More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2203 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0674  putative fatty-acid--CoA ligase  81.85 
 
 		 533 aa  925    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.11643 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2434  AMP-dependent synthetase and ligase  88.58 
 
 		 534 aa  1010    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.097494  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3261  AMP-dependent synthetase and ligase  94.38 
 
 		 534 aa  1057    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3202  AMP-dependent synthetase and ligase  81.85 
 
 		 533 aa  908    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0351635  normal  0.132345 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2203  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 534 aa  1105    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334168  normal  0.340753 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0109  AMP-dependent synthetase and ligase  53.22 
 
 		 528 aa  561  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  53.02 
 
 		 528 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  42.88 
 
 		 536 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000011697 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0322  AMP-dependent synthetase and ligase  39.42 
 
 		 531 aa  366  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1604  AMP-dependent synthetase and ligase  39.92 
 
 		 540 aa  353  4e-96  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1984  AMP-dependent synthetase and ligase  40.27 
 
 		 552 aa  352  1e-95  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1027  AMP-dependent synthetase and ligase  38.12 
 
 		 539 aa  351  2e-95  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0505944  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  39.18 
 
 		 532 aa  337  2.9999999999999997e-91  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4202  acyl-CoA synthetase  39.16 
 
 		 534 aa  325  9e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.269622  hitchhiker  0.00584314 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08640  acyl-CoA synthetase  37.89 
 
 		 516 aa  319  9e-86  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.310549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0300  acyl-CoA synthetase  36.81 
 
 		 537 aa  316  8e-85  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0309  acyl-CoA synthetase  36.81 
 
 		 537 aa  316  8e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0319  acyl-CoA synthetase  36.81 
 
 		 537 aa  316  8e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.43856 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4559  acyl-CoA synthetase  36.31 
 
 		 529 aa  313  2.9999999999999996e-84  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.134713  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  38.34 
 
 		 513 aa  313  5.999999999999999e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0894  acyl-CoA synthetase  37.16 
 
 		 520 aa  312  9e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.493906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  37.38 
 
 		 525 aa  308  2.0000000000000002e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2377  AMP-dependent synthetase and ligase  35.28 
 
 		 530 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.581612  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  36.17 
 
 		 522 aa  308  2.0000000000000002e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2351  acyl-CoA synthetase  35.34 
 
 		 517 aa  305  2.0000000000000002e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197387  normal  0.399216 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2406  AMP-dependent synthetase and ligase  37.33 
 
 		 509 aa  303  4.0000000000000003e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0466191 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7494  acyl-CoA synthetase  36.87 
 
 		 521 aa  298  1e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.489378  normal  0.204527 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  34.84 
 
 		 520 aa  296  5e-79  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2882  acyl-CoA synthetase  36.47 
 
 		 557 aa  295  1e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  36.63 
 
 		 520 aa  294  3e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0642  acyl-CoA synthetase  36.33 
 
 		 529 aa  293  5e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.95301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.22 
 
 		 524 aa  293  8e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  35.7 
 
 		 511 aa  292  1e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.42 
 
 		 514 aa  291  2e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  35.04 
 
 		 512 aa  286  7e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.44 
 
 		 519 aa  284  3.0000000000000004e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  33.73 
 
 		 518 aa  282  1e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  33.92 
 
 		 516 aa  281  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  33.79 
 
 		 499 aa  280  6e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4181  acyl-CoA synthetase  34.38 
 
 		 522 aa  279  7e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.273498 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  34.68 
 
 		 520 aa  278  1e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  32.5 
 
 		 531 aa  278  2e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 521 aa  277  3e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  32.5 
 
 		 526 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2052  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 		 523 aa  273  5.000000000000001e-72  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.44 
 
 		 517 aa  273  7e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.44 
 
 		 517 aa  273  7e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.44 
 
 		 517 aa  273  7e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2532  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 521 aa  273  8.000000000000001e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4723  AMP-binding domain protein  34.15 
 
 		 560 aa  272  1e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.712671  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  35.73 
 
 		 504 aa  272  1e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  34.3 
 
 		 518 aa  272  1e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  32.93 
 
 		 515 aa  270  4e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  34.36 
 
 		 539 aa  270  5e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1025  AMP-dependent synthetase and ligase  32.5 
 
 		 528 aa  270  5.9999999999999995e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  32.12 
 
 		 509 aa  270  7e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  32.67 
 
 		 503 aa  270  7e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  33.53 
 
 		 525 aa  269  1e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.66 
 
 		 512 aa  268  2.9999999999999995e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3299  feruloyl-CoA synthetase  33.92 
 
 		 564 aa  266  5e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.99 
 
 		 510 aa  266  8.999999999999999e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0606  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 560 aa  265  1e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0135962 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.79 
 
 		 510 aa  265  1e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.22 
 
 		 510 aa  265  1e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.79 
 
 		 510 aa  265  2e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.79 
 
 		 510 aa  265  2e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.79 
 
 		 510 aa  265  2e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3306  AMP-binding domain protein  32.73 
 
 		 576 aa  265  2e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63972  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.79 
 
 		 510 aa  265  2e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.4 
 
 		 510 aa  264  3e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3458  acyl-CoA synthetase  32.45 
 
 		 562 aa  264  3e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.6 
 
 		 510 aa  263  4e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  34.6 
 
 		 508 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.61 
 
 		 513 aa  263  4.999999999999999e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  32.62 
 
 		 515 aa  263  6e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  30.26 
 
 		 530 aa  262  8.999999999999999e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  34.3 
 
 		 518 aa  262  1e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3818  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 		 501 aa  262  1e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  32.62 
 
 		 565 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2941  acyl-CoA synthetase  32.4 
 
 		 557 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.581775  normal  0.0544542 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.66 
 
 		 510 aa  261  2e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  31.62 
 
 		 518 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2083  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 544 aa  261  3e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  33.07 
 
 		 515 aa  261  3e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 1043 aa  260  4e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  35.61 
 
 		 508 aa  260  4e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  32.49 
 
 		 515 aa  260  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2311  acyl-CoA synthetase  32.14 
 
 		 557 aa  259  6e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.462118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2089  AMP-dependent synthetase and ligase  32.26 
 
 		 530 aa  259  6e-68  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  34.78 
 
 		 518 aa  259  7e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2479  acyl-CoA synthetase  32.08 
 
 		 557 aa  259  8e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.282098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2245  AMP-dependent synthetase and ligase  35.13 
 
 		 519 aa  259  8e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00923204  normal  0.0183444 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2939  AMP-dependent synthetase and ligase  34.13 
 
 		 502 aa  259  8e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.572456  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  34.13 
 
 		 502 aa  259  8e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6618  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 493 aa  259  1e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  31.97 
 
 		 512 aa  259  1e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0130  AMP-dependent synthetase and ligase  33.93 
 
 		 502 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.963028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  35.21 
 
 		 508 aa  258  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  31.5 
 
 		 527 aa  257  3e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 518 aa  257  4e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>