More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0109 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0109  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 528 aa  1085    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  98.11 
 
 		 528 aa  1064    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3261  AMP-dependent synthetase and ligase  54 
 
 		 534 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2434  AMP-dependent synthetase and ligase  55.03 
 
 		 534 aa  574  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.097494  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2203  AMP-dependent synthetase and ligase  53.22 
 
 		 534 aa  569  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334168  normal  0.340753 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0674  putative fatty-acid--CoA ligase  54.72 
 
 		 533 aa  565  1e-160  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.11643 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3202  AMP-dependent synthetase and ligase  52.91 
 
 		 533 aa  557  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0351635  normal  0.132345 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  44.76 
 
 		 536 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000011697 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1027  AMP-dependent synthetase and ligase  42.97 
 
 		 539 aa  398  1e-109  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0505944  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0322  AMP-dependent synthetase and ligase  41.41 
 
 		 531 aa  382  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1604  AMP-dependent synthetase and ligase  41.94 
 
 		 540 aa  370  1e-101  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1984  AMP-dependent synthetase and ligase  40.95 
 
 		 552 aa  355  1e-96  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4559  acyl-CoA synthetase  41.57 
 
 		 529 aa  347  2e-94  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.134713  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  38.3 
 
 		 532 aa  328  1.0000000000000001e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4202  acyl-CoA synthetase  42.02 
 
 		 534 aa  323  4e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.269622  hitchhiker  0.00584314 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0319  acyl-CoA synthetase  38.69 
 
 		 537 aa  319  7e-86  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.43856 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0309  acyl-CoA synthetase  38.69 
 
 		 537 aa  319  7e-86  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0300  acyl-CoA synthetase  38.69 
 
 		 537 aa  319  7e-86  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2882  acyl-CoA synthetase  39.48 
 
 		 557 aa  314  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0642  acyl-CoA synthetase  38.73 
 
 		 529 aa  313  5.999999999999999e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.95301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2377  AMP-dependent synthetase and ligase  37.84 
 
 		 530 aa  311  2e-83  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.581612  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2351  acyl-CoA synthetase  38.93 
 
 		 517 aa  311  2.9999999999999997e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197387  normal  0.399216 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7494  acyl-CoA synthetase  39.42 
 
 		 521 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.489378  normal  0.204527 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.48 
 
 		 524 aa  310  4e-83  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  37.94 
 
 		 522 aa  307  4.0000000000000004e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.09 
 
 		 519 aa  306  7e-82  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2406  AMP-dependent synthetase and ligase  39.49 
 
 		 509 aa  304  2.0000000000000002e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0466191 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  37.25 
 
 		 520 aa  301  2e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  38.04 
 
 		 525 aa  301  3e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0894  acyl-CoA synthetase  36.73 
 
 		 520 aa  300  6e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.493906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  37.13 
 
 		 513 aa  295  1e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08640  acyl-CoA synthetase  37.35 
 
 		 516 aa  293  5e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.310549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  36.17 
 
 		 512 aa  292  9e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.52 
 
 		 514 aa  291  1e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  36.31 
 
 		 525 aa  289  8e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  35.76 
 
 		 516 aa  288  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 		 509 aa  286  5e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4181  acyl-CoA synthetase  36.76 
 
 		 522 aa  286  5.999999999999999e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.273498 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  35.41 
 
 		 521 aa  286  8e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  36.22 
 
 		 518 aa  284  3.0000000000000004e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  33.98 
 
 		 511 aa  281  2e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.55 
 
 		 512 aa  280  5e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2245  AMP-dependent synthetase and ligase  37.9 
 
 		 519 aa  280  6e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00923204  normal  0.0183444 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  35.08 
 
 		 1043 aa  279  1e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0606  AMP-dependent synthetase and ligase  32.71 
 
 		 560 aa  276  7e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0135962 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3299  feruloyl-CoA synthetase  36.42 
 
 		 564 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  34.65 
 
 		 499 aa  273  6e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  34.87 
 
 		 520 aa  271  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.85 
 
 		 513 aa  271  2e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6618  AMP-dependent synthetase and ligase  37.99 
 
 		 493 aa  270  4e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  34.71 
 
 		 520 aa  270  5e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0707  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.01 
 
 		 518 aa  270  5.9999999999999995e-71  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.413153  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  34.18 
 
 		 518 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  34.39 
 
 		 662 aa  268  2e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  34.44 
 
 		 515 aa  268  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5576  acyl-CoA synthetase  35.87 
 
 		 519 aa  267  4e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.628229  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2089  AMP-dependent synthetase and ligase  34.56 
 
 		 530 aa  267  4e-70  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  37.23 
 
 		 518 aa  267  4e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1052  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.73 
 
 		 518 aa  266  8e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.85 
 
 		 518 aa  265  2e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  37.3 
 
 		 511 aa  265  2e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0965  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.73 
 
 		 518 aa  264  3e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  34.65 
 
 		 504 aa  264  3e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3475  AMP-dependent synthetase and ligase  35.8 
 
 		 524 aa  263  6e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.440115  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 526 aa  263  8e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2967  feruloyl-CoA synthetase  36.86 
 
 		 515 aa  262  1e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2709  AMP-dependent synthetase and ligase  35.78 
 
 		 531 aa  262  1e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0786644  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3956  feruloyl-CoA synthetase  36.86 
 
 		 515 aa  262  1e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3343  feruloyl-CoA synthetase  36.86 
 
 		 515 aa  262  1e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1574  feruloyl-CoA synthetase  36.86 
 
 		 515 aa  262  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2083  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 		 544 aa  262  1e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3028  feruloyl-CoA synthetase  36.86 
 
 		 515 aa  262  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4030  feruloyl-CoA synthetase  36.86 
 
 		 515 aa  262  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  35.29 
 
 		 514 aa  260  5.0000000000000005e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0163  long-chain fatty-acid-CoA ligase  36.86 
 
 		 515 aa  260  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.62 
 
 		 530 aa  260  5.0000000000000005e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4878  AMP-dependent synthetase and ligase  34.56 
 
 		 530 aa  259  6e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0148671 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.47 
 
 		 518 aa  260  6e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000650953 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  32.75 
 
 		 539 aa  259  9e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0030  AMP-dependent synthetase and ligase  34.23 
 
 		 541 aa  259  1e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  34.3 
 
 		 518 aa  259  1e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.64 
 
 		 510 aa  258  2e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.64 
 
 		 510 aa  258  2e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  35.14 
 
 		 492 aa  258  2e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.45 
 
 		 510 aa  258  2e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.69 
 
 		 510 aa  258  3e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.69 
 
 		 510 aa  257  3e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3296  AMP-dependent synthetase and ligase  36.78 
 
 		 502 aa  257  3e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0486472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.69 
 
 		 510 aa  258  3e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.27 
 
 		 525 aa  258  3e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.76 
 
 		 510 aa  257  3e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.69 
 
 		 510 aa  257  4e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.52 
 
 		 525 aa  257  4e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.82 
 
 		 510 aa  257  4e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.5 
 
 		 510 aa  256  6e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3590  AMP-dependent synthetase and ligase  33.87 
 
 		 547 aa  256  6e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2939  AMP-dependent synthetase and ligase  36.42 
 
 		 502 aa  256  8e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.572456  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  36.42 
 
 		 502 aa  256  8e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3917  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 		 521 aa  256  9e-67  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.287192  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.88 
 
 		 517 aa  256  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>