and ligase  34.98 
 
 		 544 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  32.61 
 
 		 515 aa  271  2.9999999999999997e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  34.06 
 
 		 511 aa  270  4e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4723  AMP-binding domain protein  34.21 
 
 		 560 aa  270  4e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.712671  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2089  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 530 aa  270  4e-71  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3306  AMP-binding domain protein  33.51 
 
 		 576 aa  270  5.9999999999999995e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63972  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3458  acyl-CoA synthetase  33.71 
 
 		 562 aa  269  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2941  acyl-CoA synthetase  33.77 
 
 		 557 aa  269  1e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.581775  normal  0.0544542 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4181  acyl-CoA synthetase  33.6 
 
 		 522 aa  269  1e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.273498 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2052  AMP-dependent synthetase and ligase  33.53 
 
 		 523 aa  269  1e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0606  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 560 aa  268  2e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0135962 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  34.11 
 
 		 525 aa  267  4e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2532  AMP-dependent synthetase and ligase  33.53 
 
 		 521 aa  266  5e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2479  acyl-CoA synthetase  33.33 
 
 		 557 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.282098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4595  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 		 525 aa  266  5.999999999999999e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2311  acyl-CoA synthetase  33.52 
 
 		 557 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.462118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3818  AMP-dependent synthetase and ligase  34.19 
 
 		 501 aa  266  8e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 515 aa  266  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  30.26 
 
 		 530 aa  264  3e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2939  AMP-dependent synthetase and ligase  34.72 
 
 		 502 aa  264  3e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.572456  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  34.72 
 
 		 502 aa  264  3e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0663  AMP-binding domain protein  33.33 
 
 		 547 aa  263  4.999999999999999e-69  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.390649  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0130  AMP-dependent synthetase and ligase  34.52 
 
 		 502 aa  263  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.963028  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  34.58 
 
 		 508 aa  263  8e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  33.01 
 
 		 565 aa  262  1e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.95 
 
 		 510 aa  262  1e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  32.42 
 
 		 515 aa  262  1e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0042  AMP-binding domain protein  33.15 
 
 		 576 aa  262  1e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  35.94 
 
 		 508 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.95 
 
 		 510 aa  261  2e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  32.95 
 
 		 515 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.09 
 
 		 510 aa  261  2e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  34.73 
 
 		 508 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  33.92 
 
 		 517 aa  261  2e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  32.18 
 
 		 527 aa  261  2e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.74 
 
 		 510 aa  260  4e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.74 
 
 		 510 aa  260  4e-68  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.74 
 
 		 510 aa  260  4e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.74 
 
 		 510 aa  260  4e-68  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.22 
 
 		 510 aa  260  4e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3299  feruloyl-CoA synthetase  33.14 
 
 		 564 aa  260  5.0000000000000005e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4042  AMP-dependent synthetase and ligase  36.35 
 
 		 582 aa  259  6e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 518 aa  259  6e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.54 
 
 		 510 aa  259  8e-68  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3655  AMP-binding domain protein  32.9 
 
 		 565 aa  259  9e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0315072 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.89 
 
 		 513 aa  259  9e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.94 
 
 		 530 aa  259  1e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>