More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1189 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1057  AMP-dependent synthetase and ligase  87.98 
 
 		 545 aa  987    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1189  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 548 aa  1121    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1195  AMP-dependent synthetase and ligase  86.97 
 
 		 544 aa  985    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3772  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  49.44 
 
 		 531 aa  502  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.910601 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1011  TetR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 770 aa  501  1e-140  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  50.38 
 
 		 521 aa  501  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1017  O-succinylbenzoate--CoA ligase  44.36 
 
 		 552 aa  456  1e-127  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1028  putative AMP-dependent synthetase and ligase  47.45 
 
 		 530 aa  444  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0219794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  48.97 
 
 		 530 aa  433  1e-120  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  37.73 
 
 		 520 aa  307  3e-82  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1261  AMP-dependent synthetase and ligase  35.57 
 
 		 546 aa  305  1.0000000000000001e-81  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0532703  hitchhiker  0.000000308481 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  37.6 
 
 		 508 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  38.08 
 
 		 525 aa  303  6.000000000000001e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  36.4 
 
 		 508 aa  296  5e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  37.33 
 
 		 521 aa  295  2e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  36.6 
 
 		 508 aa  293  6e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  38.08 
 
 		 518 aa  291  3e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  36.36 
 
 		 516 aa  290  5.0000000000000004e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.74 
 
 		 529 aa  288  1e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  36.44 
 
 		 503 aa  289  1e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  35.53 
 
 		 512 aa  282  1e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13106  fatty-acid-CoA ligase fadD13  36.01 
 
 		 503 aa  281  3e-74  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  34.94 
 
 		 662 aa  279  9e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2654  AMP-dependent synthetase and ligase  36.35 
 
 		 587 aa  277  3e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  35.09 
 
 		 504 aa  277  4e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  35.74 
 
 		 499 aa  275  1.0000000000000001e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2032  AMP-dependent synthetase and ligase  35.83 
 
 		 551 aa  275  2.0000000000000002e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.367958 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  30.2 
 
 		 518 aa  274  3e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6078  AMP-dependent synthetase and ligase  36.06 
 
 		 553 aa  274  4.0000000000000004e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.225727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  36.29 
 
 		 513 aa  273  6e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  35.66 
 
 		 520 aa  271  2e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  34.62 
 
 		 525 aa  268  1e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4042  AMP-dependent synthetase and ligase  33.63 
 
 		 582 aa  269  1e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0558  AMP-dependent synthetase and ligase  36.01 
 
 		 584 aa  269  1e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  34.13 
 
 		 522 aa  268  1e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.35 
 
 		 514 aa  268  2e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3306  AMP-binding domain protein  33.64 
 
 		 576 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63972  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0171  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 		 630 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217721  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2959  AMP-binding domain protein  33.46 
 
 		 576 aa  265  1e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0176  AMP-binding domain protein  33.46 
 
 		 576 aa  265  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.970705  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1584  AMP-binding domain protein  33.46 
 
 		 570 aa  265  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3353  AMP-binding domain protein  33.46 
 
 		 576 aa  265  1e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3966  AMP-binding domain protein  33.46 
 
 		 576 aa  266  1e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3018  AMP-binding domain protein  33.46 
 
 		 576 aa  265  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4040  AMP-binding domain protein  33.46 
 
 		 576 aa  266  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 520 aa  263  6e-69  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1467  AMP-binding domain protein  32.59 
 
 		 578 aa  263  6.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3129  AMP-dependent synthetase and ligase  35.51 
 
 		 534 aa  263  6.999999999999999e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  34.02 
 
 		 555 aa  263  8e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  33.54 
 
 		 498 aa  263  8.999999999999999e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  32.14 
 
 		 518 aa  262  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0108  AMP-binding domain protein  32.77 
 
 		 575 aa  261  2e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0894  acyl-CoA synthetase  34.92 
 
 		 520 aa  261  2e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.493906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0042  AMP-binding domain protein  32.77 
 
 		 576 aa  261  3e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0928  AMP-dependent synthetase and ligase  34.76 
 
 		 553 aa  260  4e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 511 aa  260  4e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  33.83 
 
 		 561 aa  260  4e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4746  putative o-succinylbenzoate--CoA synthetase  32.44 
 
 		 601 aa  259  6e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0885272 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  34.5 
 
 		 539 aa  259  7e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  34.21 
 
 		 509 aa  259  7e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0582  AMP-binding domain protein  31.54 
 
 		 587 aa  259  9e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.44238  normal  0.647319 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2153  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 591 aa  259  1e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0250663 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0100  AMP-dependent synthetase and ligase  36.44 
 
 		 519 aa  258  1e-67  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2806  acyl-CoA synthetase  35.01 
 
 		 556 aa  258  2e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.688057 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3025  AMP-binding domain protein  32.58 
 
 		 576 aa  258  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3892  AMP-binding domain protein  32.28 
 
 		 576 aa  258  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  34.59 
 
 		 520 aa  258  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2351  acyl-CoA synthetase  33.53 
 
 		 517 aa  258  3e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197387  normal  0.399216 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1693  AMP-binding domain protein  34.02 
 
 		 543 aa  257  4e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301435  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2377  AMP-dependent synthetase and ligase  34.87 
 
 		 530 aa  256  5e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.581612  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4723  AMP-binding domain protein  31.21 
 
 		 560 aa  256  7e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.712671  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  32.63 
 
 		 495 aa  256  8e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0308  AMP-binding domain protein  30.28 
 
 		 584 aa  256  8e-67  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0333  AMP-binding domain protein  31.66 
 
 		 571 aa  256  9e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4181  acyl-CoA synthetase  35.39 
 
 		 522 aa  256  1.0000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.273498 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0367  AMP-dependent synthetase and ligase  34.76 
 
 		 513 aa  255  2.0000000000000002e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.379931 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0442  AMP-binding domain protein  33.27 
 
 		 571 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.89643  normal  0.841381 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0318  AMP-binding domain protein  31.66 
 
 		 571 aa  255  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.922079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.43 
 
 		 517 aa  255  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.43 
 
 		 517 aa  255  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.43 
 
 		 517 aa  255  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1789  acyl-CoA synthetase  31.3 
 
 		 496 aa  254  3e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0554946  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1746  acyl-CoA synthetase  30.28 
 
 		 496 aa  254  3e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.35 
 
 		 556 aa  254  3e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1928  acyl-CoA synthetase  31.3 
 
 		 496 aa  254  3e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.132163  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1964  acyl-CoA synthetase  31.1 
 
 		 496 aa  254  3e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000141031 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.35 
 
 		 556 aa  254  3e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.35 
 
 		 556 aa  254  3e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 518 aa  254  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2083  AMP-dependent synthetase and ligase  32.63 
 
 		 544 aa  253  5.000000000000001e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.13 
 
 		 519 aa  253  5.000000000000001e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0339  AMP-binding domain protein  29.91 
 
 		 602 aa  253  7e-66  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  36.09 
 
 		 501 aa  253  7e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19550  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  34.96 
 
 		 533 aa  251  2e-65  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0574  malonyl-CoA synthase  35.25 
 
 		 504 aa  251  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0108  AMP-binding domain protein  31.78 
 
 		 575 aa  251  3e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.480818  normal  0.901201 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  35.38 
 
 		 506 aa  250  4e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3290  AMP-binding domain protein  31.61 
 
 		 575 aa  250  5e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4684  AMP-dependent synthetase and ligase  34.89 
 
 		 526 aa  249  6e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0099  AMP-binding domain protein  31.78 
 
 		 575 aa  250  6e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>