More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0116 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
528 aa  1087    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0109  AMP-dependent synthetase and ligase  98.11 
 
 
528 aa  1064    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3261  AMP-dependent synthetase and ligase  53.8 
 
 
534 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2434  AMP-dependent synthetase and ligase  55.03 
 
 
534 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.097494  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2203  AMP-dependent synthetase and ligase  53.02 
 
 
534 aa  567  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334168  normal  0.340753 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0674  putative fatty-acid--CoA ligase  54.72 
 
 
533 aa  564  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.11643 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3202  AMP-dependent synthetase and ligase  52.83 
 
 
533 aa  554  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0351635  normal  0.132345 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  44.93 
 
 
536 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000011697 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1027  AMP-dependent synthetase and ligase  42.97 
 
 
539 aa  402  1e-111  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0505944  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0322  AMP-dependent synthetase and ligase  41.86 
 
 
531 aa  386  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1604  AMP-dependent synthetase and ligase  41.94 
 
 
540 aa  375  1e-103  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1984  AMP-dependent synthetase and ligase  41.33 
 
 
552 aa  362  1e-98  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4559  acyl-CoA synthetase  41.57 
 
 
529 aa  352  1e-95  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.134713  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  38.1 
 
 
532 aa  330  3e-89  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4202  acyl-CoA synthetase  41.52 
 
 
534 aa  329  1.0000000000000001e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.269622  hitchhiker  0.00584314 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0319  acyl-CoA synthetase  38.49 
 
 
537 aa  320  3.9999999999999996e-86  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.43856 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0300  acyl-CoA synthetase  38.49 
 
 
537 aa  320  3.9999999999999996e-86  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0309  acyl-CoA synthetase  38.49 
 
 
537 aa  320  3.9999999999999996e-86  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2882  acyl-CoA synthetase  39.29 
 
 
557 aa  315  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0642  acyl-CoA synthetase  39.11 
 
 
529 aa  314  2.9999999999999996e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.95301  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2351  acyl-CoA synthetase  39.13 
 
 
517 aa  311  1e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197387  normal  0.399216 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7494  acyl-CoA synthetase  39.42 
 
 
521 aa  311  2e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.489378  normal  0.204527 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2377  AMP-dependent synthetase and ligase  37.64 
 
 
530 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.581612  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.28 
 
 
524 aa  310  5e-83  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  38.14 
 
 
522 aa  308  2.0000000000000002e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.09 
 
 
519 aa  307  4.0000000000000004e-82  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2406  AMP-dependent synthetase and ligase  39.41 
 
 
509 aa  305  2.0000000000000002e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0466191 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  37.25 
 
 
520 aa  303  4.0000000000000003e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  38.28 
 
 
525 aa  302  8.000000000000001e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  37.52 
 
 
513 aa  300  6e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.22 
 
 
514 aa  295  1e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08640  acyl-CoA synthetase  37.04 
 
 
516 aa  295  2e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.310549  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0894  acyl-CoA synthetase  36.35 
 
 
520 aa  294  3e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.493906  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  36.31 
 
 
525 aa  292  9e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  36.27 
 
 
516 aa  292  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  35.78 
 
 
512 aa  289  9e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 
509 aa  288  1e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4181  acyl-CoA synthetase  36.56 
 
 
522 aa  286  9e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.273498 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.29 
 
 
512 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  36.22 
 
 
518 aa  284  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  36.02 
 
 
1043 aa  280  3e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  34.82 
 
 
521 aa  281  3e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2245  AMP-dependent synthetase and ligase  37.79 
 
 
519 aa  280  4e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00923204  normal  0.0183444 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0606  AMP-dependent synthetase and ligase  32.9 
 
 
560 aa  280  4e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0135962 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 
511 aa  279  7e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3299  feruloyl-CoA synthetase  36.21 
 
 
564 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6618  AMP-dependent synthetase and ligase  38.32 
 
 
493 aa  274  3e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  34.65 
 
 
499 aa  274  4.0000000000000004e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0707  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.01 
 
 
518 aa  273  6e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.413153  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  34.38 
 
 
518 aa  273  7e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  35.04 
 
 
520 aa  272  1e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  34.63 
 
 
515 aa  271  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  37.43 
 
 
518 aa  270  4e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  34.52 
 
 
520 aa  270  5e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2083  AMP-dependent synthetase and ligase  33.79 
 
 
544 aa  270  7e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  34.39 
 
 
662 aa  269  8.999999999999999e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2089  AMP-dependent synthetase and ligase  34.36 
 
 
530 aa  268  2e-70  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  37.52 
 
 
511 aa  268  2e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2709  AMP-dependent synthetase and ligase  35.98 
 
 
531 aa  267  4e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0786644  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  34.56 
 
 
504 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.85 
 
 
518 aa  266  5.999999999999999e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0965  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.73 
 
 
518 aa  266  1e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4878  AMP-dependent synthetase and ligase  34.56 
 
 
530 aa  265  1e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0148671 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.46 
 
 
513 aa  266  1e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1052  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.54 
 
 
518 aa  264  3e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  35.49 
 
 
514 aa  264  3e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5576  acyl-CoA synthetase  35.48 
 
 
519 aa  263  4.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.628229  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3475  AMP-dependent synthetase and ligase  35.6 
 
 
524 aa  263  6e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.440115  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2967  feruloyl-CoA synthetase  36.67 
 
 
515 aa  263  6.999999999999999e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3956  feruloyl-CoA synthetase  36.67 
 
 
515 aa  263  6.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1574  feruloyl-CoA synthetase  36.67 
 
 
515 aa  263  6.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3343  feruloyl-CoA synthetase  36.67 
 
 
515 aa  263  6.999999999999999e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4030  feruloyl-CoA synthetase  36.67 
 
 
515 aa  263  6.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3028  feruloyl-CoA synthetase  36.67 
 
 
515 aa  263  6.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.59 
 
 
526 aa  263  8e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.47 
 
 
518 aa  262  8.999999999999999e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000650953 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.23 
 
 
530 aa  262  1e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3917  AMP-dependent synthetase and ligase  33.91 
 
 
521 aa  261  2e-68  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.287192  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  33.87 
 
 
490 aa  261  2e-68  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  32.88 
 
 
539 aa  261  3e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0163  long-chain fatty-acid-CoA ligase  36.67 
 
 
515 aa  261  3e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  33.08 
 
 
526 aa  260  5.0000000000000005e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0030  AMP-dependent synthetase and ligase  34.23 
 
 
541 aa  259  6e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  34.3 
 
 
518 aa  259  7e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  35.02 
 
 
518 aa  259  8e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.03 
 
 
510 aa  259  8e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3296  AMP-dependent synthetase and ligase  36.78 
 
 
502 aa  259  9e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0486472  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  34.57 
 
 
527 aa  259  1e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  36.25 
 
 
502 aa  259  1e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.84 
 
 
510 aa  258  2e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.07 
 
 
517 aa  258  2e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.07 
 
 
517 aa  258  2e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.07 
 
 
517 aa  258  2e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.02 
 
 
510 aa  258  3e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.65 
 
 
525 aa  257  3e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3590  AMP-dependent synthetase and ligase  33.87 
 
 
547 aa  257  3e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.02 
 
 
510 aa  257  4e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.84 
 
 
510 aa  257  4e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  32.73 
 
 
508 aa  257  4e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  36.42 
 
 
502 aa  257  4e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>